構造のための機能解析

がんばりずむ @tsukahisa

@HattoriM これからもガンガンバーニングしてください！！期待しています。あと、「構造解析のための」機能解析って、どういう物なんですか？興味アリ。

@HattoriM

私が勝手に言っているだけで、一般に使われていてる用語ではないです。>構造解析のための機能解析 (Functional-based structural analysis)。詳しく説明すると長くなるのでブログでもつくってポストしたほうがいいかもしれません。。。@tsukahisa:

HattoriM @HattoriM

一言をでいうと、構造解析のために有用な情報（リガンドや 活性がある最小領域、安定性）を得るために機能解析を積極的に行っていく立場、という感じでしょうか。>　構造解析のための機能解析 @tsukahisa

HattoriM @HattoriM

これは、膜タンパク質に限らず可溶性タンパクの構造解析でももちろん重要なことだと思いますが、いくつかの理由から膜タンパク質の構造解析において特に重要になってきている要素だと私は考えています。 @tsukahisa

がんばりずむ @tsukahisa

@HattoriM　Functional-based structural analysis、結晶構造決めるときに、タンパク質をtruncateしたり、リガンドをくっつけたりするのは、以前から行われているように思うのですが、そういうのとはまた違うのでしょうか。不勉強ですいません。

HattoriM @HattoriM

いえ、こちらこそ説明不足ですいません。一例を挙げますと、膜の場合、多数のホモログの発現トライアルすることで構造解析に適したターゲットを探すことが多いのですが、その場合、ターゲットのリガンドが未知だったりするので、機能解析が重要だったりするということです。 @tsukahisa

HattoriM @HattoriM

他の例として、一見「性質よく発現/精製できる」ような場合でも、リン脂質が落ちたり、truncationなどのせいで、構造が一部変性してバイオロジーを反映していない構造になっていることが比較的ありえるので、その評価のためにも機能解析が重要だと感じています。@tsukahisa

@HattoriM

@tsukahisa まとめると、リガンドをくっつけたい→リガンドが未知。Truncation→性質よく発現しても実際には構造が一部変性したり機能を失っている。といったことが膜タンパクは可溶性より比較的起きやすいので、機能解析が重要ということです。わかりにくい説明ですいませんです

がんばりずむ @tsukahisa

@HattoriM ひところは（構造やさんには大変失礼ですが）構造さえ決めたら勝ち、に近い状況でしたが、今は、構造を決める人でもそのターゲットの生化学的な性質を追跡しながらコンストラクトを確定しないと、最悪アーティファクトの構造を決めてしまう危険性がある、ということでしょうか。

がんばりずむ @tsukahisa

@HattoriM それにしても今の構造やさんは、幅広い知識と研究技術を持たないと、なかなかやっていけない、ということになりそうですね。もちろんうまくいったときのリターンもすごいものがある、と門外漢の私などは思いますが。構造やさんと生化学者がコラボしたら、効率的ですかね。

がんばりずむ @tsukahisa

結晶構造決定に取り組んでいる方々には失礼な物言いをしてしまったかもしれません。気を悪くされたら申し訳ありません。こんな私でも、「百聞は一見にしかず」の構造決定の底力・破壊力は、自分なりには承知しておるつもりです。　@HattoriM

HattoriM @HattoriM

実際、生理条件を部分的に反映していないと考えられている膜タンパク質の構造は複数発表されています。ただ、性質/機能をちゃんと評価していかないとアーティファクトのある構造すら決まらないことになりがちだと思います @tsukahisa > 最悪アーティファクトの構造を決めてしまう危険性

がんばりずむ @tsukahisa

なるほど、勉強になります。変異体解析などの結果とconsistentな結晶構造は、より整理条件における構造を反映している可能性が高いと言えそうですね。　RT @HattoriM 実際、生理条件を部分的に反映していないと考えられている膜タンパク質の構造は複数発表されています。

HattoriM @HattoriM

そうですね。ご存知でしたらすいませんが、@tsukahisaさんの研究と思われるとあるGPCRの構造でも2量体化様式がおかしいという話があったのですが、構造と機能解析の結果が一致していなかったのがそう指摘される大きな要因だったと思います。>構造と機能解析のconsistency