10周年のSPコンテンツ!
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Kozo Nishida @kozo2
とりあえずATTEDのsifをローカルでCytoscapeWebで表示してみる #bh2010
Kozo Nishida @kozo2
attedのsifをCytoscapewebで単に表示しただけのもの http://twitpic.com/2z7beq
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Kozo Nishida @kozo2
来る前にはjavascriptを書くことになるとは全く考えていなかった...
(^_^)/ @_shk
@ma_ko なんか利用者側の利用の仕方によっては落ちるらしいよ?犯人ですか?
(^_^)/ @_shk
@ma_ko 既知のSNPてどういう意味ですか?
Kozo Nishida @kozo2
やっぱり既存のsifにdatafield追加するより、サーバの方でgraphml吐いてもらうようにしてもらった方がよさそうだ
Kozo Nishida @kozo2
@c_z CytoscapeWebでsifでエッジだけ作ってから、後でノードアトリビュートを追加しようとしたのですがaddDataFieldだと付けることができるのはデフォルト値だけでどのノードにそのデータを追加するのかが指定できないように思うのですがご存知でしょうか
Kozo Nishida @kozo2
やはりgraphml作ってもらったほうがよさそうだ。javascriptややこしくなったらそっちの方が迷惑だろうし。graphmlシンプルでそんなに負担をお掛けすることにならないだろうし、できるだけコントロールは向こう側でできるようになってた方が安心できるだろうし
Kozo Nishida @kozo2
graphmlのフォーマットは理解できたように思う
Kozo Nishida @kozo2
できれば今日中に完成させて雑談とか他の人たちがどんなことやっているのか聞きまわることに残りの時間を割きたい
Keiichiro Ono @c_z
@kozo2 #cytoscape 用GraphML Readerを書いているのですか?
Kozo Nishida @kozo2
@c_z 多分このワークショップで書くのはjs(CyWeb)のみでjava(Cy)は書かないと思います。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z はい -> 原型できてるんですか。というかGraphMLはCyWebがサポートしてるんでそのxml投げれば描画してくれるって感じです。
Kozo Nishida @kozo2
@c_z これからattedの結果に対応するgraphmlサンプル書いてこれを出力して頂くことが可能かどうか伺おうと思っています
Kozo Nishida @kozo2
@c_z というかwikiに書きます
Kozo Nishida @kozo2
@c_z こんな感じです。これsifから作ってるんでgeneのfunctionとかtarget, TF, KEGGのpathway情報を持ってないのでそれをgraphml読むようにして加えたいと思っています http://twitpic.com/2zd36p
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NS(id) @32nm
統合データベース技術情報交換ワークショップ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH10.10 day 4 #bh2010
Kozo Nishida @kozo2
atted用の簡易graphml作って, sifよりもノードに持たせる情報を増やした http://twitpic.com/2zdapo
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Kozo Nishida @kozo2
javascriptにはunless無いですか
Kozo Nishida @kozo2
attedではあるgeneが複数のpathwayに割り当てられている場合ノード中にそのpathwayに対応した色の小さいマーカーを並べる使用になっている。Cytoscape(Web)では一個のノードに対して色のVizMapは一つしか割り当てられないのでどうしたものか
Kozo Nishida @kozo2
@c_z CytoscapeWebってどれくらいの規模(ノード数、エッジ数)の表示に耐え得るかってどこかに書いてありましたっけ
Takeshi Obayashi @dancing_infobio
Until the midnight, we discussed "Englishnization" in Japan in the context of cultural diversity. #bh2010
猫博士 @yaskaz
午後に参上します。要り用なものがあれば書いといて。酒、ツマミ、おやつ、水、文房具ナド。調達困難だったりあまりにも高価なものは却下な #bh2010
Kozo Nishida @kozo2
@c_z CytoscapeWebでもCytoscapeにも対応するsifでないフォーマットってxgmmlになるんでしょうか.graphmlだとCytoscapeにimportできないように思うのですが
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