日経サイエンス古田彩氏「遠藤高帆理研上級研究員がSTAP細胞やFi幹細胞の遺伝子配列データを再解析した論文を発表」関連ツイートまとめ
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古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
遠藤高帆・理化学研究所統合生命医科学研究センター上級研究員がSTAP細胞やFi幹細胞の遺伝子配列データを再解析した結果を，日本分子生物学会誌の英文誌 「Genes to Cells」に発表。 onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gt…
2014-09-22 19:25:57
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency（一塩基多型のアリル頻度を用いたRNA-seqのクオリティコントロール手法）Takaho A. Endo
2014-09-22 19:39:10
Endo, Takaho
@caripso
色々苦労しましたが、論文が出版されました。事務処理が遅れてしまいましたがオープンアクセスにできるようにする予定です。... fb.me/3eAxUTo45
2014-09-22 20:26:19
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
タイトルに「STAP細胞」の文字はないが，これは解析に際して遠藤氏が作った手法を報告する形で書かれているから。RNA-seq データにおけるSNP（ゲノム配列に生じる一塩基の変異）を抽出して解析し，細胞の元マウスの系統や染色体異常を調べる手法は，遠藤氏の発案によるものだ。（1）
2014-09-22 21:44:38
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
解析結果は，これまで報じられた内容から変わらない。小保方氏らの公開データよれば，STAP関連細胞は129マウスとB6マウスを交配して作った雑種マウスの細胞。だがFI関幹細胞のSNPをこの手法で調べたところ，雑種のパターンにはならなかった。（3）
2014-09-22 21:47:41
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
Fi幹細胞について実際に得られたパターンの説明として最も考えられるのは，「遺伝子的にB6」のES様細胞と，「遺伝子的にCD1」のTS様細胞の2種類が混在していたというものだ。後者は全体の10％以下と見積もられた。（4）
2014-09-22 21:48:45
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
訂正再送）またSTAP細胞の8番染色体にトリソミーという染色体異常が生じていた。これは新生仔マウスの脾臓細胞からSTAP細胞を作ったとの説明に合わない。マウスは8番トリソミーがあると胚の段階で致死。「ゆえにこの細胞はES細胞に極めて良く似た性質を持つ培養細胞だと結論される」（5）
2014-09-22 22:11:06
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
論文は3人のレフェリーが査読した。近いうちにオープンアクセスになり，誰でも読めるようになる見通し。比較的平易に書いてあり，専門外の人が読んでも中心的な主張はわかると思う。（6）
2014-09-22 22:18:27
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
再）遠藤論文の提出後，STAP論文のデータが論文撤回を待たずして取り下げられた（当時それを見越した遠藤氏がデータのダウンロードを呼びかけている twitter.com/caripso/status…）このため論文の内容をどう保証するかが問題になった。掲載に時間がかかった理由の1つ。（7）
2014-09-23 12:08:05
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
幸い，データは数日後に再び公開された。今回解析されたデータが確かにSTAP論文のデータであることは，STAP論文の責任著者である若山照彦山梨大学教授が確認している。遠藤氏の,解析を，同じデータで検証することが可能。（8）
2014-09-22 22:32:53
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
論文の謝辞が興味深い。冒頭で，慶応大学の吉村昭彦氏のブログ new.immunoreg.jp/modules/pico_b… を挙げており，ここからSNP解析の示唆を得たことが伺える。（9）
2014-09-22 22:36:37
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
草稿は5月にSTAP論文の共著者に送られたが，若山照彦氏と丹羽仁史氏からはコメントがあった。また理研（横浜）の谷内一郎，Nyambayar Dashtsoodol，早津徳人，Jafar Sharif，磯野協一氏ら，理研（和光）の中川真一氏らがデータ提供や議論に応じている。（10）
2014-09-22 22:39:44
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
理研の公式サイトに論文発表についての記載は見当たらない。今に始まったことではないが，随分とつれない扱いだ。解析結果が理事長と理事らに報告されたのは5月22日だが，理研は改革委委員会にも報告せず，報道などで解析を知った改革委が，土壇場で遠藤氏を呼んでヒアリングした。（11）
2014-09-22 22:58:42
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
本来，理研の調査委員会が行うべきだった調査である。遠藤氏でないとできなかった部分はあると思われるが，最初から正式な論文調査の一環として委託し，調査すべきだったと考える。理研が何らサポートしないばかりか，報告すら無視する姿勢を取り続けたことをは理解に苦しむ。（12）
2014-09-22 23:40:13
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
最初から調査委の主導で行っていれば，若山氏のSTAP幹細胞調査（これも氏らが自ら行っている）や，CDBに残された細胞との関連も，今頃明らかになっていただろう。外形的な疑義に調査を限定し，肝心のSTAP細胞には触れずに済ませようとしたせいで理研が失ったものは，凄く大きいと思う（了）
2014-09-22 23:57:06
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
理研はリリースを出すべきだ。遠藤氏の結果は何度もマスコミに報じられ、竹市センター長と広報が再三、否定的なコメントを出している。科学の手続きを踏んで査読誌に発表されたからには、社会と科学コミュニティに判断材料として提供する必要があると考える。
2014-09-23 01:41:56
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
（承前）小保方氏のコメントは公式サイトに掲載し、遠藤氏の論文は無視するというのは通らない。第一、所内でも所外でも、発表前からこれほど注目度の高い研究はそうはない。 @_shiroyagisan
2014-09-23 01:47:23
古田彩 Aya FURUTA
@ayafuruta
ここ数日で新たにフォローして頂いた方が多いので、遠藤高帆氏の解析についての解説記事を貼っておきます。３カ月前の記事ですが、内容は今回発表された論文と同じ。【号外】STAP細胞 元細胞の由来，論文と矛盾（2014年6月11日） nikkei-science.com/?p=42686
2014-09-24 09:09:52