BioHackathon 2010 Symposium

ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls

「DBCLS バイオハッカソン(BioHackathon)2010」シンポジウムを開催します: 2010年2月8日(月)10：00～18：00にCBRC(東京都江東区)にて、セマンティックウェブ技術の利用と応用に関するシンポジウ... http://bit.ly/arbbWQ

ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls

2/8(月)10:00よりDBCLSバイオハッカソン(BioHackathon)2010シンポジウム（バイオ分野でのセマンティックウェブ技術の利用と応用）をust中継する予定です。英語でのシンポです (#biohack live at http://ustre.am/c3R3)

ライフサイエンス統合データベースセンター @dbcls

We will UStream DBCLS BioHackathon2010 Symposium (SemanticWeb for biology) on Feb. 8 at 10:00am JST (#biohack live at http://ustre.am/c3R3)

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

高木先生からopening remark。片山さんがIntroduction講演中。今回の目的など。

so @synobu

過去のバイオハッカソンサマリと今年のゴールについて @kumamushiさん

so @synobu

Erick Antezana: Towards a Semantic Systems Biology: Biological Knowledge Management Using Semantic Web Technologies #biohack

so @synobu

大量の実験生データと知識の間のギャップをうめたい

so @synobu

システムバイオロジーの文脈で知識の管理にSemantic Web技術はつかえるのか

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

Erick Antezanaの発表。基本的にはこの論文の内容、のはず。Cell Cycle OntologyへのSemantic Webへの応用。　http://bit.ly/bwn53U #biohackathon2010

Matthias Samwald @matthiassamwald

...my talk will be streamed in around 10 minutes at http://ustre.am/c3R3 #biohackathon2010 (#biohack live at http://ustre.am/c3R3)

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

データ統合・相互運用のためにデータのsyntaxとsemanticsを統一する必要がある。形式や用語がさまざまであると、統合ができない。RDFフォーマットとオントロジーによってセマンティックウェブはこれを解決。 #biohackathon2010

Matthias Samwald @matthiassamwald

wait, the official tag is supposed to be #biohackathon2010, but ustream seems to be set up to use #biohack -- we need semantic alignment!

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

Cell Cycle Ontology - OWL&OBO (http://bit.ly/abc9hfで解決。ONTO-PERLというライブラリを開発。http://bit.ly/d0gZ5c これは結構使えそう。 #biohackathon2010

so @synobu

CCO: The Cell cycle ontology #biohack

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

RDF(subject - predicate - objectの関係)でモデルすることにより、簡単な推論ができ、データの矛盾を見つけた。簡単な仮説導出も可能。ただしオントロジーが膨大になると、performanceに問題もでてくる。 #biohackathon2010

so @synobu

BioGateway: From "cell cycle" to the entire set of processes of the GO #biohack

so @synobu

Matthias Samwald: High-level knowledge representation on the Semantic Web: the Concept Web Alliance and related efforts #biohackathon2010

Atsuko Yamaguchi @acopom

RDF 知っている人 80%, LinkedData知っている人 50% 今日のシンポジウムの聴衆はさすがにSW用語知っている人が多い

Kumamushi Genome @kumamushi

#biohackathon2010 <a>Tag http://hcls.deri.org/atag/generator/

so @synobu

<a>Tag project: light-weight representation of semantic ontology http://hcls.deri.org/atag/generator/ #biohackathon2010

... .. @32nm

"Standing on <del>the shoulders of giants</del> clouds" #biohackathon2010

【引退】 @orenotwitter

I changed ustream tag to official tag #biohackathon2010 QT @matthiassamwald the official tag is #biohackathon2010, but ustream use #biohack

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

Matthias Samwald: Concept Web Alliance. aTag (http://bit.ly/bsPDb2)の説明。PubMedなどに簡単にRDFaタグをつけられるBookMarkletや、それを検索する手法。 #biohackathon2010

so @synobu

Jerven Bolleman: UniProt in RDF #biohackathon2010

Kazuharu Arakawa @gaou_ak

Thomas Kappler: UniProt in RDF, 全てのデータがRDF化されていて、簡単に取得できる。taxonomyやMedlineなど、必要なデータもRDF化している。PURLsも。 #biohackathon2010