#JSBi1stASB JSBi 第1回 応用システムバイオロジー研究会

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「むしろ生命の基本的なプロセスを使ってるから、手強い。」 #JSBi1stASB

田口善弘 @Yh_Taguchi

オミックス医学の第三世代は「システム医学」というらしい。遺伝子だけじゃなくてCellまで見ないとだめよ、みたいなことみたいですね。まあ、そうかな、とは思う．

田口善弘 @Yh_Taguchi

でも、まあ、そう言われちゃうと、データを弄ることしかできない僕みたいな立場にはつらい（笑）。

まこ @ma_ko

こういう話を聞くたびに、どういうメンツでプロジェクトを組めば良いのか?、ということを考えることになるなぁ #JSBi1stASB

田口善弘 @Yh_Taguchi

ガン遺伝子は３００個ある。遺伝子の変異がガン化につながるわけじゃない。むしろ、環境の方が大切、だと。

まこ @ma_ko

NGS でメンデル遺伝病がドシドシ分かってくる時代だし、Genotype-Clinical phenotype の距離があるわけだから、そこを埋める形でボトムアップだかトップダウンだか両方だかでピースを埋めていくのが一番簡単なアプローチじゃなかろうか? #JSBi1stASB

まこ @ma_ko

遺伝子と表現型ってメンデル遺伝病でも、すごく遠いというのが自分の感触なんだよな #JSBi1stASB

田口善弘 @Yh_Taguchi

薬の歴史はたかだか１００年。人類と病気のつきあいは何千年。薬理学は遅れていて個人差が大きい。この点、薬理ゲノム学は個人差をみるという意味では成功して臨床応用もあった。でも、データにオーバーフィッテイングもあった。

田口善弘 @Yh_Taguchi

GENOMED(2007)疾患を横断的に創薬。遺伝子発現パターンを使って疾患を分類する。心筋梗塞と筋ジストロフィーは近い、とか。

田口善弘 @Yh_Taguchi

http://www.genomed.com/ ←GENOMEDってこれかな？

田口善弘 @Yh_Taguchi

.@yujokatsushika ああ、どうもです。無料ですよ、と言っても今から来るわけにもいかないですよねえ。とても勉強になります、

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「疾患のreprofiling に基づいた医薬のreprofiling 」 #JSBi1stASB

田口善弘 @Yh_Taguchi

疾患ネットワーク　HDN, vs 疾患遺伝子ネットワークDGN という考え方。要するに疾患を「症状」でみないで「遺伝子」からみるという考えたですね。こういうのは自分でも手が出せそうで面白い。

田口善弘 @Yh_Taguchi

システムパソロジー system pathology : 歪んだパスウェイを再生産するのが疾患、という考え方。

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

Systems pathology. Reproduction of distorted pathways. Sustainability of disease. こういう話って、ガン以外の疾患でも当てはまるのでしょうか？ #JSBi1stASB

Hideo Iwasaki（岩崎秀雄） @hideo_iwasaki

ご無沙汰してます。この件，具体的にどんな質問が飛んでいたのでしょう？ RT @Yh_Taguchi　すごい厳しいこと質問してるなあ。システムズバイオロジーって結構風当たり強いんだな。

田口善弘 @Yh_Taguchi

薬で変化する遺伝子と疾患で変化する遺伝子のオーバーラップから標的遺伝子を決めようと思ったがいっぱい有りすぎた。

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

Integrated Clinical Omics Database http://t.co/WAutNls #JSBi1stASB

Rudolph the 偶蹄目 @Reindeer_swe

@Yh_Taguchi やはりGenomicsが中心なのでしょうか。疾患におけるKey Playerは蛋白質なので、むしろProteomicsを、と思うのですが。遺伝子のほうが扱いやすいという理由もあるかもしれません。

田口善弘 @Yh_Taguchi

iCOD http://ht.ly/44vBp 講演者の田中先生がつくっているデータベース。主成分分析がなんたら、とか。やっていることはなんか近そうだな。

田口善弘 @Yh_Taguchi

正順相関分析とか言っているなあ、なんかもろに被っている。すぐそばにいる人なのに気づかなかったなあ。

田口善弘 @Yh_Taguchi

.@hideo_iwasaki 「システムバイオロジーって言えば金が降って来るからみんな名乗ってるだけだろ。内容なんかないんだろ。正直に言えよ」という内容をたいへん礼儀正しく質問しているように僕には聞こえました（笑）。誤解かもしれませんのでそこは話半分で。

田口善弘 @Yh_Taguchi

.@reindeer_swe 蛋白はあくまで役者のひとりで、疾患は肉体という機械の不調なのだから、機械の修理と考えて、というのがシステム医学なんでしょう。遺伝子は見やすいからみているのはそうなんじゃないかと思いますが、僕はプロじゃないからあまり本気にしないでください。

田口善弘 @Yh_Taguchi

オープンなところでこういうこと書くとあとで苦情が来そうで怖いチキンな自分（笑）。→「俺はそんなこと言ってねえ」とか。あくまで田口の私見なのでそこは話半分で、正確には講演者にお問い合せください。

田口善弘 @Yh_Taguchi

.@yujokatsushika いえいえ、お役に立てて光栄です。