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yoshidamasaaki
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Masahiro Kasahara
@mkasahara
WGSのような仮説フリーのシークエンシングから、研究が進んで狭い範囲のみのデータが欲しい場合まで様々な要望があり、対応したい。
2016-09-29 23:45:15
Masahiro Kasahara
@mkasahara
“READ UNTIL” 機能ではリアルタイムにポアを制御。ポアから読まれた配列が興味なかった場合そのDNAフラグメントをスキップできる。興味のあるDNAフラグメントだけを時間を掛けて読む。（これは顧客が作ったのでONTの製品じゃない）
2016-09-29 23:46:18
Masahiro Kasahara
@mkasahara
CRISPR/Cas9の要領でテザーをゲノムの中で特定の配列があるところにくっつけてそこだけ読むことでそこだけシークエンシングする、あるいはそれが存在することを検出する。
2016-09-29 23:49:14
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Cas9ペアとガイドRNA, E7アダプター、テザーが全部揃わないと（効率良く）ポアに入らないので濃縮して読める。（データの提示は無し）
2016-09-29 23:51:00
Masahiro Kasahara
@mkasahara
プロジェクト ZUMBADOR の話。細胞の溶解、DNA抽出、断片化、アダプター付加、モータタンパクの添加を一体化したチューブを作っている。要はサンプルを直接放り込んだらシークエンスされるようにしたい。
2016-09-29 23:54:33
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Microfluidics を活用した USB 接続（？）の機械。Library prep を自動化して省力化と再現性の向上を狙う。使っているところの動画を再生した（色の付いた溶液がぐにぐに動いている。楽しい。）。
2016-09-29 23:57:51
Oxford Nanopore
@nanopore
VolTRAX Introduction Programme (VIP). Registration open 11 Oct, ships~Nanopore Community Mtg early Dec nanoporetech.com/events #nanoporeconf pic.twitter.com/bCmng8vpco
2016-09-29 23:58:06
拡大
Masahiro Kasahara
@mkasahara
PromethION のアーリーアクセスプログラム。FPGAを使ってオンラインでベースコールするモジュールが組み込まれていて近々出荷するよ。
2016-09-29 23:59:58
Masahiro Kasahara
@mkasahara
最大で48セルが入る。１セルあたり４サンプルロードできる。3kアクティブチャンネル/チップ。144kチャンネル。500 b/s で読むと最大で 12.4TB/run (TbじゃなくてTB?）の予定
2016-09-30 00:02:38
Masahiro Kasahara
@mkasahara
携帯電話に繋げるDNAシークエンサー SmigION の紹介。ONT の全試薬をサポート。400Mb/h出る。late 2017 に出す。ZUMBADORと組み合わせていつでもどこでもシークエンス。
2016-09-30 00:08:05
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Proof of Concept の段階であるが、FETトランジスターの要領で回路をつくり、ゲートにナノポアを置くと電流が増幅できて squiggle を直接読める。1Mポアが見込める。
2016-09-30 00:09:49
Masahiro Kasahara
@mkasahara
タンパク質をやめて Solid State デバイスで読むという案もある（しかし、Solid State ポアの方が性能が良いかどうかはオレには分からない by CB）。
2016-09-30 00:10:50