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DeepMindのAlphaFold2、タンパク質立体構造予測コンペ(CASP14)でブッチギリ1位

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福永 津嵩 @fukunagaTsu

まぁsmall dataでせこせこがんばる系の研究がいいな

2020-12-01 00:49:44
トカイワイン @vinumregum

AlphaFold2はやく一般公開されないかな。遺伝子配列はわかってるけど構造が解かれてないタンパクいくらでもあるから研究に使いたい twitter.com/DeepMind/statu…

2020-12-01 00:50:18
DeepMind @DeepMind

We’re excited about the potential impact #AlphaFold may have on the future of biological research and scientific discovery. Thank you to the CASP organisers & the whole community - we look forward to the many years of hard work and discovery ahead: bit.ly/3qdko1Q

2020-12-01 00:36:55
すずどら @sz_dr

構造予測問題はsolved problemになったんですか?

2020-12-01 00:51:17
Ohue M/大上雅史 @tonets

残基間距離でグラフ表現+類縁配列・マルチプルアラインメント・残基ペアの表現学習、ははーんなるほど(わかってない) AlphaFold: a solution to a 50-year-old grand challenge in biology | DeepMind deepmind.com/blog/article/a…

2020-12-01 00:53:48
Ohue M/大上雅史 @tonets

@sz_dr だいぶ停滞してたけど結構進んだねって感じ

2020-12-01 00:54:58
🕔 @inferist

みんながんばっていこうな

2020-12-01 00:55:38
Ohue M/大上雅史 @tonets

"we are preparing a paper on our system to submit to a peer-reviewed journal in due course." なので正座して待ってるか。

2020-12-01 00:55:39
Ohue M/大上雅史 @tonets

128TPU(≒100~200GPU)で数週間なら、まあわりとお安く実現できる感じ。

2020-12-01 00:58:48
すずどら @sz_dr

@tonets やったぜ (学習環境強すぎて、モデル学習するの大変そうですね…学習済みモデル公開されたら、構造予測以外のドメインにも適用できて美味しそうですが)

2020-12-01 00:59:22
Ohue M/大上雅史 @tonets

@sz_dr 3000GPU日くらいなので、NLPに比べれば気合いで学習できそう。

2020-12-01 01:00:06
Ohue M/大上雅史 @tonets

DeepMind氏~~~学習済モデルくれ~~~~

2020-12-01 01:00:53
Ohue M/大上雅史 @tonets

@calicolicali 対戦したらブッチギリ1位でした😇

2020-12-01 01:02:03
🕔 @inferist

とはいえゴツめやな??

2020-12-01 01:03:26
Ohue M/大上雅史 @tonets

AWSでV100GPU1枚がだいたい300円/hなので、3000GPU日はだいたい2000万円。あ、だめだわ。(笑)

2020-12-01 01:04:24
Yoshitaka Moriwaki @Ag_smith

nature.com/articles/d4158… 「GDT-TSが90以上になると、実験的に決定された構造とほぼ等価」 つまりAlphaFold2は…… pic.twitter.com/naLIjH4cUp

2020-12-01 01:07:21
拡大
Ohue M/大上雅史 @tonets

‘It will change everything’: DeepMind’s AI makes gigantic leap in solving protein structures nature.com/articles/d4158… 「モノによっては、AlphaFold2の予測と正解との不一致が予測の間違いなのか実験のアーティファクトなのかわからなかった」草アンド草

2020-12-01 01:09:32
てんぷらねいちゃ @kentamg

TLにAlphaFold2の話してる人いっぱいいる

2020-12-01 01:09:43
🕔 @inferist

でみすはさびすおじさんはノーベル賞でいいんじゃないかこれは(てきとう)

2020-12-01 01:16:04
Ohue M/大上雅史 @tonets

AlphaFold2を手元に置いておきたいので2000万円ください twitter.com/tonets/status/…

2020-12-01 01:16:09
Ohue M/大上雅史 @tonets

ABCIならV100 GPUx4で220円/hなので、約400万円で済む。お得!ABCIでAlphaFold2学習しよ。

2020-12-01 01:17:49
すずどら @sz_dr

AlphaFold2 as a service(予測機能のみ提供)とかすると一儲けできますか?

2020-12-01 01:19:12
🕔 @inferist

とは言えリガンド生み出すまではやっぱまだハードルあるんちゃうかな、しらんけど

2020-12-01 01:22:09
Ohue M/大上雅史 @tonets

AlphaFold2 まとめ 1) DeepMind blog deepmind.com/blog/article/a… 2) Nature News nature.com/articles/d4158… 3) CASP14公式結果 predictioncenter.org/casp14/zscores… 4) CASP14ターゲットごとの結果predictioncenter.org/casp14/results… 5) CASP14ターゲットの正解構造 predictioncenter.org/download_area/…

2020-12-01 01:23:26
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