DBCLS BioHackathon 2010

so @synobu

Tetsuro Toyoda (RIKEN) Tetsuro Toyoda: RIKEN SciNeS #biohackathon2010

yokofakun@genomic.social @yokofakun

Testuro Toyoda speaking about #riken ScinEs for connecting the scientists #biohackathon2010 https://database.riken.jp/sw/links/en/rib158i/

yokofakun@genomic.social @yokofakun

riken scines = incubator of databases , bridges multiple projects (mouse, plant...) , building ontologies in browser #biohackathon2010

so @synobu

SciNeSでは、データ公開時にCCからライセンスを選択できるようになっている #biohackathon2010

@gaou_ak

豊田先生 RIKEN SciNeS; 研究者の情報や、in-houseのものを含む他数のデータベースを統合しながら管理するシステム。和光8192コアクラスターで動いている。ウェブページからオントロジーを管理できる。 #biohackathon2010

yokofakun@genomic.social @yokofakun

talking about "semantic Json" https://database.riken.jp/sw/wiki/en/cria160s1ria160s2i/ #biohackathon2010

Thomas Kappler 🇺🇦 @jugglingbits

#biohackathon2010 interesting lunch conversation about RDF, scalability, SRS ... very cool to hang out with so many other developers.

skwsm @skwsm

RIKEN SciNeS for Medical Collaborative Research Database infrastructure (Planned to release from FY2010) #biohackathon2010

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

Semantic JSON http://bit.ly/dtInjA RDF-likeな情報をJSONでやりとりする。Java/Perl/Ruby/Pythonのライブラリ付。 #biohackathon2010

Matthias Samwald @matthiassamwald

#biohackathon2010 does someone have links to the Reflect API documentation and examples of the 'SciNeS' RDF output?

(^_^)/ @_shk

何トリプル？の質問キタ

yokofakun@genomic.social @yokofakun

@markmoby is the next speaker #biohackathon2010

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

We should agree on a limited number of formats for semantic web to be used for data federation. #biohackathon2010

(^_^)/ @_shk

そーかウェットの人が端末でデータ入れてるという所がすごいシステムなのか。

so @synobu

Mark Wilkinson: SADI - semantic web service #biohackathon2010

@yokofakun

@markmoby talking about SADI http://sadiframework.org/content #biohackathon2010

@yokofakun

"creating a new format for moby was the death of moby" #biohackathon2010

@gaou_ak

Mark Wilkinson: SADI, セマンティックウェブを使う利点：データがそもそも複雑であり、頻繁にデータの更新があり、表にでてこないデータがx1000にもなるバイオのデータにはrelational modelは適切ではない。 #biohackathon2010

@gaou_ak

http://bit.ly/bCGrNR なぜセマンティックウェブを使うべきかがよくまとまっている文章、らしい。 #biohackathon2010

@gaou_ak

膨大な量のprimary keyに、standardなURIがつく事の意義は過小評価されている。 #biohackathon2010

@jugglingbits

(2nd try, get the name right) Tetsuro Toyoda presented http://semantic-json.org - very interesting! #biohackathon2010

@gaou_ak

SHARE, Sparqlクエリをもとに、動的にmergeされたデータベースを作ったり、web serviceなどに変換して実行するシステム。 #biohackathon2010

@yokofakun

SADI : we can query datasources (returning RDF ) that never existed before: e.g. a BLAST. #biohackathon2010

@gaou_ak

workflow = query = ontology。ここでもワークフローとクエリやオントロジーとの一致性が。RDFモデルでは全てがグラフなので、これらは同じものとして扱う事ができる。 #biohackathon2010

@sclopit

RT @yokofakun: talking about "semantic Json" https://database.riken.jp/sw/wiki/en/cria160s1ria160s2i/ #biohackathon2010