ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「特に重要な結果：TFの結合は近位と遠位だと異なること．ネットワークにおけるアレルのbehavior」 #encodejp-05
2012-09-29 10:55:33
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「近位と遠位のタグ数の差をみると，TFやcoactivatorなどによってその差が異なる．近位より遠位の方が大きい場合も小さい場合もある」 #encodejp-05
2012-09-29 10:57:39
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「ChIP-Seqデータ→ピーク検出/オーバラップ計算/近位・遠位→共起やRelative importanceなどを調べるパイプライン」 #encodejp-05
2012-09-29 11:09:23
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は朝野仁裕さんの「The long-range interaction landscape of gene promoters」 #encodejp-06
2012-09-29 11:13:21
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「長距離相互作用は非対称性を示し，TSS上流120kbに位置するエレメントとの相互作用に関する偏り．」 #encodejp-06
2012-09-29 11:14:44
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「5Cを使った解析．primerが必要．44個のencode regionに含まれるHindIII周辺にprimerを設定．」#encodejp-06
2012-09-29 11:16:44
Masahiro Kasahara
@mkasahara
5Cについては Wikipedia http://t.co/INUBvCvB を参照 #encodejp-06
2012-09-29 11:17:27
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「細胞特異的な結合サイトはEnhancerである可能性が高い．ヒストン修飾等のマーカーとの相関の調査」「CTCFには細胞特異性は少ない」 #encodejp-06
2012-09-29 11:20:35
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「TSSでのLoopingがあると遺伝子発現がnon-loopingに比べて高い」「TSSが相互作用するところをみるとTSS上流（非対称）で多い．遺伝子発現があるTSSの方がその傾向が強い」 #encodejp-06
2012-09-29 11:22:14
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「何個TSS（CTCF, CTCF-cohesin）を飛び越して，loopingしてるか，結構多い5」 #encodejp-06
2012-09-29 11:23:23
maikel
@maikelmaeda3
遠くとの相互作用の複雑さに驚いた。トランスジェニックマウスでのレポーターの意義はどうなるのだろう。 #encodejp-06
2012-09-29 11:25:18
naka-take
@Yuhki_Nakatake
これは興味のど真ん中。ＴＳＳがdistalと相互作用するところについて。 enhancerが機能する場合は、CTCFsite関係なく転写される。 しっかし細胞特異的な結合サイトって、全体から見るとレアですね #encodejp-06
2012-09-29 11:29:57
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は沼倉健介さんによる「Annotation of functional variation in personal genomes using RegulomeDB」 #encodejp-07
2012-09-29 11:26:45