「ラン藻ゲノム研究交流会」Cyano-Info Workshop 2011 まとめ
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so
@synobu
「ラン藻ゲノム研究交流会」Cyano-Info Workshop 2011. 明日, 東大駒場キャンパスにて http://t.co/Z95qxN3
2011-07-01 12:40:01
so
@synobu
ラン藻ゲノム研究交流会 2011で「マニュアルキュレーションとデータ統合」 というタイトルで話をします. 遠隔地からの協働作業で文献キュレーションやコミュニティーアノテーションを行なってきた手法について紹介します. http://t.co/Z95qxN3
2011-07-02 11:56:10
so
@synobu
池内先生：生物学、オミックス、バイオインフォマティクスの間でお互いに情報をフィードバックできたらというのが開催の趣旨です #cyanoinfo
2011-07-02 12:37:16
so
@synobu
藤澤さん：シアノバクテリアの既知タンパク質複合体数はゲノムアノテーションの経験から, およそ 80種類 / １生物種 程度と考えている #cyanoinfo
2011-07-02 12:51:19
Takatomo Fujisawa
@tfuji
岡本さん発表「マニュアルキュレーションとデータ統合」Trac, skype ,SNS, Trac/wiki, qwik/ML/wiki, ustreamなど恊働作業支援ツールのノウハウあります。
2011-07-02 13:20:11
so
@synobu
Biohackathon 2011について. あらゆるデータをRDFにしてデータをリンクするための環境整備 http://t.co/Z0zfRRx #cyanoinfo
2011-07-02 13:31:17
so
@synobu
川島さん：「Synechocystis論文中に共起する遺伝子への生物知識ベースによる意味付け」Gene Indexingデータの利用例 #cyanoinfo
2011-07-02 13:33:54
so
@synobu
岩館さん：「インハウスでのコンセンサスライクなタンパク質立体構造モデリングを目指したい」と「Isolated-FAMS構造予測からインシリコスクリーニング」#cyanoinfo
2011-07-02 13:49:00
so
@synobu
Isolated-FAMS：FAMS（モデリング）とChooseLD（リガンドスクリーニング）をインハウスかつWeb UIでつかえるソフト. 3D-QSARとPDBを融合させた. 詳しくは岩館・梅山先生まで #cyanoinfo
2011-07-02 13:55:56
so
@synobu
金錫元さん：「454による細菌叢の16S rRNA解析」東大新領域. 腸内細菌の解析がメイン. いえに飼ってる金魚鉢に住んでるシアバクテリアの紹介. なごむ :) #cyanoinfo
2011-07-02 14:32:51
so
@synobu
PCR chimeraの除去に利用しているツール. PyroNoise, AmpliconNoise, Denoiser, ChimeraSlayer, Perseus, UCHIMEなど #cyanoinfo
2011-07-02 14:45:47
Takatomo Fujisawa
@tfuji
NCBI complete/draft genome + 44 in-house draft genome のDBってあった. #cyanoinfo
2011-07-02 14:50:40
so
@synobu
うちの場合は一年に30TBくらいの買い足しで済んでいる. 454の生データとってるが、それ以外は捨てている. SATAなRAIDでやっている #cyanoinfo
2011-07-02 14:57:55
so
@synobu
兼崎友さん：「次世代シーケンサーによる解析例 Thermosynechococcus vulcanous RKN株」和歌県の湯ノ峰温泉で単離された好熱性ラン藻 #cyanoinfo
2011-07-02 15:00:38
Hideo Iwasaki（岩崎秀雄）
@hideo_iwasaki
シアノバクテリアのゲノムに関する研究会at東大駒場。もうすぐトーク。思うところあって，ゲノムと遺伝子の話は一切しないことにして，模様の話に終始することにしよう
2011-07-02 15:08:04
so
@synobu
SRシーケンス. Velvetでde novo assemble 198 contigs, MUMmerで近縁菌 T. elongatus BP-1にマッピング118本が貼りつく #cyanoinfo
2011-07-02 15:11:30
so
@synobu
2 kbまでのギャップ34箇所をサンガー法で埋めている. 10 kb 以上のギャップが8箇所. MiGAPでORFアノテーション #cyanoinfo
2011-07-02 15:11:36
so
@synobu
いろいろな変異株のシーケンス＋SNPsの発見も行っている. 表現型からセレクトされた変異株で180-300箇所くらいのSNPsが見つかる. すぐには関連箇所が見えるわけではない. 既知の遺伝子の場所をチェックするとある程度変異がはいっていることもある #cyanoinfo
2011-07-02 15:12:32