2014年度・第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［欹耳袋］第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉 ow.ly/DPCRg のハッシュタグは #188ws にします．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 全国からお集まりの受講者のみなさん，おはようございます．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 本日のワタクシの講義「生物体系学概論」と「系統推定論入門」そして「体系学関連文献リスト」のハンドアウトは leeswijzers stamboom leeswijzer.tumblr.com/post/958947897… から各自ダウンロードして下さい．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 生物体系学概論がまだ終わらない……．休憩ちう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 続きは醤油鯛から始まるのだ．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 系統推定論入門おしまい．ランチタイムなう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 斎藤成也さんの講義がすでに始まっている．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 系統樹はもう古い．系統ネットワークの時代だ．（画伯激白）

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 「coalescence」=「合体」では釣りバカ日誌みたいでよくない．「合祖」あるいは「帰祖」と訳したい．（斎藤談）

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 「武士は食わねど爪楊枝」（画伯）ん？

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws Hypersphere of phylogenetic trees. Figure 3.29 (N. Saitou 2014) おもしろい！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 講義しながら Saitou 2014の “蟲” を見つけてしまう画伯．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws やっと形質状態法だ．今までずっと距離法……．あと15分．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws Arndt von Haeseler ら 2012. MBE ? 263-273 ※long branch attraction に関するMP, ML, BioNJ のシミュレーション比較．NJはつねに正しい解に到達した．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws ソフトウェアの改良だけでは系統推定論に未来はない．（斎藤）

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 休憩なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 次の講義は北野誉さんの系統ネットワーク．

Haruo Suzuki @copypasteusa

.@leeswijzer #188ws Mol Biol Evol. 2012 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21940641 長枝誘引（long branch attraction）の影響。真の系統樹の再構築に、BIONJは成功、MLとMPは失敗。

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 系統ネットワークの講義資料・データなどは ow.ly/DQaSw [shift-jis] に置かれている．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 「系統ネットワークの理論と応用」北野誉（茨城大学） evo.mat.ibaraki.ac.jp/188network/

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 系統樹の樹形が、非同義置換率/同義置換率(dN/dS)値に影響

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws NEIGHBOR-NET：E-Dは近隣、A-Eはセカンドベスト。26/43 evo.mat.ibaraki.ac.jp/188network/188…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws SplitsTree splitstree.org おひさしぶりねー．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 系統ネットワークはとりあえず描いてみよう．予期しない組み換えあるいは並行置換が見つかるかもしれないから．何もなければツリーになるはず．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws NeighborNet が便利かも．距離のモデルがいろいろ使えるし．しかし，モデルは p-distance で十分．データに潜む構造を見つけるのが大きな目的なので．