「GWAS SNPsの疾患と,SNPとオーバーラップするDHSの細胞特異性の関係.ADHDのSNPはbrainでのDHS,など」 #encodejp-33
2012-09-29 17:45:35「GWAS SNPsは胎児期から存在する(成人でもある)DHSに57.8%.胎児DHSへの局在がある形質は,初潮年齢や身長等,発達と関連するものが多かった」 面白い #encodejp-33
2012-09-29 17:47:25「エンハンサーと GWAS SNPs.TSS近傍のDHSと相関している遠位のDHSを相互作用しているだろうものとしてエンハンサーとすると,GWAS SNPsと419個がエンハンサーだった」 #encodejp-33
2012-09-29 17:48:56「DHSとoverlapするGWAS SNPsの93.2%は転写因子結合モチーフにある(!)」 #encodejp-33
2012-09-29 17:49:53「色んな癌に関連したGWAS SNPs近傍のTFもチーフをみると,似たよったTFがとれる」 これは,何をバックグランドにしたらいいんだろう #encodejp-33
2012-09-29 17:51:31こういう話を聞いていると、普通の exome sequencing は読んでる範囲が足りないんじゃないかという気がしてくるな・・・。 #encodejp-33
2012-09-29 17:52:38@mkasahara 確かに。ただ、全ゲノムを信頼をおけるdepthで読むにはまだ技術的/コスト的に難しい気が。#encodejp-33
2012-09-29 17:55:17@mkasahara ですね。ただ実際のアプローチを考えると RNA-seq で転写の状態を見に行く方がスマートとも考えたりもします。 @sfwaesr #encodejp-33
2012-09-29 17:55:40@ma_ko @sfwaesr RNA-seq はどの組織から取ってくればいいんですかね。病気が起きているまさにその組織から取れることはある? #encodejp-33
2012-09-29 18:00:00@sfwaesr ですね。お金はNGSのコストダウンで対応できるといいのですが。 #encodejp-33
2012-09-29 18:01:41「GWAS SNPsのthresholdingを厳しくしたときの,DHSへのSNPのエンリッチのパターンから,逆にある病気の原因になる組織をよそくできるかもしれない」 おもしろい #encodejp-33
2012-09-29 17:52:55GWAS SNPsの疾患の相関判定を厳しくしていくと、一定以上で傾きが跳ね上がる→遺伝病。まぁそらそうか。傾き大事。 #encodejp-33
2012-09-29 17:53:36次は伊藤聡史さんによる「Sequence features and chromatin structure around the genomic regions bound by 119 human transcription factors」 #encodejp-34 /ラスト
2012-09-29 17:53:41「non-canonical motifの原因は,1)DNAではなく別のTFに結合している,2)となりに別のTFが結合しているモチーフがとれてくるの理由が考えられる」#encodejp-34
2012-09-29 17:55:07「間接的に結合するTFと隣接して結合するTFを予測する.cobindingなTFのモチーフは一定の距離を持っているはず,そういうペアを抽出.」#encodejp-34
2012-09-29 17:57:09ただでさえDNAと結合して転写を促進したり抑制したり機能が満載された転写因子が、さらに他の転写因子と相互作用するっていう現象自体が凄いよな。 #encodejp-34
2012-09-29 17:57:24piggyback binding を tethered binding と呼ぶの初めて聞いた。#encodejp-34
2012-09-29 17:58:03「ピークのランクと,モチーフを含むピーク率のプロットおよびモチーフとピークの距離のプロット」#encodejp-34
2012-09-29 17:59:04#encodejp-34 転写因子がくっつかないmotifでは周りよりsequence conservationが低いように見えるのは積極的に変化しているためだろうか?
2012-09-29 18:00:29この図はAggregation plot しちゃった図.「結合しているモチーフではヌクレオソーム密度が低くなっている」#encodejp-34
2012-09-29 18:00:38