2014年度・第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 組み換えのないミトコンドリアの場合は Median Network でもOK．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws ヒトABO遺伝子の系統ネットワーク Mol Biol Evol. 2012 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22319172 Int J Evol Biol. 2013 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24288652

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 組換え検出 PNarec - Saitou N, Kitano T. Mol Phylogenet Evol. 2013 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23022140

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 質疑タイムだん．本日の日程はすべておしまい．午後5時半から交流会．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 斎藤センセイをTXつくば駅に送り届け，本日のお勤めはすべて終了．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 受講生諸氏は懇親会で余ったアルコール類をしっかり消費し尽くした上で，明日の講義に備えるように．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 昨日はみごとに統一された「系統ネットワークづくし」の一日だった．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 2013年度・分子系統学の理論と実習・講義資料 leeswijzer.tumblr.com/post/569245665… 井上潤 fish-evol.com/mcmctreeExampl… 岩崎渉 iwasakilab.bi.s.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/molphy… 田辺晶史 fifthdimension.jp/documents/molp…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 電農館なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 二日目スタート．最初は井上潤さん「分岐年代のベイズ推定」．講義は30分，残り1時間はPC実習の予定．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws ベイズ分岐年代推定ソフトウェア：multidivtime, BEAST, mcmctree．multidivtime は今はあまり使われない．BEAST が流行りだが，この講義ではmcmctreeを使う．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws ミトコンドリアゲノムデータに基づく分子系統解析。核ゲノムは複雑すぎて（種分化でわかれた）オーソログの対応がわからない

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 本日の教材類：井上潤「mcmctree」 ow.ly/DTukX

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 分岐年代の事後分布を推定する式、f X given、t:時間、r:分子進化速度、分母の計算:平均をとる fish-evol.com/mcmctreeExampl…

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 1.樹長（じゅちょう、枝の長さ）の分散共分散行列（どのくらいバラバラしているか）を推定。2. パラメータがどのくらいバラつくかを使って、MCMC アルゴリズムによる分岐年代の推定

Wataru IWASAKI @iwasakiw

今日は農林交流センターWS「分子系統学の理論と実習」でお話しします。 sto.affrc.go.jp/event/workshop… #188ws

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws コマンドプロンプト画面であれやこれや．"故郷" に帰ってきた気分．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 井上さんの講義終了．休憩ちう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 次は岩崎渉「分子系統学とデータ表現」．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws E-value：非相同配列を間違って拾ってしまう個数の期待値。相同性が「高い」は誤り、類似性が「高い」

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 根粒菌の起源。nodIJ遺伝子。βプロテオバクテリアで遺伝子重複。余談：GC%の機能。根粒形成遺伝子のGC%は低い。

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws オルソログ Clusters of Orthologous Groups (COGs) ncbi.nlm.nih.gov/COG/ ecoliwiki.net/colipedia/inde…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws A-B が ortholog, B-C も ortholog のとき，A-C が paralog の可能性がある．この in-paralog という現象．［推移性が成立しないということか］

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws Ortholog, In-paralog, Equivalog(機能が変化していないホモログ), Superfamily, Subfamily, Domain

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws オルソログ、パラログ、in-paralogs (symparalogs), which evolved more recently, subsequent to the speciation event ecoevo.unit.oist.jp/lab/wp-content…