Rによるハイパフォーマンスコンピューティング入門聴講まとめ
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teramonagi
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テラモナギ
@teramonagi
私の環境(windows XP,32bit)だとC:\Program Files\R\R-2.11.1\bin\Rblas.dllがある。これをGotoBLASなりATLASに置き換えて高速化を目論む #highpfR
2011-01-24 11:28:09
Takashi Minoda
@aad34210
CRAN ← シーラン って読んでたけど、「クラン」って言われてる。どっちが正しいのでしょうか…。 #highpfR
2011-01-24 11:28:57
テラモナギ
@teramonagi
ATLASはhttp://cran.ism.ac.jp/bin/windows/contrib/ATLAS/から落っことせとのこと。 #highpfR
2011-01-24 11:32:40
Takashi Minoda
@aad34210
BLASの中ではGotoBLASが一番早いかもしれません。ベンチマークの結果でもたしかに早くなってます。 #highpfR
2011-01-24 11:38:26
sfchaos
@sfchaos
1000 * 1000 の特異値分解10回にかかる計算時間の比較．BLAS 3.7175s, GotoBlAS 0.89s.#highpfR
2011-01-24 11:40:17
Takashi Minoda
@aad34210
マルチスレッドのコンパイル環境を作らなくちゃいけなお pnmath WIndowsで利用するとすると。 #highpfR
2011-01-24 11:47:23
テラモナギ
@teramonagi
pnmathは乱数・BLAS関係を除いた数学関数をOpenMPを使って並列化したもの。pmath0はpthreadを使って並列化。コンパイルがめんどい。 #highpfR
2011-01-24 11:47:53
sfchaos
@sfchaos
【pnmath】乱数関係，BLAS関係以外の数学関数をOpenMPで並列化．【pmath0】pthreadで並列化．http://bit.ly/a2igtq #highpfR
2011-01-24 11:48:29
テラモナギ
@teramonagi
何の関数がどのヘッダーに書いてあってそれがコンパイルされてどのdllになるのかを把握しないといじるのは厳しいな・・・ #highpfR
2011-01-24 11:52:27
Takashi Minoda
@aad34210
Cはやったことが無いけど、厳しそうな印象。 RT @teramonagi: 何の関数がどのヘッダーに書いてあってそれがコンパイルされてどのdllになるのかを把握しないといじるのは厳しいな・・・ #highpfR
2011-01-24 11:53:42
sfchaos
@sfchaos
内部的な並列化の選択肢としては，現状，pnmathとBLASくらいしかないとのこと．みんな取り組みたがらないらしいw #highpfR
2011-01-24 11:53:45
Takashi Minoda
@aad34210
biglmはファイルから読み出しはわかった。よく使うのは、Databaseから直接でっかいデータを抜いてくるときはどうするんだ？ #highpfR
2011-01-24 13:13:11