第1回HPCOPS研究会

DevOpsがあるなら、HPCを使った解析でもそうすりゃいいじゃない(個人的理解)、という集まりがあったっぽいです。 細かいコトはキニシナイ方針で、ハッシュタグhpcopsで拾ったツイートを集めました。 3/16 公開に合わせて、編集を自由にしました。
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Ikemen Mas Kot @maskot1977

クラウド利活用の課題 ・広域ネットワークの性能と安全性の課題 ・利用・運用の課題 #hpcopsjp

2018-03-13 15:36:33
Kozo Nishida | 西田孝三 @kozo2

#hpcopsjp オンデマンドクラウド 構築サービスの概要 - 学認クラウド cloud.gakunin.jp/dist/pdf/20170…

2018-03-13 15:45:27
manabuishiirb @manabuishiirb

#hpcopsjp NIIによる、Jupyterの拡張や、hadoopなどの環境構築などについての情報があったとおもいます。 github.com/nii-cloud-oper…

2018-03-13 15:54:41
sawanoboly @sawanoboly

SpeakerDeck が終わるまで、暫定でこちらにスライドをアップしています。 drive.google.com/file/d/10vWTzx… #hpcopsjp

2018-03-13 15:54:50
Ikemen Mas Kot @maskot1977

松嶋先生 「科学技術計算用クラスタへのDocker導入と運用」 #hpcopsjp

2018-03-13 16:01:29
Ikemen Mas Kot @maskot1977

「PCサーバーをピーキーな機器と認識」 #hpcopsjp

2018-03-13 16:06:35
sawanoboly @sawanoboly

お、VM≠コンテナをちゃんと説明 #hpcopsjp

2018-03-13 16:09:38
manabuishiirb @manabuishiirb

#hpcopsjp SGE系ジョブスケジューラ docker run のラッパースクリプト。 gist.github.com/amatsus/4bdcb1…

2018-03-13 16:19:28
Ikemen Mas Kot @maskot1977

笠原先生 「最先端のゲノム解析で使いたい理想のコンテナ仮想化を考える」 #hpcopsjp

2018-03-13 16:31:04
まこ @ma_ko

最近の UGE だと先ほどの gist なくても良いかも、という話 #hpcopsjp

2018-03-13 16:31:48
Ikemen Mas Kot @maskot1977

ゲノム生物学の並列計算 10〜数百の様々なソフトウェアを組み合わせてひとつの大きな計算を行うことが多い #hpcopsjp

2018-03-13 16:33:54
Ikemen Mas Kot @maskot1977

全てのプログラムはファイルイン・ファイルアウト。ソケットを使うことはほとんどない。 #hpcopsjp

2018-03-13 16:34:32
Ikemen Mas Kot @maskot1977

「バイオインフォマティクスとはソフトウェアのインストールである」 #hpcopsjp

2018-03-13 16:35:39
manabuishiirb @manabuishiirb

#hpcopsjp twitter.com/search?q=bioin… 「バイオインフォマティクスとはソフトウェアのインストールである」

2018-03-13 16:38:04
Ikemen Mas Kot @maskot1977

「バイオインフォのツールはざっくり1万くらい」 #hpcopsjp

2018-03-13 16:39:26
Ikemen Mas Kot @maskot1977

ゲノム解析 in HPCクラスターにおける困難点 ・そもそも使うソフトウェが多い ・それぞれのソフトウェアにさらに依存ソフトがある #hpcopsjp

2018-03-13 16:43:31
ソーシャル創薬美少女🌸 @kubor_

”良いソフトウェアを作ると偉くなってしまう” #hpcopsjp

2018-03-13 16:44:18
sawanoboly @sawanoboly

偉くなったらライブラリメンテする暇がない問題。。 #hpcopsjp

2018-03-13 16:44:34
Ikemen Mas Kot @maskot1977

研究用のゲノム解析ソフトはなぜインストールが難しいのか ・開発者がソフトウェア開発のトレーニングを受けていない。 ・良いソフトを作ると偉くなってしまい時間がなくなる #hpcopsjp

2018-03-13 16:44:36
sawanoboly @sawanoboly

こういうのは habitat 向きな気がするな。。#hpcopsjp

2018-03-13 16:46:06
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