ENCODE勉強会( #encodejp )午後の部
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Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「protein-coding lociはあと100個程度見つかっていないという予想」「NMDの影響を受けるのにペプチド合成されるtranscriptを4つ発見」「第三世代を用いたアノテーションに期待」 #encodejp-12
2012-09-29 13:22:36
naka-take
@Yuhki_Nakatake
機能のあるpsudogeneってもはやpsudoじゃないような気が・・・ｗ 定義が難しいなぁ。進化的に複製されていて、変異が入ってるからpsudogeneとして認定されているのでしょうか？ gencode #encodejp-12
2012-09-29 13:27:10
Kenta Oono
@delta2323_
@Yuhki_Nakatake 論文にはきちんとした定義はなかったと思います。別論文の遺伝子発現の制御やtumor biology中での役割の例が紹介され、「pseudogeneと非機能なものと分類するのは考え直さなければならないだろう」とありました。 #encodejp-12
2012-09-29 14:27:17
Kenta Oono
@delta2323_
@Yuhki_Nakatake 元論文を読み返してみたら、参照されている論文では機能を持つ偽遺伝子を見つけていたのですが、本論文で発見した偽遺伝子は発現の可能性だけ言い、機能を持つかは言及していないようです。失礼しました。#encodejp-12
2012-09-29 15:12:34
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は的場奈々さんによる「 Linking disease associations with regulatory information in the human genome」 #encodejp-13
2012-09-29 13:23:29
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「GWASで見つかったSNPがnon-coding regionだったとき，regulomeDBでfuntionalなSNPを見つける．」#encodejp-13
2012-09-29 13:25:24
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「lead SNP自身よりもlead SNPと強い連鎖不平衡にあるSNPの方がfunctionalという方が多い．leadSNPの近くのSNPがTFのモチーフ，かつハプロタイプの種類が偏ってた」 #encodejp-13
2012-09-29 13:28:54
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
@sesejun 遠いわけではなくて、lead SNP と連鎖しているSNPという意味では。連鎖しているので物理的位置もそんなには離れていないイメージだと思います。
2012-09-29 13:33:02
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
次は @shu65 さんによる「Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines」 #encodejp-14
2012-09-29 13:30:46
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「MS/MSとlncRNAを組み合わせて解析．RNA発現データによるペプチドの回帰（RuleFit3）．69個のlncRNAと一致する85個のユニークなペプチドが明らかに」 #encodejp-14
2012-09-29 13:32:35
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「MS/MSのデータをヒトゲノムにマッピング，ユニークにマップしたペプチドと一致するGENCODEのlncRNAを探した」#encodejp-14
2012-09-29 13:33:34
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
"Rule based Learning Ensembles - RuleFit3 with R" http://t.co/xToDPS9x #encodejp-14
2012-09-29 13:37:06
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「Rulefit3はrandom forest（decision treeをたくさんつくる手法）．入力はRNA発現量，出力はペプチドが遺伝子か否かの判別．どちらの細胞種でも25%のエラー（ロバスト）polyA- cytosolが分類に効く」 エラーって？ #encodejp-14
2012-09-29 13:37:16
Haruka Ozaki (尾崎遼)
@yuifu
「トランスクリプトームとプロテオームデータの統合によって，アノテーションの評価を行うことができた」 #encodejp-14
2012-09-29 13:39:44
りふる
@seirefl
「検出に一番効いているのはpoly A-Cytosol RNAが一番効いている」とはどういう意味でしょうか？教えていただけるとありがたいです。 #encodejp-14
2012-09-29 13:42:11
naka-take
@Yuhki_Nakatake
-02のsup.Fig.7の詳細報告。10hit以上で５箇所以上の異なる領域でマッチがあったりするから、長いアミノ酸鎖はあると思うのですが、それが機能を持つか、などの実証がどこまでされているのでしょうか？ #encodejp-14
2012-09-29 13:43:06