BUGS/Stan勉強会#2

2013/12/22(日)に開催された BUGS,Stanの勉強会
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T.Nakagawa @TeitoNakagawa

BUGS/Stan勉強会#2 明後日12月22日(日)に開催です。現在、満席になっておりますキャンセルされる方は早めのキャンセルをお願い致します。 http://t.co/x2X6N0j7sD #TokyoBUGS

2013-12-20 14:24:37
松浦 健太郎 @hankagosa

自己紹介タイムはじまた。業界バラバラっぽい。今回は生態学の方々が多くて専門家が多そう! #TokyoBUGS

2013-12-22 14:04:23
松浦 健太郎 @hankagosa

まさかの山梨県からの参加が!僕も同じぐらいかもしれませんが…。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:10:55
松浦 健太郎 @hankagosa

今のところ参加者が15人。この状況を読んでたのか、補欠者からも2名ほど参加。データためて参加者のモデル作りします。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:15:34
松浦 健太郎 @hankagosa

「データ分析の価値ある知見は複数の異なるデータソースを結びつけ、それを掘り下げることによって生まれる」#TokyoBUGS

2013-12-22 14:17:27
kos59125 @kos59125

やはり Stan でも離散パラメーターを簡単に使いたい。 #TokyoBUGS

2013-12-22 14:22:37
松浦 健太郎 @hankagosa

ハミルトニアンなんて久々にみるわぁ。最近はHと言えばヘシアンだわぁ。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:30:15
松浦 健太郎 @hankagosa

NUTSの論文紹介は募集中とのこと。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:31:12
松浦 健太郎 @hankagosa

インストールは基本的にRStanのホームページにある手順を上から順番に実行するだけ。https://t.co/WYB1mOa0t1 #TokyoBUGS

2013-12-22 14:40:00
松浦 健太郎 @hankagosa

proxyとかあってrstanパッケージのインストールがうまくいかない人はrstan_2.0.1.tar.gzをgithubから落としてきてコマンドプロンプトから>R CMD INSTALL --build rstan_2.0.1.tar.gz でいけるはず。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:41:16
過学習(bias and variance) @biasandvariance

Stanのvector型はreal型しか格納できない、Intはarrayに格納する #TokyoBUGS

2013-12-22 14:46:32
松浦 健太郎 @hankagosa

matrixはmatrix[3,4] a; みたいに宣言するが、corr_matrix[3] やcov_matrix[3] は1次元だけ指定する。#TokyoBUGS

2013-12-22 14:48:13
松浦 健太郎 @hankagosa

Rhat値は収束のよさを表すパラメータ。「全」パラメータが同時に Rhat < 1.1になることが一つの目安です。書籍によるとRhat < 1.05を使っている人もいるようです。 #TokyoBUGS

2013-12-22 14:52:27
松浦 健太郎 @hankagosa

発表資料up&ブログ更新しました→「とある病んだ院生の体内時計(サーカディアンリズム)」 http://t.co/QwN0LMWwRk #TokyoBUGS

2013-12-22 14:53:21
過学習(bias and variance) @biasandvariance

Stanはコンパイル時内部でEigen,boostを使っていたりするのでエラーになるとそれなりに大変なメッセージがでてくる。#tokyoBUGS

2013-12-22 15:06:38
kos59125 @kos59125

「正規分布のモデルは Stan 版の Hello world」 #TokyoBUGS

2013-12-22 15:09:21
hoxo_m @hoxo_m

#TokyoBUGS / “フォン・ミーゼス分布 - Wikipedia” http://t.co/w3kN88EZIp

2013-12-22 15:19:42
松浦 健太郎 @hankagosa

PyStanで自然言語処理、だと!? #TokyoBUGS

2013-12-22 15:40:10
松浦 健太郎 @hankagosa

PyStan on Macのインストールの苦労はメーリングリストでありました。まだちょっと開発中なのかなぁ。待ったほうがよさそうですね。https://t.co/mDPImjwCqY #TokyoBUGS

2013-12-22 15:47:52
松浦 健太郎 @hankagosa

まさかこの勉強会でもLDAの話を聞くことになろうとは…。僕も2014年はトピックモデルをしっかりやる予定です。 #TokyoBUGS

2013-12-22 15:51:21
松浦 健太郎 @hankagosa

トピックモデルにつきましては、こちらの資料がいまのところ分かりやすいと思います。今年の資料もはじめの方はそんなに変わりません。 http://t.co/7utnkurQrU #TokyoBUGS

2013-12-22 15:53:38
松浦 健太郎 @hankagosa

ノンパラベイズの実装方法は Chinese restaurant processとStick Breaking Processが有名で、The BUGS Bookの11章では後者で実装していたと記憶しています。 #TokyoBUGS

2013-12-22 16:03:55
松浦 健太郎 @hankagosa

生態学における中立理論; Ewens distribution 限られたニッチの中での各種の個体数の分布; α=0 のChinese restaurant process #メモ #TokyoBUGS

2013-12-22 16:11:50
松浦 健太郎 @hankagosa

Rだと {untb} パッケージがあり、遅い、とのこと。#TokyoBUGS

2013-12-22 16:12:43