分子系統学の理論と実習

第155回農林交流センターワークショップ 「分子系統学の理論と実習」( http://bit.ly/orA8QP )でのツイートをまとめました。 背後霊三人(分かる人にしか分からないか)を意識しつつ、系統樹の森を恐る恐る進む日々。 三中信宏さんの講義関連資料 Paul lewis lab: http://bit.ly/vkg5ih 続きを読む
科学 系統解析
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MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]さて,今夜の交流会用の日本酒は氷温庫に格納したので,そろそろ筑波事務所電農館に出向こうかな. http://t.co/kSX2oCCb #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[欹耳袋]本日から始まるワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉 http://t.co/KBSw4AFp のハッシュタグは #tbh155 に決めました.
K.Ooi @k_ooi
そろそろ宿泊棟を出よう。受付は9時から。 #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]筑波事務所電農館に到着.すでに三々五々ワークショップ参加者が集まり始めている. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[欹耳袋]緊急情報:ワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉 http://t.co/KBSw4AFp 講師諸氏:電農館PC実習室のディスプレイは Mac との相性が悪いですので,プレゼンファイルを Windows PC にコピーできるようにご用意ください. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]参加者がだいぶ集まってきた. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
@iwasakiw 明日はよろしくお願いいたします.傍聴・乱入,どーぞ! #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]体系学概論だん.休憩なう. #tbh155
白水 貴 @Takashirouzu
朝からおいしいトークにどっぷり浸かる.ちょっと部屋が乾燥してるのか,喉が乾くな. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]では,そろそろ次の系統推定論に進もうかな. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]午前の部だん.ランチタイムなう.mgmg. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
[つくば]アラインメント講習なう. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 informative sites では「star」よりも「tree」の方が最節約的.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 多重アラインメントの「論理循環性」について.初期系統樹→多重アラインメント→推定系統樹.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 午後3時からは MEGA5 の講習タイム.
K.Ooi @k_ooi
初期系統樹は距離法で作って、アラインメント後は形質状態法で系統推定するからあまり論理循環と感じない。 RT @leeswijzer #tbh155 多重アラインメントの「論理循環性」について.初期系統樹→多重アラインメント→推定系統樹.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 もうすぐ MEGA 5.1 が登場する予定.スピード重視.最尤法に関しては RAxML が競争相手だ!(TMRセンセ語る)
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 MEGA 5 のモデル選択法について(MBE論文から).AICc と BIC を比べれば後者がいいかな.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 モデル選択のための guide tree をどうするか.guide tree の選択は結果にはほとんど影響しない.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある(MBE accepted).わからないものはわからない.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
#tbh155 系統推定法よりもアラインメントの結果の方が performance に大きく影響する.
吉澤和徳 @psocodea
これかな?http://t.co/vt1RBZjM RT @leeswijzer: #tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある(MBE accepted).わからないものはわからない.
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
それそれ QT @psocodea: これかな?http://t.co/SByX5Y1C RT @leeswijzer: #tbh155 全ゲノムデータを使っても系統関係が決まらないことがある(MBE accepted).わからないものはわからない. #tbh155
MINAKA Nobuhiro @leeswijzer
@sdohdachi #tbh155 「全ゲノム情報」は配列情報のみなので「全形質集団」ではないと思います.
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コメント

K.Ooi @k_ooi 2011年11月1日
三中さんの講義で出てきた「種の起源」の版ごとの比較 http://benfry.com/traces/
K.Ooi @k_ooi 2011年11月1日
同じく三中さんの講義の資料。百鬼夜行絵巻(日文研のアーカイブ) http://kikyo.nichibun.ac.jp/emakimono/
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