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2011年7月3日

「ラン藻ゲノム研究交流会」Cyano-Info Workshop 2011 まとめ

#cyanoinfo ハッシュタグに少したしてまとめてみました。編集自由。
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so @synobu

「ラン藻ゲノム研究交流会」Cyano-Info Workshop 2011. 明日, 東大駒場キャンパスにて http://t.co/Z95qxN3

2011-07-01 12:40:01
so @synobu

ラン藻ゲノム研究交流会 2011で「マニュアルキュレーションとデータ統合」 というタイトルで話をします. 遠隔地からの協働作業で文献キュレーションやコミュニティーアノテーションを行なってきた手法について紹介します. http://t.co/Z95qxN3

2011-07-02 11:56:10
so @synobu

池内先生:生物学、オミックス、バイオインフォマティクスの間でお互いに情報をフィードバックできたらというのが開催の趣旨です #cyanoinfo

2011-07-02 12:37:16
so @synobu

藤澤さん:シアノバクテリアの既知タンパク質複合体数はゲノムアノテーションの経験から, およそ 80種類 / 1生物種 程度と考えている #cyanoinfo

2011-07-02 12:51:19
so @synobu

シアノバクテリアの複合体情報. http://t.co/de9vYCe #cyanoinfo

2011-07-02 12:54:56
so @synobu

シアノバクテリアのオペロン情報. http://t.co/p9Dxf10

2011-07-02 12:55:59
Takatomo Fujisawa @tfuji

岡本さん発表「マニュアルキュレーションとデータ統合」Trac, skype ,SNS, Trac/wiki, qwik/ML/wiki, ustreamなど恊働作業支援ツールのノウハウあります。

2011-07-02 13:20:11
so @synobu

川島さん:KEGGのFTPサービス有料化について http://t.co/M8mgTOv #cyanoinfo

2011-07-02 13:28:32
so @synobu

Biohackathon 2011について. あらゆるデータをRDFにしてデータをリンクするための環境整備 http://t.co/Z0zfRRx #cyanoinfo

2011-07-02 13:31:17
so @synobu

川島さん:「Synechocystis論文中に共起する遺伝子への生物知識ベースによる意味付け」Gene Indexingデータの利用例 #cyanoinfo

2011-07-02 13:33:54
so @synobu

岩館さん:「インハウスでのコンセンサスライクなタンパク質立体構造モデリングを目指したい」と「Isolated-FAMS構造予測からインシリコスクリーニング」#cyanoinfo

2011-07-02 13:49:00
so @synobu

Isolated-FAMS:FAMS(モデリング)とChooseLD(リガンドスクリーニング)をインハウスかつWeb UIでつかえるソフト. 3D-QSARとPDBを融合させた. 詳しくは岩館・梅山先生まで #cyanoinfo

2011-07-02 13:55:56
so @synobu

FAMSBASEサービス, モデリングサービスは近々中央大学から再開予定 #cyanoinfo

2011-07-02 14:07:26
so @synobu

第二セッション 新型シーケンサーによる解析3演題 #cyanoinfo

2011-07-02 14:30:03
so @synobu

金錫元さん:「454による細菌叢の16S rRNA解析」東大新領域. 腸内細菌の解析がメイン. いえに飼ってる金魚鉢に住んでるシアバクテリアの紹介. なごむ :) #cyanoinfo

2011-07-02 14:32:51
so @synobu

PCR chimeraの除去に利用しているツール. PyroNoise, AmpliconNoise, Denoiser, ChimeraSlayer, Perseus, UCHIMEなど #cyanoinfo

2011-07-02 14:45:47
so @synobu

Biorubyつかってます!ここは日本だから!http://t.co/8wPIGVP #cyanoinfo

2011-07-02 14:50:04
Takatomo Fujisawa @tfuji

NCBI complete/draft genome + 44 in-house draft genome のDBってあった. #cyanoinfo

2011-07-02 14:50:40
so @synobu

うちの場合は一年に30TBくらいの買い足しで済んでいる. 454の生データとってるが、それ以外は捨てている. SATAなRAIDでやっている #cyanoinfo

2011-07-02 14:57:55
so @synobu

兼崎友さん:「次世代シーケンサーによる解析例 Thermosynechococcus vulcanous RKN株」和歌県の湯ノ峰温泉で単離された好熱性ラン藻 #cyanoinfo

2011-07-02 15:00:38
Hideo Iwasaki(岩崎秀雄) @hideo_iwasaki

シアノバクテリアのゲノムに関する研究会at東大駒場。もうすぐトーク。思うところあって,ゲノムと遺伝子の話は一切しないことにして,模様の話に終始することにしよう

2011-07-02 15:08:04
so @synobu

SRシーケンス. Velvetでde novo assemble 198 contigs, MUMmerで近縁菌 T. elongatus BP-1にマッピング118本が貼りつく #cyanoinfo

2011-07-02 15:11:30
so @synobu

2 kbまでのギャップ34箇所をサンガー法で埋めている. 10 kb 以上のギャップが8箇所. MiGAPでORFアノテーション #cyanoinfo

2011-07-02 15:11:36
so @synobu

いろいろな変異株のシーケンス+SNPsの発見も行っている. 表現型からセレクトされた変異株で180-300箇所くらいのSNPsが見つかる. すぐには関連箇所が見えるわけではない. 既知の遺伝子の場所をチェックするとある程度変異がはいっていることもある #cyanoinfo

2011-07-02 15:12:32
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コメント

アクセル @psyclone_effect 2011年7月4日
去年はinMeXesの是非でウェット側とドライ側のちょっとした議論が巻き起こってて面白かったが今年も結構色々やってたのね
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so @synobu 2011年7月4日
まとめありがとうございました!関連なつぶやきがあったら足してきます
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