2014年度・第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws o_o 燃え尽きるん〜

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 全系統仮説の出現頻度を集計 pgsumtree --mode=ALL RAxML_bootstrap.略 RAxML_allhypotheses.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 5番目の系統仮説を別ファイルに抽出 pgsplicetree 5 RAxML_allhypotheses.nwk RAxML_hypothesis5.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 先程の系統仮説と非互換の仮説の中で最頻出のものを探す pgsumtree --mode=MAJi --treefile=RAxML_hypothesis5.nwk RAxML_bootstrap.略 RAxML_MAJi_hypothesis5.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws whole_AIC_partitionedequalmeanrate_codonpartitionedequalmeanrate_shotgunsearch.bat 略_MAJi_hypothesis5 -g RAxML_MAJi_hypothesis5.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 2つの系統樹を1つのファイルに pgjointree RAxML_bestTree.whole* RAxML_forAUtest.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws whole_AIC_partitionedequalmeanrate_codonpartitionedequalmeanrate_shotgunsearch.bat 略_calcswl G -z RAxML_forAUtest.nwk

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 各座位の尤度のリサンプリング makermt --puzzle RAxML_perSiteLLs.略

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws p値の計算 consel RAxML_perSiteLLs.略

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws p値の表示 catpv RAxML_perSiteLLs.略

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 分子系統ワークショップの全日程だん．おつかれ〜．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 酵母23ゲノムの1070オーソログ遺伝子を用いた系統解析。1070遺伝子の連結配列concatenationに基づく種系統樹は、100%のbootstrapサポートを示すが、1070の異なる遺伝子系統樹の全てに一致しない ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23657258

Haruo Suzuki @copypasteusa

.@copypasteusa #188ws ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23657258 Figure 1-a. 種系統樹で遺伝子系統樹の支持率 gene-support frequency (GSF)は適切な指標？　田辺さん「GSFは遺伝子毎に重みを付けた方が良い」

Haruo Suzuki @copypasteusa

.@copypasteusa #188ws CONCATERPILLARを用いた系統的一致congruenceのテストは計算が遅い。距離行列の相関係数(Table 3 mic.sgmjournals.org/content/149/12… )を用いた系統的一致のテストは計算は速いが、適切な手法？

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws RELL-based tests: Kishino-Hasegawa test (多重比較補正なし), Shimodaira-Hasegawa test（Type I 制御），AU test（マルチスケール・ブーツストラップ．Type I, II 制御）．