「メタボロミクス研究の最前線とメタボライトデータベースの役割」つぶやきまとめ

2010/01/15に行われた、日本学術会議シンポジウム「メタボロミクス研究の最前線とメタボライトデータベースの役割」(poster: http://www.scj.go.jp/ja/event/pdf/85-s-2-1.pdf )のつぶやきを、 @orenotwitter さんのpostを中心にまとめました。途中から #metabo ハッシュタグがついてますが、今回は手元のhtmlからまとめています。
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【完全引退】 @orenotwitter

物質の同定は参照スペクトルとの照合

2010-01-15 10:56:58
【完全引退】 @orenotwitter

実験データの公開について

2010-01-15 10:57:33
【完全引退】 @orenotwitter

実験データは多くの場合サプリメントで公開される

2010-01-15 10:58:09
【完全引退】 @orenotwitter

公開の目的：検証、共有

2010-01-15 10:58:34
【完全引退】 @orenotwitter

海外では公開を義務化する方向

2010-01-15 10:59:12
【完全引退】 @orenotwitter

公開の定義：デジタル化されている、アクセスできる、共有・利用できる

2010-01-15 10:59:44
【完全引退】 @orenotwitter

問題点　データ量、ピークの数が多い

2010-01-15 11:00:21
【完全引退】 @orenotwitter

非公開の理由：データベースがなかった、競争相手に利する、商品価値がある

2010-01-15 11:01:27
【完全引退】 @orenotwitter

これまでのマスのデータは論文上の図（デジタル化されていない）が多かった

2010-01-15 11:01:56
【完全引退】 @orenotwitter

NIST/EPA/NIH Mass Spectral Library 22万データ

2010-01-15 11:02:48
【完全引退】 @orenotwitter

MassBankがMSデータを共有するためのパブリックなレポジトリ

2010-01-15 11:04:27
【完全引退】 @orenotwitter

データ作成、公開にかかる労力、経費を公開する人が負担する：分散型DB

2010-01-15 11:05:02
【完全引退】 @orenotwitter

どのような分析条件で測定したデータも受け入れる

2010-01-15 11:05:30
【完全引退】 @orenotwitter

（標準的な方法が存在しない）

2010-01-15 11:05:54
【完全引退】 @orenotwitter

MassBankプロジェクトの役割　公開、利用のためのツール開発

2010-01-15 11:06:54
【完全引退】 @orenotwitter

Mass++というのを利用してデータ作成の自動化

2010-01-15 11:08:18
【完全引退】 @orenotwitter

LipidBankとの連携

2010-01-15 11:09:08
【完全引退】 @orenotwitter

16研究グループ、8サーバ、2ポータル（慶応、ドイツ）　月平均8000アクセス　2337代謝物質の10022MSでーた

2010-01-15 11:11:26
【完全引退】 @orenotwitter

10965医薬等化合物の15883MSデータ

2010-01-15 11:11:53
【完全引退】 @orenotwitter

21の異なる測定条件のデータが入っている

2010-01-15 11:12:21
【完全引退】 @orenotwitter

データ検索ツール　類似スペクトル検索　化合物名　m/z 部分構造　化学式　による検索ツールを用意

2010-01-15 11:14:15
【完全引退】 @orenotwitter

昨年API実装

2010-01-15 11:16:27
【完全引退】 @orenotwitter

バッチ検索サービスを今年実装予定

2010-01-15 11:17:40
【完全引退】 @orenotwitter

同じ物質であっても測定条件が異なるとMS/MSデータは異なるので注意が必要

2010-01-15 11:20:08
【完全引退】 @orenotwitter

各種測定条件のスペクトルを合成して人工的に作成したスペクトルに対して検索すると、検索精度が30%向上

2010-01-15 11:21:25
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