2014年度・第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws MBGD: Microbial Genome Database for Comparative Analysis mbgd.genome.ad.jp 微生物ゲノム比較解析システム　内山 郁夫 ci.nii.ac.jp/naid/110001151…

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws まとめ）系統推定は超多次元空間における点推定問題である．知覚されないまま捨てられるデータも多々あるだろう．データの “表現” 問題は本質的である．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws Spectral Analysis｜Multipolar Consensus Tree｜Tree Space｜Tree of Trees｜系統ネットワーク法｜車輪樹法：もったいないなら情報を足せばよい。統計値情報もプラス

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 岩崎さんの講義だん．ランチタイムなう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 午後イチの講義は伊藤剛「ゲノム情報の探索と配列のアラインメント」．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws UniProt (uniprot.org)で"ascorbic acid"を検索。Entry: Q9UHI7 の情報取得 uniprot.org/uniprot/Q9UHI7　 link.g-language.org/Q9UHI7

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws BLAST検索 (genome.jp/tools/blast/)　低複雑度領域を隠すフィルター(Filter)は必須。但し、時に悪さをするので要注意。

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws Clustal (ja.wikipedia.org/wiki/Clustal)は、1対1の整列（ペアワイズアラインメント）で得られた配列一致度に基づいて、Guide tree (拡張子.dnd)を作るが、これは系統樹ではないので注意。

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws Clustal と MAFFT によるアラインメント実習ちう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 田村浩一郎センセイ到着なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 伊藤さんの講義だん．休憩なう．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 【質問】Clustal対MAFFT。Bootstrap値が低くなる理由。RNA二次構造を利用したアラインメント作成。

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 距離行列法の原理．pairwise diatance から枝長の総和（SBL）を求める．SBLを最小化する最小進化原理．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 全ての枝の長さの総和（Sum of Branch Length; SBL）を求める。実際の距離は（多重置換などによる）誤差がある

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 眼力の実習ちう．

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 4配列。系統情報を持つサイト: AATT, ATAT, ATTA。系統情報を持たないサイト: AAAT (Singleton), AATC (ダブルSingleton)。

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws "Felsenstein Zone"～最節約法の盲点～最節約的な樹形の方が確率が低い場合がある。

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws 「私は系統樹を手計算しています（キリッ）」．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws n=4の最小進化樹形探索では，すべての pairwise distances の総和式で，樹形ごとの最近隣対の距離のみ係数を二倍すれば，総枝長（SBL）の四倍となる．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws いきなり MEGA 6 だ！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws MEGA 6 には（多くのユーザーが使ってくれない）ツールが実はいくつも潜んでいるんです！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws MEGA 6 で入った分岐年代推定ツール RelTime の説明なう．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws RelTime は mcmctree よりも1000倍速い．BEAST よりも百万倍！

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#188ws MEGA 6 の講義資料 つ tinyurl.com/k9c3zp3

Haruo Suzuki @copypasteusa

#188ws 分岐年代推定 RelTime megasoftware.net/reltime/reltim… Tamura et al. PNAS 2012 ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23129628