AGBT2014-まとめ1

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

2日目開始。今日から学会本番。が、外は大荒れの天気。ここ何年か来ているけどこんな天気初めてと言う人もおり、いきなり雨男ぶりを発揮か・・。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

昨日はSingle cellの話ばかりだった。さすが、Method of the year 2013に選ばれるだけあって、かなりホットな分野。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

Clinical系の話は重要性は分かるがなんか退屈。患者のゲノム読んで、この遺伝子に変異が有意に多かった・・的なお話。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

@YoshiKawahara ただ、以前はコード領域中の変異に絞ったものが多かったが、今は制御領域の変異も対象にしているケースも増えてきている。そうなると発現量や転写因子の結合能を調べるなど、必然的にRNA-SeqやChIP-Seqも合わせたオミックス解析になり解析大変そう。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

疾患でもなんでもいいが、原因遺伝子の単離ってどんどん候補を追い込んでいく狩りのようで、その表現型などに思い入れがあるならとてもエキサイティングなんだろうな。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

PacBio関連のポスターが思ったよりも多いのに驚いた。特に国内ではほとんど聞かないPacBioでTranscriptomeの話が聞けたのでよかった。PacBio® Isoform Sequencing (Iso-Seq) なるものがあるのね。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

AGBTのイルミナワークショップ。先日東京であったミーティング以上の情報は無かったな・・・。明日のNanopore関係のトークに期待かな。

猫教授 @yaskaz

@yoshikawahara PAG でもその印象がありました＞PacBio が意外に多

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

@yaskaz PAGでもそうでしたか。少し前までは懐疑的な声も多かったですが、数十MBぐらいのゲノムのアセンブルだったら迷うことなくPacBioを選びますね。あとはもうちょい身近で使えるといいのですが。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

Single cell RNA-SeqでNeuronを対象にしてるの面白そう。All neurons are different!

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

海洋調査船にシーケンサー積んでサンプリングしながらシーケンシング、種同定までを航海中にやってしまうShip-Seq!www

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

@nubata Ship-Seqは冗談のような現実の話。Chip-on-Shipもありそうですが、Ship-on-chipは・・・？？

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

miniON 大腸菌の例では配列長は5kbがピークで最長で12kbぐらいまで。25-50merごとにエラー入る感じ。複数のリードに渡って同じ箇所に繰り返し入ることも、このあたりはsystematicなエラーか？現状はilluminaとの併用が良さそう。

カヱル三世 @suimye

@YoshiKawahara miniON　それだけ聴くと使えない・・・

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

@suimye どうなんでしょう。初めてのデータとしてはそんなに悪くないという印象なので、今後に期待という感じでしょうか。現状はPacBioの活躍が目立っている感じですね。

カヱル三世 @suimye

@YoshiKawahara なるほど。　PacBioのデータは僕も扱ってるんですけど、私自身の印象としても使える印象です。

Masahiro Kasahara @mkasahara

しかし、２つ前のトークが感動的過ぎてちょっとまだ興奮している。

Masahiro Kasahara @mkasahara

原因不明の脳炎で子供が入院→あらゆる検査で原因わからず→バンコマイシン等の強い抗生剤もステロイド治療でも悪化するだけ→今にも死にそう→炎症を起こしている脳から生検してメタゲノムseq→配列から原因菌を発見してペニシリン超大量投与→すぐに回復して２週間で退院

Masahiro Kasahara @mkasahara

こういう例はもっと増えてくるだろうし、究極的にはシークエンスが１０００円ぐらいになって、ちょっと風邪引いた→シークエンス→(ウィスルなので寝てろ|原因菌に特化したスペクトラムの狭い抗生物質を処方)、みたいなことができるようになるべき。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

CSHLのDick McCombieたち。イネゲノムをPacBioだけでアセンブルしてる。ECTools使って、NG50が271kb。IR64やausのDJ123が対象。Collaboratorを見る限り、Susan Mccouchのとこの研究に使うっぽいな。

Yoshihiro Kawahara @YoshiKawahara

Illuminaの新しいサンプル調製マシンNeoPrep。試薬やサンプルなどのdropletを流路に電荷をかけることによって自在に移動させる技術（ElectrowettingとDigital Microfluidics）が肝なのだが、その動画をみて感動してしまった。すごい。