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BioHackathon 2010 Symposium

http://hackathon3.dbcls.jp/wiki/Symposium 10:00-10:05 Opening remarks 10:05-10:10 Introduction to the BioHackathon 2010 for Semantic Web 10:10-10:40 Towards a Semantic Systems Biology: 続きを読む
bioinfo
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ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls
「DBCLS バイオハッカソン(BioHackathon)2010」シンポジウムを開催します: 2010年2月8日(月)10:00~18:00にCBRC(東京都江東区)にて、セマンティックウェブ技術の利用と応用に関するシンポジウ... http://bit.ly/arbbWQ
ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls
2/8(月)10:00よりDBCLSバイオハッカソン(BioHackathon)2010シンポジウム(バイオ分野でのセマンティックウェブ技術の利用と応用)をust中継する予定です。英語でのシンポです (#biohack live at http://ustre.am/c3R3)
ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls
We will UStream DBCLS BioHackathon2010 Symposium (SemanticWeb for biology) on Feb. 8 at 10:00am JST (#biohack live at http://ustre.am/c3R3)
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
高木先生からopening remark。片山さんがIntroduction講演中。今回の目的など。
so @synobu
過去のバイオハッカソンサマリと今年のゴールについて @kumamushiさん
so @synobu
Erick Antezana: Towards a Semantic Systems Biology: Biological Knowledge Management Using Semantic Web Technologies #biohack
so @synobu
大量の実験生データと知識の間のギャップをうめたい
so @synobu
システムバイオロジーの文脈で知識の管理にSemantic Web技術はつかえるのか
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
Erick Antezanaの発表。基本的にはこの論文の内容、のはず。Cell Cycle OntologyへのSemantic Webへの応用。 http://bit.ly/bwn53U #biohackathon2010
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
データ統合・相互運用のためにデータのsyntaxとsemanticsを統一する必要がある。形式や用語がさまざまであると、統合ができない。RDFフォーマットとオントロジーによってセマンティックウェブはこれを解決。 #biohackathon2010
Matthias Samwald @matthiassamwald
wait, the official tag is supposed to be #biohackathon2010, but ustream seems to be set up to use #biohack -- we need semantic alignment!
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
Cell Cycle Ontology - OWL&OBO (http://bit.ly/abc9hfで解決。ONTO-PERLというライブラリを開発。http://bit.ly/d0gZ5c これは結構使えそう。 #biohackathon2010
so @synobu
CCO: The Cell cycle ontology #biohack
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
RDF(subject - predicate - objectの関係)でモデルすることにより、簡単な推論ができ、データの矛盾を見つけた。簡単な仮説導出も可能。ただしオントロジーが膨大になると、performanceに問題もでてくる。 #biohackathon2010
so @synobu
BioGateway: From "cell cycle" to the entire set of processes of the GO #biohack
so @synobu
Matthias Samwald: High-level knowledge representation on the Semantic Web: the Concept Web Alliance and related efforts #biohackathon2010
Aco Yamaguchi @acopom
RDF 知っている人 80%, LinkedData知っている人 50% 今日のシンポジウムの聴衆はさすがにSW用語知っている人が多い
so @synobu
<a>Tag project: light-weight representation of semantic ontology http://hcls.deri.org/atag/generator/ #biohackathon2010
NS(id) @32nm
"Standing on <del>the shoulders of giants</del> clouds" #biohackathon2010
【引退】 @orenotwitter
I changed ustream tag to official tag #biohackathon2010 QT @matthiassamwald the official tag is #biohackathon2010, but ustream use #biohack
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
Matthias Samwald: Concept Web Alliance. aTag (http://bit.ly/bsPDb2)の説明。PubMedなどに簡単にRDFaタグをつけられるBookMarkletや、それを検索する手法。 #biohackathon2010
Kazuharu Arakawa @gaou_ak
Thomas Kappler: UniProt in RDF, 全てのデータがRDF化されていて、簡単に取得できる。taxonomyやMedlineなど、必要なデータもRDF化している。PURLsも。 #biohackathon2010
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コメント

wakuteka @wakuteka 2010年2月8日
午前中途中までまとめました...
amatsus @amatsus 2010年2月8日
ハッシュタグで抽出したツイートを追加しましたー
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