ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GWASでとれてくるSNPの88%がnon-coding region．機能予測の方法論が確立していない．RegulomeDBがnon-coding regionのSNPの機能予測を助けてくれる」 #encodejp-07
2012-09-29 11:28:28
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「各SNPについて，マニュアルキュレーションデータ，ChIP-seq，クロマチン状態，eQTL，DNase footprintによるTF結合予測やTFもチーフ，が紐づけられているデータベース」 #encodejp-07
2012-09-29 11:29:42
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「SNPごとにevidenceの組み合わせによってevidenceのレベルを表す指標が付加されているので便利」 #encodejp-07
2012-09-29 11:30:26
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Compound Hetero (制御領域が壊れてる遺伝子＋遺伝子本体が壊れている) のようなケースが拾える。 #encodejp-07
2012-09-29 11:31:59
Jun Sese
@sesejun
著者のメンバーの殆どが，酵母のSaccharomyses Genome Databaseを作っているメンバーですね．#encodejp-07
2012-09-29 11:32:25
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「応用例：個人ゲノム．coding, non-codingで機能領域のものをとれる．制御領域とcodingにSNPがそれぞれヘテロに入っている組み合わせも重要かも」 #encodejp-07
2012-09-29 11:32:34
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「応用２：GWAS再解析．non-coding regionでとあるモチーフの一部にSNPがある，という例」 #encodejp-07
2012-09-29 11:33:25
Masahiro Kasahara
@mkasahara
RegulomeDB, Webアプリだけじゃなくて CSV バルクダウンロードもあるのか。これは使えそう。 #encodejp-07
2012-09-29 11:34:58
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「ウェブインターフェース http://t.co/hynvshNc データのbulk downloadもできる」 #encodejp-07
2012-09-29 11:35:21
Y. Furuta
@hornistyf
regulome-DB、SNPのスコア付けにnegative selectionやpositive selectionの情報は入ってないんかいね？ #encodejp-07
2012-09-29 11:35:36
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は @antiplastics さんによる「ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia」 #encodejp-08
2012-09-29 11:35:54
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
Compound Hetero は面白い考えだな。遺伝子の変異がヘテロでも制御領域の反対側のアリルが変異していれば表現型がでるかもしれないという考えかた。それがRegulomeDB ならみつかるかも的な話 #encodejp-07
2012-09-29 11:36:58
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「ENCODE/modENCODEで4種，140の転写因子，100以上の細胞株でChIP-Seqをやってきた経験からのChIP-Seqのガイドライン．」 #encodejp-08
2012-09-29 11:37:12
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「抗体の特異性のテスト方法，read depthの選び方，replicateするべきかどうかの基準，など 」 #encodejp-08
2012-09-29 11:38:00
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
#encodejp-08 地味だけとめちゃ重要。ChIP は replication は2回で十分。自分の感覚と合うな。
2012-09-29 11:41:32
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「NSC(normalized strand coefficient)とRSC（relative strand correlation）．」 #encodejp-08
2012-09-29 11:41:38
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「forward/reverseにマップされたリードの山をk塩基シフトしたときの相互相関係数を計算．kについてプロットするとfragment長由来のピークが出るが，read長由来の'phantom peak'も出現．」 #encodejp-08
2012-09-29 11:43:28