「バイオインフォマティシャン」と三回早く言ってみた　～次世代シーケンサー～

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe あっ！次世代シーケンサー！前に気になってた言葉！

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 イメージ的には、地に足付けた証明実験よりも「仮説」が先行するタイプというか、ぴったりハマってるウチはいいのだけど、少しずれると…

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 腸の外で増やす方法がないものでも、「その菌のDNA（やRNA）が糞便中からどれだけの量、検出されるか」を調べれば、腸内にどれだけいて、どういう活動をしてるかを知ることができる、という理屈。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe えっ、そんなのわかるんですか。量も？活動内容も？DNAってそんなになんでも書いてあるの？

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 「次世代でない」DNAシーケンサーってのは、ある一種類のDNAの配列を読み取る装置で、読み取るためにはあらかじめ一種類だけに精製してやらないといけなかった。混ざり物があると正常に読めない。次世代は、混ざってても関係なく何種類も同時に読み取ることができる。

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 いろいろとやり方があるのです。例えば、どの細菌も共通に持ってる（けど配列がちょっと違う）遺伝子を検出できるようにしておいて、それを数百サンプル同時に読み取った時、そのうちいくつが菌A、菌Bという割合を求めたり（続

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 承前）特定の酵素をコードするRNAの量を調べて、それが多かったら、そのRNAから作られる酵素も多くなって、それが作用する物質代謝が起きていたと推測できる。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe 推測なのね。確率の話みたい。

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 ああ、実際に「作用してる決定的瞬間」を捉えてるわけではないので「推測」と言ったけど、「そう考えてもいいだろう」ってくらいには扱われます。間接的証拠とでもいうか。タンパク質の量自体や酵素活性自体を直接調べてるわけではないけれど、そっちは測れん条件だから。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe ふーん。推測よりもうちょっと確度は高そうな。

Y Tambe @y_tambe

次世代シーケンサーあたりになると、がーっと説明するにはどうするか悩む。

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 ここらへんは、例えば僕はいつも癌細胞とかを扱ってるわけだけど、「特定の遺伝子が働いてるかどうか」を見るときには、mRNAの発現量とか、それがコードしてるタンパク質全体の量とか、そのタンパク質がリン酸化で活性状態が変わるならその具合とか、セットで見るんですよ。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe ふむ、「間接的証拠」って感じ。

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 ただ、それは一個一個の遺伝子に注目すればこそ出来る話でもあって。また、細胞内で何かの変化が起きるときは、単一遺伝子でなく、いろいろ連鎖して劇的な変化が同時に起きたりするから、mRNAだけでもいいから全体を調べて「巨視的に」見るというやり方もある。

Y Tambe @y_tambe

どうにも上手く凄さを伝えきれないのは、ビッグデータ時代の実験手法が、どうもガーッとしてて風情がないからに違いない（違

Y Tambe @y_tambe

つか、テレビドラマとか映画とか見てたら、「えっ？それって当たり前にできるんじゃないの？」とか思われてそうな気がせんでもない。

Y Tambe @y_tambe

顕微鏡を覗いただけで「こ、これはO157…！」とか言ってみたい。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@y_tambe ふーむ。なんだろう。一部を見るんだけど、それによって全体が見えてくるみたいな。 面白い考え方。でもシンプルね。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

そもそもシーケンサー#とは ググるとコンピューターの話ばかり出てくるわよ。

PseuDoctor＠フォロワーさん以外の通知はOFF @_pseudoctor

@Butayama3 シーケンスとは｢並び・配列｣の事。なのでシーケンサーとは｢並びを決めるもの｣。DNAの配列を（調べて）決めるのも、デジタル音楽でプログラムした通りに音符の並びを決めるのも、どちらもシーケンサーです。

ぶたやま@「ぶたやまかあさんのやり過ごしごはん」発売中 @Butayama3

@_pseudoctor 並びを決めるもの？えっと…何が並びを決めるんだろう。

Y Tambe @y_tambe

@Butayama3 DNAのACGT………の並びを読むのがシーケンシング #字余り @_pseudoctor