HKLによるrejectの議論？

K. Yam @yam_cpp

XDSで処理したデータでpointlessで空間群がちゃんと決まらなかったから何かと思ったらh軸上の反射が無かった．MINIMUM_ZETA=0.01にして積分やり直したらちゃんと見えた．そんなギリギリな方位になってたのね

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp ミニマムツェータをいじると低角のアールがめっさ悪くなったりしないすか？興味あります。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 「意外と大丈夫」だそうです． http://bit.ly/eaqjHz 手元の例ではちょっと攻めすぎた感はありますが，まあまあ大丈夫かなと（テーブル上のR-FACTOR vs 分解能に深刻な変化は無いです） http://twitpic.com/429ses

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ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp あ、wikiに。ごめんよありがとー。SLSがごっさ優秀でその結果てわけでもなく、ぽいですね。勉強になったす。てか、自分でやれってかｗ。この領域の反射は他に比べて多くのフレームにまたがってるので足すときに装置誤差をもろに食らうという印象があったのです。

K. Yam @yam_cpp

特に重原子による位相決定をする上では，おかしいフレームを切る操作って，思ったより重要なんだな．反射がほぼ消えてる間の数フレームを切らないと，shelxで位相が決まらなかった．統計値のテーブルに，特に差は無し．．

Naoki Sakai @nsakaii

@yam_cpp Crのデータで硫黄探したときは4.0Aくらいまで「広角側」をケチったらめっかったことがあります．なぜ？と聞かれても？？？だったのですが．変なフレーム外すのはSe-MADのときよくやりました．

ひ○たく @kun32xu

@nsakaii 変なフレームて指標はなんなのだ？

Naoki Sakai @nsakaii

@kun32xu 積分後のカイスクエアのおかしなやつをスケーリングから退かしてました．HKL2000のDisplay frameで見れるやつね．Solve/Resolveに突っ込んで芳しくないときはここをいじったりしてました．すまん結晶学っぽくなくって．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu 最近は習慣的にMINIMUM_ZETA=0.01で処理して，rf.pckをチェックしてますが，少なくともそれを見る限りでは問題無いです．ローレンツ補正の際に問題が起こるかも，ということでしたが，問題の原因は装置誤差にあったんですね

K. Yam @yam_cpp

@nsakaii @kun32xu やっぱり重原子で位相を決めるときは強度の正確さの微妙な違いが効いてくるんですね．いろいろと試行錯誤をやる必要があると．．

Naoki Sakai @nsakaii

@yam_cpp 分子置換も然り（試行錯誤）．そういうところをいかにシステマティックにやっていくか自動化していくかというところがハイスループット化の大事なところ．試料調製から解析に至るまでやる事はたくさんある（はず）

K. Yam @yam_cpp

@nsakaii 確かに，分子置換もハマるときはハマりますもんね．そういうのを自動でできたら凄いんでしょうが．．

Naoki Sakai @nsakaii

@yam_cpp 分子置換で２，３日はまるとSe培地を作りたくなる…

ひ○たく @kun32xu

@nsakaii @yam_cpp てか、かなりあの後盛り上がってたねんな。nsakaiiに質問なげっぱで寝とった。スケールの後のrejectの話ありがとう。ユーザによっては位相決定の時にはrejectをかけない方が良い、という人もいるので面白いなと思った。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp MINIMUM_ZETAについてノウハウありがとう。こちらでも試してみますね。こないだ言っていたロレンツ因子の話はdiffraction widthを見積もるときのもの。それについてはこの回転軸周辺の反射以外でも特に広角で見積がおかしくなる傾向がある。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp 今回のもロレンツ因子といえばロレンツ因子なのだが低角側の高い強度のものが複数枚、しかも多くのフレームにまたがってしまう場合、特にループの揺れによる強度ぶれでpartial addするときの強度誤差がより多くのってくるよ、という話。それを装置誤差といいました。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp この強度誤差の話に関してはhttp://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?ba5077この文献の中で紹介されてい、、、たと思う。それをほぼ「なるほど」と信じていたのでMINIMUM_ZETAは小さくしない方が良いかなぁと思った。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu それって，HKL2000のsigma cutoffのことだったりしませんか？あれはわりと賛否両論あるものだと思うので．． RT ユーザによっては位相決定の時にはrejectをかけない方が良い

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp ちなみにMOSFLMの中では最初に理論的にある反射点がのるであろうフレーム数を計算していて、それが閾値を超えるとそいつはリジェクトしちまう、ってなルーチンが入ってい、、、、たと思う。けど、「意外に」使えることが分かって試してみようと思いました。サンクス。

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp　んー。操作を見てるだけだとrejectしてないだけでしたね。> sigma cutoff

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu ローレンツ因子と装置誤差のお話，ありがとうございます．最近実感し始めましたが，ループ揺れの誤差ってかなりあるんですね．．

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu i(p)mosflmで緑色のボックスで出る，"too wide in phi"やつですね．マニュアルによれば，デフォルトだと5度までらしいです．なるほど，MOSFLMでもこの値(MAXWIDTH)を大きくして，実験してみるのが良さそうですね RT MOSFLM

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp こないだふと思ったんだが、試料を凍結することと同時にクライオの気流が試料を揺らすことも同時にはじまってますよね。mosaicityがその時期から高くなってることに関係ないのかな？と。ま、ループ揺れは細いビームになればなるほどシビアと先の論文にはあっ、、、たはず

ひ○たく @kun32xu

@yam_cpp そうっすね。その閾値を変えれば今回のyamさんのデータもMOSFLMでもうまくいくかもです。なかなか「デフォルト設定」も曲者ですな。それに頼ってる部分がでかすぎると。

K. Yam @yam_cpp

@kun32xu フレームをrejectしない方が良い場合もあるんですね．もちろん(anomalous)redundancyが十分にあるときしか使えない技だとは思いますが．．でも微妙な時は微妙ですね． RT んー。操作を見てるだけだとrejectしてないだけでしたね