PCR検査は精度に問題が有り検査数を増やすべきでないと主張する方々が引用する論文について(2020.5.22作成) #新型コロナウイルス

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

「無症状なら偽陰性めちゃ多いと思うのだが」というが、そもそもご存知のように事前確率は低いので「めちゃ多くはない」。その偽陰性例に感染力がなければ無視してよい。そうした症例が数日以内に感染力を獲得する可能性は、これまでのデータからそう高いものではない。

yuuki @yuukim

@morilyn1123 発症直前が感染力のピーク（≒排出するウイルス量が多い）という報告はいくつかあるのに、そこが感度が低いというのは違和感ありますね。いくつかの相矛盾したデータもあり、安易なことは言えないですが、発症前後は感度が高いという方が整合性のあるものが多い気がしてます。 twitter.com/yuukim/status/…

yuuki @yuukim

新たにPCR検査の偽陰性を分析した論文が出ているが、感染後8日(≒発症後3日)が感度が最もよく、それでも80％という悪さ。 acpjournals.org/doi/10.7326/M2… 別の同様目的の報告だと発症時は感度90％以上で、そこから一貫して下がり続けるものだったが、、うーん。 medrxiv.org/content/10.110…

2020-05-17 13:03:44

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim ありがとうございます。この論文を確認してみます。実データが少なそうなのと、それを基に構成した統計モデルで推定した結果を出しているようなのですが、少々実態と乖離しているのでは？という印象を受けました。もう少し見てみますね。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim たびたび失礼します。データは少なくはなさそうですね。勘違いでした。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim dayマイナス4の偽陽性信頼区間が100-100だったのでおかしいと思い詳しくみてみると、そもそもsymptom onset以前の情報があるのは上の左下にあるオレンジ色のデータ、つまり単一の研究しかなく、これに引っ張られた結果になってしまっているようです。このオレンジの元論文が気になりますね。 pic.twitter.com/nrye1H6nGD

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ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim 一つ前のツイート、「上の左下」ではなく「下の図の左下」で読んでください。このオレンジがなければこれまで同様、symptom onsetから下がり続ける結果になるように思います。

yuuki @yuukim

@morilyn1123 確かに、、、Nasopharyngeal(鼻咽頭)での感度が発症前後ゼロのデータが集中していて、それが全てを引っ張ってるような？ だとすると全体の分析グラフもめちゃくちゃだと思うんですが、そんな杜撰な分析がなされてしまうものでしょうか？？

yuuki @yuukim

この論文、PCR検査の感度が発症後3日目でMAX(80％)で、発症前日は感度33％、発症日でも62％となっている。 今まであった報告では、発症直前に感度9割半ば、そこから右肩下がりだったはずで気になって、中身を見るとなんだかおかしいような acpjournals.org/doi/10.7326/M2…

yuuki @yuukim

論文にある生データがこの図 明らかに、Nasopharyngeal(鼻咽頭)のデータに異常値（発症前後で感度ゼロ）が集中していて、分析はそのデータでやっているらしい。それを除けば他の論文で見てきたように発症前後が感度ピークで右肩下がり。 pic.twitter.com/LDwX1qEWUA

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yuuki @yuukim

その後の分析はこの異常値が引っ張って、おかしな感度カーブ＆低めになってる気がするんだけど、まさかそんな杜撰な分析がなされるとは思えず、、、どこか自分の理解が間違ってるのだろうか。

yuuki @yuukim

ツイッター検索すると、「やはりPCR検査は感度が低い」「無症状に検査しても無駄」「発症すぐ検査しても偽陰性が多い、自宅4日待機は正しかった」みたいな感じでこの論文が引用されているが、、、

yuuki @yuukim

相反するもの。別の研究報告での感度カーブ。 twitter.com/yuukim/status/…

yuuki @yuukim

これが発症日から0～31日の感度カーブかな。時間が経つにつれ急激にウイルスを検出しづらくなるということか。発症後すぐ受診し検査すれば感度90％↑は堅そうだが、家で4日以上我慢してから検査だと偽陰性が出やすいというのはこの論文からも言えるか。 medrxiv.org/content/10.110… pic.twitter.com/MtEXfWGJLg

2020-05-05 22:38:33

yuuki @yuukim

こっちは中国からの報告で、２次感染の分析、感染者のウイルス量の経時的な測定から、発症前後に感染力≒ウイルス排出量がピークと想定されている。 nature.com/articles/s4159…

yuuki @yuukim

やっぱこの研究、ソースデータの７研究のうち１つの異常値が引っ張ってめちゃくちゃになってる気がするなぁ twitter.com/yuukim/status/…

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim かなり権威のある雑誌なので影響力が大きそうですが、どの雑誌もコロナ関係では査読が緩い印象です。しかし普通こんな傾向に合わないデータは信頼性を疑うべきですが…onsetの前のデータがないので使っちゃっんでしょうかね

yuuki @yuukim

@morilyn1123 Discussionで 「when we did a sensitivity analysis excluding each study in turn, we found that no 1 study was especially influential and inferences were largely unchanged.」 と、それぞれのソースを取り除いて分析しても大きく変わらなかった、みたいな記載が。。

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@yuukim 怪しい記載ですね…そもそもonset以前のデータは他に1つもないので、絶対に影響大きいと思います。モデルも大雑把な印象です。

kurimushi @kurimushi3

@yuukim オレンジ色のプロットの論文(Danis他)にあった表です。 どうも発症前後の陰性は全て1人(case13)のデータのようです。 鼻咽頭スワブでは陰性が続き、気管吸引で陽性となったケースです。 pic.twitter.com/RGjRoAcm8m

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kurimushi @kurimushi3

武漢の全員検査5日目までの報告。 この調査に関しては陽性者はすべて無症状。 1日目：9/72791 2日目：9/113609 3日目：10/222675 4日目：14/335887 5日目：16/467847 計：58/1212809(0.005%) baijiahao.baidu.com/s?id=166712135…

yuuki @yuukim

m3.comにも掲載されてら、、、 >偽陰性率は、第1日の100％から第4日の67％へと低下した。第5日（発症日）の偽陰性率中央値は38％だった。第8日（発症3日目）には20％へと低下したが、その後再び上昇に転じ、第9日で21％、第21日で66％となった。 m3.com/open/thesis/ar…

yuuki @yuukim

日本疫学会のサイトには、発症日に感度95％程度から右肩下がりカーブの論文と両方が紹介され、大きく矛盾するからか「PCR検査の感度は？についての結論ですが」とまとめている。 jeaweb.jp/covid/qa/index…

yuuki @yuukim

これはNY医師の証言だが、発症3日目に感度ピークとは真逆。 >新型コロナの検査は、通常発症から３～４日の間に検査を受けることが推奨されています。検査が遅れると、仮にウイルスに罹患（りかん）していたとしていても、検査結果が陰性になることがあるためです。 sankei.com/world/news/200…

ダークグレーペン二郎 @morilyn1123

@kurimushi3 @yuukim 1研究どころか1名の影響が大きいようですね。恐らくこの症例に相当引っ張られてモデリングされたことになると思います。モデルの説明を見ると、個人ごとではなく研究ごとにまとめて評価している感じなのでこの1例で全体を代表してしまっているような感じです。

yuuki @yuukim

ソースの生データ、7つの研究のうち1つ(Danis)だけ発症日前のプロットがあり（赤枠しました）、全て感度ゼロ。 これを入れ込んで回帰モデルで分析して感度を出した結果、おかしなことになったのでは。 pic.twitter.com/BbzW4sGCHl

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