分子系統学の理論と実習

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］さて，今夜の交流会用の日本酒は氷温庫に格納したので，そろそろ筑波事務所電農館に出向こうかな． http://t.co/kSX2oCCb #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［欹耳袋］本日から始まるワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉 http://t.co/KBSw4AFp のハッシュタグは #tbh155 に決めました．

K.Ooi @k_ooi

そろそろ宿泊棟を出よう。受付は9時から。 #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］筑波事務所電農館に到着．すでに三々五々ワークショップ参加者が集まり始めている． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［欹耳袋］緊急情報：ワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉 http://t.co/KBSw4AFp 講師諸氏：電農館PC実習室のディスプレイは Mac との相性が悪いですので，プレゼンファイルを Windows PC にコピーできるようにご用意ください． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］参加者がだいぶ集まってきた． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

@iwasakiw 明日はよろしくお願いいたします．傍聴・乱入，どーぞ！ #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］体系学概論だん．休憩なう． #tbh155

白水　貴 @Takashirouzu

朝からおいしいトークにどっぷり浸かる．ちょっと部屋が乾燥してるのか，喉が乾くな． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］では，そろそろ次の系統推定論に進もうかな． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］午前の部だん．ランチタイムなう．mgmg． #tbh155

Kawai_Yusuke @fiddler_K

メモメモ。MCRobot　http://t.co/5VzTVapC #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

［つくば］アラインメント講習なう． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 informative sites では「star」よりも「tree」の方が最節約的．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 多重アラインメントの「論理循環性」について．初期系統樹→多重アラインメント→推定系統樹．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 午後３時からは MEGA5 の講習タイム．

K.Ooi @k_ooi

初期系統樹は距離法で作って、アラインメント後は形質状態法で系統推定するからあまり論理循環と感じない。 RT @leeswijzer #tbh155 多重アラインメントの「論理循環性」について．初期系統樹→多重アラインメント→推定系統樹．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 もうすぐ MEGA 5.1 が登場する予定．スピード重視．最尤法に関しては RAxML が競争相手だ！（TMRセンセ語る）

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 MEGA 5 のモデル選択法について（MBE論文から）．AICc と BIC を比べれば後者がいいかな．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 モデル選択のための guide tree をどうするか．guide tree の選択は結果にはほとんど影響しない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある（MBE accepted）．わからないものはわからない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

#tbh155 系統推定法よりもアラインメントの結果の方が performance に大きく影響する．

吉澤和徳 @psocodea

これかな？http://t.co/vt1RBZjM RT @leeswijzer: #tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある（MBE accepted）．わからないものはわからない．

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

それそれ QT @psocodea: これかな？http://t.co/SByX5Y1C RT @leeswijzer: #tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある（MBE accepted）．わからないものはわからない． #tbh155

Minaka Nobuhiro 〈みなか食堂〉店主 @leeswijzer

@sdohdachi #tbh155 「全ゲノム情報」は配列情報のみなので「全形質集団」ではないと思います．