ペタスケールスパコン TSUBAME2.0 共用促進シンポジウム
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yukio_saitoh
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斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
TSUBAME の外部利用制度、先端研究施設共用促進事業、学際大規模情報基盤共同利用 があり、学術利用（有償・成果公開）・産業利用(無償トライアル（文科省支援）、有償）・社会貢献利用（有償） があります。 #tsubame
2011-10-19 14:02:43
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
トライアル無償は期限と回数制限あります。うまくいきそうなら有償利用へ。 また文科省で共用ナビ(Web公開）があり、全国30施設があります。 トライアルユースの内訳：戦略分野、新規利用拡大、産業利用（有償） 計年間90件ほど。 #tsubame
2011-10-19 14:04:47
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
成果非公開がどんどん増えている（本気利用） ブリヂストン、日立製作所、リコーなど。 #tsubame
2011-10-19 14:05:35
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
震災後の節電対応（目黒区の端っこに計画停電エリア）。昼夜でピーク電力運転(夜だけ上げて、昼は落とす）など。世界のスパコンでこんな対応しているのは東工大だけ、来年は蓄電池により運用は安定するはず。 #tsubame
2011-10-19 14:07:01
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
今後の産業利用、H24.10月まで無償利用可能なのは TSUBAME2.0 と地球シミュレータだけ、H24.11月以降、TSUBAME, 地球シミュレータ, K, HPCI資源提供7機関。 TSUBAME 2.0 は全体の 30% 資源提供となる。 #tsubame
2011-10-19 14:08:34
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
共同促進事業で TSUBAME が提供する計算資源は 250TFLOPS になる見込み、なお地球シミュレータは 130TFLOPS （TSUBAME は産業界へ無償で提供している） #tsubame
2011-10-19 14:09:35
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
TSUBAME 2.0 は GPUメイン、Fat Tree ネットワーク、2.4PFLOS/1.5MW, 地球シミュレータはベクトル型スパコン SX-9, Fat Tree, 0.13PFLOPS/6MW, #tsubame
2011-10-19 14:10:53
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
Kコンピュータ SPARC, Tofu 6Dトーラスネットワーク, 10PFLOPS/14MW #tsubame
2011-10-19 14:11:11
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
GPUコンピューティング研究会(参加者の7割以上は民間企業）で、毎月CUDA講習会、2～3ヶ月毎にセミナ、国際ワークショップ、年一回シンポジウム、MLを通じた情報交換。東工大の教員・学生だけでなく他大学、研究機関も参加可能。 #tsubame
2011-10-19 14:14:20
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
学術国際情報センター内に共同利用推進室を設置、昨年より体制をかなり強化した。必要に応じてサポートを強化していきたい。 #tsubame
2011-10-19 14:15:11
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
まとめ：「みんなのスパコン」。 ペタスケールへの飛翔。名前の通り、産業界の先進ニーズに対応できるサービスを継続的に提供していきたい。京コンピュータだけが一番のままではない、これからの並列コンピュータ利用促進を考えれば TSUBAME 2.0の意義は高い。 #tsubame
2011-10-19 14:16:47
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
採択課題の成果報告 武田薬品工業 小久保氏より「拡張アンサンブル シミュレーションによるタンパク質とリガンドの結合構造予測法の開発」と題してご登壇です。 #tsubame
2011-10-19 14:19:05
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
武田薬品・探索研究所と名大の共同開発。 創薬のために、アセスメント、モデル化、計算、試薬、データ取得を繰り返して平均10年くらいで新薬承認へ。ドラッグ・デザインはタンパク質を阻害や活性化設計。SBDD 、LBDD を使う手法があり今回 SBDDモデル #tsubame
2011-10-19 14:22:15
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@yukio_saitoh
鍵と鍵穴に例えて、鍵であるタンパク質の構造を捉え、類似分子を調査し、水分子（溶液）が結合に関与していることもある。実験あるいは計算手法で判明することがある。実験は精度が高いが結果を得にくい課題。計算手法は booking software を使うが予測精度。 #tsubame
2011-10-19 14:25:03
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
現実的ではないのが計算手法で、docking software を使う。タンパク質にリガンド構造を与えると自動的に結合モデルが計算されるが、10種類計算しても1つも正しくないこともある。分子の柔軟性、水分子の影響があるので無視するようなナレッジベースをもとに #tsubame
2011-10-19 14:26:39
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
// 難しいな。タンパク質の構造は科学ヲタクなので少し齧った程度だから、お話の本質が見えない、、申し訳ない。ツイートが不正確になってしまうことご了承願います。 #tsubame
2011-10-19 14:27:35
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
Binding Free energy はタンパク質とリガンドと水エネルギーで構造変化する自由に動く（物理的）なエネルギーで、本来計算する。 ΔG = -RT lnk , K=1nM → ～ 12 kcal/mol #tsubame
2011-10-19 14:29:16
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
非常に高い精度の計算値が必要。 以上がイントロダクション！ // は？これが導入説明か、、難しいな。 ギリギリついていけるが #tsubame
2011-10-19 14:30:00
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
メソッド：①傘サンプリングシミュレーション、②平均力の可能性、③、、、 // 難しい 全部英語やし、喋っておられる方は日本語なのに、難しい。 傘はレプリカされて離れていたり、さらにポケットの出入りするもの？？ #tsubame
2011-10-19 14:32:03
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
Potential of mean force はわかりやすい図。 // タンパク質からの距離に対して、結合力をプロットしたものだけど、、この分野で仕事をなさってる研究員には感謝です。創薬は素晴らしい。 #tsubame
2011-10-19 14:33:37
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
Heatshock Protein 、リガンドが溶媒中からタンパク質に結合する直前と直後を視覚化している。 // 実験的に計測する際に水分子よりも小さい水素分子まで計測できるようになったと、 TSUBAME 2.0 で。 #tsubame
2011-10-19 14:35:13
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
視覚化したものを動画で紹介。リガンドが水溶液からタンパクへ結合される様子でした。 // スゴイ、生まれて初めて見た。静止画でしか見たことが無い、それもタンパク質の単純結合のやつ、 #tsubame
2011-10-19 14:37:31
斉藤之雄 / 社会福祉士 😺🗯
@yukio_saitoh
今度はタンパク質が結合が揺らいで、正しく構造結合出来る様を予測している動画。ちゃんとポケットに入る計算。 違うレプリカから正しく導かれる模様。（水分子を考慮） // 精度よく予測できるって素晴らしいな。 #tsubame
2011-10-19 14:40:13