Twisci第2回「2009年驚きの科学ニュース」まとめ
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popeetheclown
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Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
著者がいっぱいいるけど，多くがベンチャー企業の社員（研究者）らしい．有名な研究者の名前もちらほら． #twisci
2009-12-22 23:46:39
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
ちなみに論文を読むよりも，Complete Genomics社（この方法を開発した企業）のサイトを見た方がずっと分かりやすい（笑） http://bit.ly/4qKgeo #twisci
2009-12-22 23:48:48
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
どういう技術なのか簡単に解説．これを参照のこと＞ http://bit.ly/5lykaJ #twisci
2009-12-22 23:50:28
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
大きく分けて5つのステップでヒトゲノムを読む．１．まずヒトのゲノムDNAを取ってきて，超音波破砕・アダプターとのライゲーション（結合）・制限酵素による切断を駆使して，ライブラリー（読むための元材料）を作る #twisci
2009-12-22 23:52:44
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
２．次に，ライブラリーの環状DNAを鋳型にして，PCRではない特殊な方法でDNAをを増幅させ，「DNAナノボール」なるものを作らせる．増幅させることで，この後DNAを読むときに読みやすくなる（シグナル強度上昇） #twisci
2009-12-22 23:54:41
E.K.
@sawanohotaru
あらこんな時間にやってらっしゃったのですね。今回はリアルタイムでフォローできなさそうなので、あとでまとめて読ませていただきます☆ #twisci
2009-12-22 23:55:15
Yuki TSUCHIKANE
@suketake
名古屋大学、東山先生の花粉管ガイダンス物質、ルアーの同定。これほど美しい生理実験の論文は無いと思いました。RT @popeetheclown今回のお題は「2009年驚きの科学ニュース」． #twisci
2009-12-22 23:56:12
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
３．約29億個の小さな窪みが規則的に並んでいる25mm x 75mmのシリコンプレート上に，２で作ったDNAナノボールを並べる．並べるといっても，DNAナノボール溶液を流し込むだけで，勝手に窪みにはまるのがポイント． #twisci
2009-12-22 23:58:02
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
お！ありがとうございます．pubmedのリンクを貼ってもらうことってお願いできますか？ RT @suketake: 名古屋大学、東山先生の花粉管ガイダンス物質、ルアーの同定。これほど美しい生理実験の論文は無いと思いました。 #twisci
2009-12-22 23:58:52
Yuki TSUCHIKANE
@suketake
ガタカの世界がすぐそこまで。RT @popeetheclown 早速僕から話題を1つ． @thinkeroid とも話したんだけど，これは今年の生物学関連ニュースで5本の指に入るだろう！という技術革新．「４０万円でヒトゲノム解読 米企業が新技術」 #twisci
2009-12-23 00:00:53
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
４．「シーケンシング by ライゲーション」という方法で，DNAナノボールの配列を読む．通常DNA配列決定に使われる「シーケンシング by ポリメライゼーション」と違い，読める長さは短い（～10塩基）が，プレート上のDNAナノボールを一度に読めるのがポイント #twisci
2009-12-23 00:02:18
ふくろう
@tsukubatsuku
花粉管ガイダンス・ルアーの同定の論文は実は関係者の知り合いだったりする。実験系の組み方が素晴らしいと。140年間解けなかった謎。#twisci *Tw*
2009-12-23 00:03:09
E.K.
@sawanohotaru
東山研は大体全員知り合いなので横槍入れますが、その実験を中心的に進めたのは当時M1とB4だった男の子たちです。凄いですよね RT @popeetheclown: RT @suketake: 名古屋大学、東山先生の花粉管ガイダンス物質、ルアーの同定。 #twisci
2009-12-23 00:04:12
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
５．この方法全体で読めるDNAの長さは合計2400億塩基．ヒトゲノム全体が30億塩基だから，80倍程度．平均すると同じ場所を80回読むことになり，精度が上がる．大量の配列データを精度評価し結合することで，ある個人のゲノム配列を決定することができる #twisci
2009-12-23 00:09:52
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
論文とウェブサイトによると，彼らはひたすら効率化を目指し，実験手順をヒトゲノム配列に最適化することで，全体として安価なゲノム配列決定を成し遂げたらしい．例えば，プレートの窪みの開け方を調整して，9割の穴にDNAナノボールがはまるようにしたとか． #twisci
2009-12-23 00:12:05
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
.@suketake @sawanohotaru @thinkeroid 花粉管ガイダンスの話，ニュースで小耳には挟んでいたのですが，そこまで感動的な仕事だったんですね．これはぜひ誰かに解説をお願いしたい！ #twisci
2009-12-23 00:19:41
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
この技術によって，例えば，ある種類のガン患者と健康なヒトのゲノムDNAを大量に読んで比較して，ガンの原因を探ると言った研究がこれまでより容易にできるようになります． #twisci
2009-12-23 00:22:59
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
逆に，究極の個人情報とも言えるゲノム配列が簡単に読めてしまう時代がやってきたとも言えるわけです．その倫理的・社会的危険性についても私たちの準備は不足しています． #twisci
2009-12-23 00:24:13
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
.@K_Tachibana さんが言う「ゲノム界（？）の破壊的イノベーション」が，「アメリカ」の「1ベンチャー企業」に握られているという現状もまた，これからの日本や世界にとって大きな意味を持つようになると考えています． #twisci
2009-12-23 00:27:36
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
そういう点を総合して，この「ヒトゲノムが40万円で読めるようになった！」が今年最大の科学ニュースと考えました． #twisci
2009-12-23 00:28:10
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
これ，ぜひ聞いてみたいですね．RT @thinkeroid: ご自分のゲノム配列が読まれることに対して皆さんはどのようなイメージをお持ちでしょうか？ #twisci
2009-12-23 00:28:24