ENCODE勉強会( #encodejp )午前の部
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「NRF(non-redundant fraction)：PCR duplicateばかりのときは低複雑，IDR(irreproducible discovery rate) ：再現されないものがでる割合」 #encodejp-08
2012-09-29 11:45:28
naka-take
@Yuhki_Nakatake
IDRは他の解析系（e.g.RNAseq）でも同じ厳密さなんだろうか？実験系によって特性が違うはずなのですが、同じと考えていいのかなぁ #encodejp-08
2012-09-29 11:45:31
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は竹本経緯子さんによる 「Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome」 #encodejp-09
2012-09-29 11:47:00
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「RT-PCR-seqによる遺伝子アノテーション．GENCODEが予測するexon junctionをまたいだ設計のプライマーでRT-PCR→Seq．」 #encodejp-09
2012-09-29 11:49:00
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「8割ぐらいの予測されてた遺伝子が検出できた．putativeなものには組織特異的なものが多かった」 #encodejp-09
2012-09-29 11:52:39
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「gem-split-mapper : アノテーションなしスプライストマッピングをしてくれる．1119個のunannotated transcript(isoform)．新しく見つかったexonの69%は組織特異的」 #encodejp-9
2012-09-29 11:55:06
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
testis 由来の RNA に多様性が多いのは、FANTOM1 時代から言われているけど、なんでなんだろうね。 #encodejp-09
2012-09-29 11:55:32
naka-take
@Yuhki_Nakatake
#encodejp-09 -02のSup.Fig.6の詳細解析。繋ぎ目のタグとＶａｌｉｄａｔｉｏｎの成功率は正の相関がクリア。 transcript drivenで想定していなかったgene structureを同定できるのはおもしろいなぁ
2012-09-29 11:56:38
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「新規に見つかったexonは進化的に保存されていないものが多かった．新規に見つかったもの中でcodingのものはnon-codingに比べるとphastcons score高め」 #encodejp-09
2012-09-29 11:57:02
Kayo Okuda
@pinokio7kayo
次は藤井 信之さんによる「Deep sequencing of subcellular RNA fractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional ...」#encodejp-10
2012-09-29 12:02:46
Wataru IWASAKI
@iwasakiw
coSIで分母と分子にjunctionをまたぐリード数を足してある意味は何でしょう？ #encodejp-10
2012-09-29 12:04:57
naka-take
@Yuhki_Nakatake
#encodejp -02のＦｉｇ．２の詳細解析 coSIはspliced productタグの平均値/全transcriptの平均値。polyAから遠いとcoSIが１に近い polyAなしのはもともとの局在に偏りがありすぎるから、polyAありで見たほうが結果がクリア
2012-09-29 12:08:38
naka-take
@Yuhki_Nakatake
転写されながらスプライスされるのはpolIIのCTDの解析とかで分かってたけど、細胞分画とRNA-seqを組み合わせることで、定量的なデータでRNAのプロセシングを解析できるってのは強いなぁ #encodejp-10
2012-09-29 12:11:55
Tomoshige Ohno
@tm_ohno
@iwasakiw 参加してないのに失礼します。先日その論文を斜め読みしましたが、coSIはsplicingの完了度を見るためのもので、junctionをまたぐリードはsplicing完了を示すと考えそのようなリードの割合を見ているんだと解釈しています #encodejp-10
2012-09-29 12:30:10
Tomoshige Ohno
@tm_ohno
@iwasakiw 論文中にa~eを使って定義を説明している図があったかと思いますがcoSIを計算したいexonの両端に注目して, intron部分を含むリードが多い程coSIが低くなるという話かと思います #encodejp-10
2012-09-29 12:34:13