エキソームキットにまつわるあれこれ

まこ @ma_ko

@38brain 結構違う数字が出ましたけど, 普段そんな細かいことを調べる機会はなく, 自分が気になった時にちょこちょこっとやるだけだったので, 他の人の感触を聞けたのはタメになりました. ありがとうございました. @jyasuda1

38brain @38brain

@ma_ko 相当知らない使えるoptionが眠っているはずなのでこういうツール類のoptionと結果カラム説明一覧が欲しいですね。もちろん平易な日本語でw。 @jyasuda1

まこ @ma_ko

@jyasuda1 @38brain 訂正: リードが張りついた領域が50%未満のものがおおよそ2000強ある => リードが張りついた領域が50%未満のものがおおよそ1600-1700ある

38brain @38brain

@ma_ko もうちょっとでcoverageBed終わるはずなのでしばしお待ちをw。

まこ @ma_ko

@jyasuda1 申し訳ないですが, 計算を修正したのでもう一度コンパクトにつぶやきます. @38brain

まこ @ma_ko

@jyasuda1 @38brain 96億塩基対を読んだデータで "1st exon で covered が50%未満" => 1180 "1st exon で covered が50%以上" => 20242 covered は対象領域に1リードでもついた領域の割合です.

まこ @ma_ko

@jyasuda1 @38brain 93億塩基対を読んだデータで "1st exon で covered が50%未満" => 1145 "1st exon で covered が50%以上" => 20277 covered は対象領域に1リードでもついた領域の割合です.

まこ @ma_ko

@jyasuda1 @38brain ざっとの数字ですが, ファーストエキソンで, そのエキソン内でリードが張りついた領域が50%未満のものがおおよそ1200あるということになります. 2万2000程度の遺伝子数を考えると, 5%程度は十分には読めてないという感覚です.

まこ @ma_ko

@38brain その数字は 1st exon で, っていうことですよね. @jyasuda1

38brain @38brain

@ma_ko 再訂正。出たんですが意外にカバー率0が多いです。0が7.2%、0-50%未満が3.2%、50〜100%未満が7.0%、100%が82.6%でした。このtargetファイルがSOLiDのtarget領域も含んでいるために0が多いのかもしれません。 @jyasuda1

38brain @38brain

いえ、たぶん全部です。なんかexonの番号が出力されてなかったので（泣）。 RT @ma_ko: @38brain その数字は 1st exon で, っていうことですよね. @jyasuda1

38brain @38brain

ダブりはないですね。 RT @ma_ko: @38brain ちなみに uniq かけたら, こっそり紛れたダブりが減ったりしません?

まこ @ma_ko

そろそろ寝ます… @38brain さん, @jyasuda1 さんありがとうございました (たくさんつぶやいてごめんなさい, まとめたいが大変, という場合は選り抜くのに協力しますのでお知らせください…).

38brain @38brain

こちらこそありがとうございました。Mentionsカラムがma_koさんで埋まったのでそろそろ終わりにしますw。RT @ma_ko: そろそろ寝ます… @38brain さん, @jyasuda1 さんありがとうございました