Bioconductor投稿体験記

田口善弘 @Yh_Taguchi

僕はUbuntuとCentOSを使っていますが、両環境にRの開発版をインストールしました。但し、置き換えたわけではないです。この点、２つのバージョンを同時に入れてもOKなR（一方はシステムインストールしなければいいんです）は非常に助かります。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（２）グローバル変数を使って、関数の外にデータを渡すとチェックでエラーがでてしまいます。動作上は問題なくてもすべて関数の引数として明示的に書くように要請されました

田口善弘 @Yh_Taguchi

（３）関数を分割してラッパーでくるんでユーザに提供するように求められました。これは僕の場合はMUSTでは無かったようですが、従いました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（４）(3)のプロセスで生じたInternal use onlyの関数はman pageにも書かないし、exportもするな、と言われました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（５）functionがprogressを報告する様な仕様にしていましたが、これはNGの様で、全部、消すことを要請されました。実行時間が長いと延々と待つだけになりますが、そもそも、あまり重いジョブは想定外なのかなと思いました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（６）基本、僕のは発現解析なのですが、入力はExpressionSetというBioconductor独自の仕様を使うように要請されました。これはMUSTでした。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（７）requireを使って自動的にライブラリを読み込むのは禁止で、ユーザが明示的に全部自分で読みこむようにすることを要求されました。この点、ユーザフレンドリより明示的なパッケージ依存関係をユーザに意識させたという意図を感じました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

（８）解説文書（vignette）は原理的なことまでかなり細かく書かされました。僕は論文刊行済みなのでそれを引用して原理の説明は簡単にしておいたのですがそれはNGなようでした。　こんなところでしょうか。以下、全体的な感想です。

田口善弘 @Yh_Taguchi

感想１：解説文書やマニュアルはぼろぼろの英語でもOKなので楽でした。最近は論文投稿すると英語がひどいというだけでEditor Rejectくらうこともままあるので好意的に感じました。最悪、英文校正を有料で行うことも覚悟していたのですが、それは無かったです。

田口善弘 @Yh_Taguchi

感想２：プロセス的に論文投稿を思い出してしまいましたが、落とす気しかないんじゃないかと思わせる論文査読プロセスに比べると、いいところを積極的に取り入れて行こう、という気持ちが感じられて気持よかったです。ただ絶対に向こうの節は曲げない、という強い意志を感じました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

以上、ですが、Bioconductorに彼らが費やしている労力は膨大なはずです。５００以上のパッケージがあるのですから。完全にボランタリーなのでしょうか。とても信じられないです。僕のパッケージの様に標準外のものの積極的に受け入れてくれました。

田口善弘 @Yh_Taguchi

というわけで体験記を終わります。@dritoshi さんも体験記を公開してくれましたし、Bioconductorにもっとたくさんの日本人の名前が載る日が来るといいな、と思いました。以上、ご静聴（？）ありがとうございました！

田口善弘 @Yh_Taguchi

BioconductorにMiRaGEがやっと登録されました！ http://t.co/0JG46O0S MiRaGE MiRNA Ranking by Gene Expression

田口善弘 @Yh_Taguchi

Bioconductor package developer の義務としてユーザメーリングリストと開発者メーリングリストに入った。活発な議論がかわされている。インターネット上の議論と言ったらメーリスしかなかった時代から生きているロートルには懐かしい雰囲気。