「ラン藻ゲノム研究交流会」Cyano-Info Workshop 2011 まとめ

so @synobu

同じ「属」に分類されている同士でもマッピングできるかどうかは解らない. かなりカケ #cyanoinfo

so @synobu

何が野生株かわからない問題... #cyanoinfo

so @synobu

佐藤先生：「新型シーケンサによるシアノバクテリアゲノムの解析とアノテーションの改良」S. PCC6803のリシーケンス. 454で既に登録済の種またはそれに近い種の配列を調べなおす #cyanoinfo

so @synobu

研究室で実験に使っていた「野生株」の遺伝的バックグラウンドを押さえたほうが良いと思ってシーケンした. GT-S株とかずさ株. 21箇所のデータベースとの相違を発見. いまとなっては, 変異なのかシーケンスエラーなのかどうかトレースできない #cyanoinfo

so @synobu

新世代シーケンサーの影響でISを同定した自分の古い仕事が引用されることが増えた

so @synobu

全体の9%のタンパク質がN末予測が間違っていると考えている #cyanoinfo

so @synobu

個人レベルでモデル生物をリシークエンスして, 独自手法でリアノテーションしたと主張するデータをDBでどう取り扱っていくのがいいのか. 今後, 種同定分類合戦的なことがゲノム配列で起こる気もする. ゲノムDBに技術的なヴァージョンコントロールと可視化が必要

so @synobu

中途半端に登録したやつを公開しました（ｷﾘｯ

so @synobu

岩崎さん「シアノバクテリアの時空間パターン形成に関するまとまらない話」 概日リズム、ヘテロシスト、コロニーパターン、ストロマトライト形成など、生物のパターン形成をまとめて遊びたい #cyanoinfo

Takatomo Fujisawa @tfuji

リアノテーションで解析した結果明らかになった、SNPs、indelの情報がnote qualifierに埋もれてしまう。 #cyanoinfo

Takatomo Fujisawa @tfuji

INSDC Feature Tableには/compare qualifierってあるのか。 #cyanoinfo

so @synobu

ほとんど未出版の話なのでオフレコ. 岩崎さんらしいレトリックに溢れていて楽しい ;)

so @synobu

成川さん：「真核藻類におけるビリン合成系とビリン結合型光受容体の分布」開環テトラピロール（ビリン）は, フィコビリソームなど光合成の集光色素として重要. 真核藻類のビリンの役割はいままで未知なので今回調べた #cyanoinfo

so @synobu

進化の過程で集光色素は, ビリン色素からクロロフィルに置き換わっている. まずはビリン合成系のタンパク質を進化系統にそってシアノバクテリアから陸上植物まで調べた #cyanoinfo

so @synobu

タンパク質とリガンドとその生合成系の共進化 #cyanoinfo

so @synobu

第三のセッション 情報解析と機能解析 #cyanoinfo

so @synobu

菓子野先生：「Synechocystis 6803の光化学系IIで見出された新規タンパク質Sll1252の光合成電子伝達系における機能」Sll1252, InterPro S4 comainをもち高等植物でも保存されている機能未知タンパク質の機能解析 #cyanoinfo

so @synobu

坂本さん：「陸棲ラン藻の起源を探る」あちこちの芝生の中にいるイシクラゲ（クマムシの住処？）. Anhydrobiosis「無水生活様式」の生物. 乾燥状態では休眠、給水では代謝. クマムシやネムリユスリカと同じ生物現象のジャンル #cyanoinfo

so @synobu

Nostoc（ネンジュモ） Paracelsus (1950) 命名. Nostoch (Nosthryl + Nasenloch) . 87年間乾燥後, 復活した実績あり #cyanoinfo

skwsm @skwsm

Nostoc (ネンジュモ) は、はじめ錬金術師のParacelsus (1520) にNostoch として名付けられたらしい。#cyanoinfo

so @synobu

細胞外多糖合成酵素と乾燥耐性の関連. 論文でました. http://t.co/PtXscUl #cyanoinfo

so @synobu

Nostocは, UV-A, UV-Bの紫外線吸収色素 (Mycosporine-like Amino Acid, MAA http://t.co/n7bjaDx) をもっている. 化粧品などで利用されている. それらの合成酵素に関する論文も投稿中 #cyanoinfo

so @synobu

「ぼくこないだ拾ってきたイシクラゲ培養してみたんですけど、なんか中から緑色のでてきて...」「それはイシクラゲではありません」#cyanoinfo

so @synobu

園池公毅：「シアノバクテリアの呼吸によるプラストキノンプールの還元」クロロフィル蛍光を使ってゲノムワイドに遺伝子機能を解析したい. 二次元クロロフィル蛍光画像解析 #cyanoinfo

so @synobu

Fluorome Project: 二次元クロロフィル画像の類似度でグルーピングも http://t.co/RJwb8H2 #cyanoinfo