ENCODE勉強会( #encodejp )午後の部

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GWAS SNPsの疾患と,SNPとオーバーラップするDHSの細胞特異性の関係．ADHDのSNPはbrainでのDHS，など」 #encodejp-33

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GWAS SNPsは胎児期から存在する（成人でもある）DHSに57.8%．胎児DHSへの局在がある形質は，初潮年齢や身長等，発達と関連するものが多かった」 面白い #encodejp-33

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「エンハンサーと GWAS SNPs．TSS近傍のDHSと相関している遠位のDHSを相互作用しているだろうものとしてエンハンサーとすると，GWAS SNPsと419個がエンハンサーだった」 #encodejp-33

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「DHSとoverlapするGWAS SNPsの93.2%は転写因子結合モチーフにある（！）」 #encodejp-33

Tsuyoshi Hachiya @hacchy

DHSは魅力的。1サンプル当たりのリード数の目安はどのくらいでしょうか？　#encodejp-33

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「色んな癌に関連したGWAS SNPs近傍のTFもチーフをみると，似たよったTFがとれる」 これは，何をバックグランドにしたらいいんだろう #encodejp-33

Masahiro Kasahara @mkasahara

こういう話を聞いていると、普通の exome sequencing は読んでる範囲が足りないんじゃないかという気がしてくるな・・・。 #encodejp-33

realAkiraWatanabe @sfwaesr

@mkasahara 確かに。ただ、全ゲノムを信頼をおけるdepthで読むにはまだ技術的／コスト的に難しい気が。#encodejp-33

まこ @ma_ko

@mkasahara ですね。ただ実際のアプローチを考えると RNA-seq で転写の状態を見に行く方がスマートとも考えたりもします。 @sfwaesr #encodejp-33

Masahiro Kasahara @mkasahara

@ma_ko @sfwaesr RNA-seq はどの組織から取ってくればいいんですかね。病気が起きているまさにその組織から取れることはある？ #encodejp-33

Masahiro Kasahara @mkasahara

@sfwaesr ですね。お金はNGSのコストダウンで対応できるといいのですが。 #encodejp-33

まこ @ma_ko

@mkasahara @sfwaesr それはたしかに少数派っぽいですね。#encodejp-33

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「GWAS SNPsのthresholdingを厳しくしたときの，DHSへのSNPのエンリッチのパターンから，逆にある病気の原因になる組織をよそくできるかもしれない」 おもしろい #encodejp-33

naka-take @Yuhki_Nakatake

GWAS SNPsの疾患の相関判定を厳しくしていくと、一定以上で傾きが跳ね上がる→遺伝病。まぁそらそうか。傾き大事。 #encodejp-33

ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

いよいよ最後 #encodejp-34

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

次は伊藤聡史さんによる「Sequence features and chromatin structure around the genomic regions bound by 119 human transcription factors」 #encodejp-34 /ラスト

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「non-canonical motifの原因は，1)DNAではなく別のTFに結合している，2)となりに別のTFが結合しているモチーフがとれてくるの理由が考えられる」#encodejp-34

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「間接的に結合するTFと隣接して結合するTFを予測する．cobindingなTFのモチーフは一定の距離を持っているはず，そういうペアを抽出．」#encodejp-34

りふる @seirefl

ただでさえDNAと結合して転写を促進したり抑制したり機能が満載された転写因子が、さらに他の転写因子と相互作用するっていう現象自体が凄いよな。 #encodejp-34

ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧 @dritoshi

piggyback binding を tethered binding と呼ぶの初めて聞いた。#encodejp-34

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「ピークのランクと，モチーフを含むピーク率のプロットおよびモチーフとピークの距離のプロット」#encodejp-34

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

「見つかったモチーフはfootprint ．また，モチーフも進化的に保存される」#encodejp-34

Y.Okamura @informationsea

#encodejp-34 転写因子がくっつかないmotifでは周りよりsequence conservationが低いように見えるのは積極的に変化しているためだろうか？

Haruka Ozaki (尾崎遼) @yuifu

この図はAggregation plot しちゃった図．「結合しているモチーフではヌクレオソーム密度が低くなっている」#encodejp-34