いまどきの分子置換その後に phenix.morph_model

K. Yam @yam_cpp

この一見ダメそうな反射データから，見事SADで位相をつけて見せよ，という啓示を受けた．ほんとに一見ダメそうなので，まずは分子置換から頑張りつつ，困難なSAD phasingの事例でも調べよう．

K. Yam @yam_cpp

分子置換．RFZ=6くらいあるのにTFZがすげえしょぼい(´・ω・`)

K. Yam @yam_cpp

分子置換の解が正しいかをSHELXE(β)でチェックできるというヤツをやってみた．間違っていたらCCがどんどん下がっていくと．うん，どんどん下がっていっていますね（白目

K. Yam @yam_cpp

最初CCが上昇傾向だったので，お？っと思ったが結局下がりだした（ぬか喜び）＞SHELXE autotracing

K. Yam @yam_cpp

phenix.morph_model，すごいかも．．分子置換の解の改良に．

K. Yam @yam_cpp

これは…解けただろう！ここからのモデル改良がちょっとホネだとは思うけど…．ほぼ正しい位相は付いたと思われる．Molrepとphenix.morph_modelの勝利！Rosettaは役に立ったんだか今一分からん…

K. Yam @yam_cpp

相同性20%くらいの分子置換もできるモンですなー．って，これで実は解けてなかったらどうしよ…

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp すごいですね，２０％で分子置換とは．．．分解能はどれくらい出ていたんでしょうか．あと位相改良（averagingとか）はできたんでしょうか？

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito さいわい，分解能は2Aありました．これが3Aとかだったら無理だったかも知れませんね…．位相改良はmorph_modelのときにprime&switchが実行されてますがNCS averagingが行われていたかどうかはまだ把握していません（え

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp morph_modelよさそうですね，構造はどんな感じで動かしてくれるんでしょうか．（ドメインの回転とか？）

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito マップに合うように，残基ごとに動かす向きを決めて，何残基かを徐々に動かしていくようです．詳しくはこちらをご覧下さい：http://t.co/XLstnCK5 夏にTom先生から直接お薦めされた方法です．

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito やはり今回の決め手は分子置換後のモデル改良ですね．分子置換はSculptorで処理したモデルを使って解が出ましたが，その後のR値が56%で，morph_modelを使ったら41%まで落ちました．（こうして振り返ると結局単純な方法で少し寂しくなりますね

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp 実際解けたのは初期構造と比べて結構動いてました？（実は最近類似性100%にも関わらずドメインが動いていたせいで結構苦労したのがありまして．．．これでやっていたら自動で行けたのかもしれません）

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito まだ最終構造に至ってないので微妙ですが，現時点ではCαのRMSがサーチモデルに対して2.7Aです．1つのドメインの動き大きい（数A程度？）ですね

K. Yam @yam_cpp

このくらいの分解能があると，Cootで十数残基くらいいっぺんに動かしてもちゃんと動いてくれて，とても良い．

K. Yam @yam_cpp

alpha-helix restraintでスルスルと電子密度に入ってく様子が最高ですね

きゅうもるの中の人 @cuemolnohito

@yam_cpp ５６％から解けましたか，すごいですね！（なんでこれでMRで解けんのだろうと思ったことは何度もあるけど，その逆はないなぁ）

K. Yam @yam_cpp

@cuemolnohito 分子置換直後にR<50%になるとかなり自信がもてますが，>55%あたりで止まってしまうと不安になりますよね．．ちょっと今興奮気味なので冷静に考えたとき普通に解けるじゃん！となる気もしています(^^;

K. Yam @yam_cpp

それとこれは一般的に言われていることだけど，個人的にショックだったのは，Phaserでは上手くいかなかったこと．今度からちょっと難しそうなときはMolrepも試そう…（というか実行速度の速さからはMolrepを優先すべき？）

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp もうなんか精密化とかあれなんであれですが、「一般的に言われている（うまくいかない？）」というのはどの界隈で一般的なんでしょうか？CCP4BBとかにもネタあった？> Phaser

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu Biokidsにも書いてあったな，と思って一般的と表現しました(^^;＞両方試すべし．ccp4bbで言われてたかどうかは…でも今回は実はtranslational NCSがありまして，Phaserはコレに弱いっていう話は聞いたことがあります．

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp （あ！・・・）ふむふむなるほど。昔、「まーだMolrepつかってんのか、おくれてんな」とPhaserを勧められMolrepから足を洗っていたのでちょっと驚き。プログラム使い分けも時にはポイントですね。そりゃそうか。ありがとう参考にしまする。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 理屈で言えばPhaserの方が優れた方法のように思える（ほぼ宣伝に流されてるだけｗ）んですが，やっぱりそれぞれ利点があるものですね．まあAMoReとかQueen of Spadesは一度も使ったこと無いですがｗ