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yoshidamasaaki
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Masahiro Kasahara
@mkasahara
Oxford Nanopore 社 CTO の Clive Brown が最近の進捗を語るよ。 register.nanoporetech.com/techupdate
2016-09-29 23:03:46
Masahiro Kasahara
@mkasahara
1200以上の変異体を試して R9.4 試薬を作った。ポアの安定性が超向上した。塩基の精度が大きく向上した。ビーズを使ったローディングでポアへのロード効率がアップ。1D read でモード＞９０％の塩基精度。
2016-09-29 23:21:28
Masahiro Kasahara
@mkasahara
アダプターをデザインしなおして分身をポアにロードするときにストールする時間が無駄になっていたのを解消した。
2016-09-29 23:23:35
Masahiro Kasahara
@mkasahara
R9.4試薬+E8モータタンパク+新DNA component+ビーズロードでスループットが大きく向上。9Gb/48h（１セル）が達成できる。5Gbぐらいは安定して出るようになった。
2016-09-29 23:25:01
Masahiro Kasahara
@mkasahara
最高記録で 255kb 2D read が読めている。（1D 換算で 510kb）長いDNA分子も読める。
2016-09-29 23:26:28
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Nanonet というオープンソースのベースコーラーもある（速度は微妙だがアルゴリズムは読みやすく書いてある）。GPGPUも使える。今すぐダウンロードできる。
2016-09-29 23:33:58
Masahiro Kasahara
@mkasahara
ベースコールには500KFLOP/event必要。FPGAで動くベースコーラーを作っている。MinION 512 チャンネルで 128GFLOPS, PromethION では 144kチャンネルを捌くのに 36TFLOPS も必要だから FPGA の出番。
2016-09-29 23:35:33
Masahiro Kasahara
@mkasahara
ホモポリマーはまだうまく分別できないので頭痛の種。今のところ５塩基単位ぐらいでしか長さが精度良く測れない。公式コーラーは今はACGTの４種類しか見ていないが将来的には修飾塩基もコールできるようになるだろう。
2016-09-29 23:37:44
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Rapid sequencing kit (1D) は５分で簡単 prep. 10Gb/cell, 塩基精度 92%
2016-09-29 23:41:53