Duon 怒音と 〜 DNA配列の新しい（？）二重の情報について

名状しがたいペンギンのようなものだったも @h_memeo

そういうのってゲノム上では普通にあるもんだと思ってたけど分かってなかったのか / “新たな遺伝暗号duon見つかる - Sekkaku Life” http://t.co/p3myUi5jpk

s_matashiro @glasscatfish

この記事では意味が取りにくかったが、転写因子などがDNAの蛋白質コーディング領域に結合することが15%程度のコドンで起こっているらしい。 新たな遺伝コードを発見、遺伝子制御に関与か http://t.co/pwoQFo0Ggv http://t.co/CrPSHt6gqL

いいな @iina_kobe

プロモーターとかの普通のことじゃないんですか？ RT @glasscatfish この記事では意味が取りにくかったが、転写因子などがDNAの蛋白質コーディング領域に結合することが1 http://t.co/FKqPKZQSg4 http://t.co/jbXubyCNnU

s_matashiro @glasscatfish

@iina_kobe 蛋白質コーディング領域の15％くらいに、転写因子などが結合しているらしい。つまり、退縮しているコドンは同義ではなく、蛋白質配列が同じでも転写因子の認識が変わりうる、という話。ゲノムスケールの解析で、例えば同義コドンの差で遺伝病が起こるか、はこれからみたい

いいな @iina_kobe

普通じゃないんですか？同様の機構としてpre-mRNAのスプライシングバリアントとかありますし。 RT @glasscatfish @iina_kobe 蛋白質コーディング領域の15％くらいに、転写因子などが結合しているらしい。つまり、退縮しているコドンは同義ではなく、蛋

いいな @iina_kobe

っていうか、スプライシングバリアントのことじゃないの？

s_matashiro @glasscatfish

@iina_kobe DNAの蛋白質結合領域にコドンのバイアスがあるらしい。 AAC for asparagine と CTG for leucine が１割多いとか、AGA for arginine が少ないとか、そういうゲノムレベルの話のよう。

いいな @iina_kobe

それはTATAboxとかのレベルじゃなく、コドン毎にって事ですか？読んだ方が速いかな。。。 RT @glasscatfish @iina_kobe DNAの蛋白質結合領域にコドンのバイアスがあるらしい。 AAC for asparagine と CTG for leucine

いいな @iina_kobe

一割とかのレベルじゃ制御できないような気が。。。 RT @glasscatfish @iina_kobe DNAの蛋白質結合領域にコドンのバイアスがあるらしい。 AAC for asparagine と CTG for leucine が１割多いとか、AGA

s_matashiro @glasscatfish

@iina_kobe ゲノム全体を見て１割の偏りだから、多数の候補があるとおもう。進化的な意義が第一に考えているみたい。次に、既知の転写因子が関与する例があるか、その次が SNP に絡むものがあるか、という展開になるのかな。

いいな @iina_kobe

コーディング領域の3倍くらいですか。 RT @glasscatfish @iina_kobe ゲノム全体を見て１割の偏りだから、多数の候補があるとおもう。進化的な意義が第一に考えているみたい。次に、既知の転写因子が関与する例があるか、その次が SNP に絡むものが

s_matashiro @glasscatfish

@iina_kobe ３倍の意味が分からんけど、81の細胞株でゲノムワイドの DNaseI foot print をやって転写因子の結合する配列を集計しているよ。 ま、読んでみて。

s_matashiro @glasscatfish

@glasscatfish 転写因子がつく領域に偏って存在するコドンがあるという話。

いいな @iina_kobe

コーディング領域の一割って書いてますね RT @glasscatfish @iina_kobe ３倍の意味が分からんけど、81の細胞株でゲノムワイドの DNaseI foot print をやって転写因子の結合する配列を集計しているよ。 ま、読んでみて。

いいな @iina_kobe

んー、よくわからんけども、プロモーターとかの転写因子がくっつく領域以外のコーディング領域にも転写がくっつくところがあります。ってことかな？そりゃ、配列が似てるとくっつくと思うけども、何がいいたいのかよくわからない論文だ。。。

いいな @iina_kobe

フットプリントしても、転写時の転写因子の結合を現してるわけじゃなし、エキソンに転写因子がくっつく理由がわからない。ほどくためなのか、できたpre-mRNAのエキソンイントロンの境目を認識させるためなのか、ようわからないな。コドンの違いと転写因子の進化とかを論じたいのかな？

いいな @iina_kobe

どうせ転写因子がくっつくなら、相補鎖のpre-mRNAを解析した方が速いとおもうんだけども、実験系自体がpre-mRNAと同じものを使用してるから、DNAにくっついたのかRNAにくっついたのかわからないと思うんだけどもなぁ。

地下楽師＠Ph.D @tonkyo_Vc

@glasscatfish 本当だとすると、これまで同義置換だからとスルーしていたSNPsも、それ自体が意味を持っているかも知れないということで、近傍で連鎖している非同義置換がフェノタイプの違いの原因だとも単純には言えなくなってくる可能性があるわけですね。

s_matashiro @glasscatfish

@tonkyo_hanage えらいことになりますよねぇ

地下楽師＠Ph.D @tonkyo_Vc

@glasscatfish 検討すべき可能性がどんどん増えているのは試薬メーカーとか実験機器メーカーの陰謀ではないでしょうか（違

Ed Yong is not here @edyong209

Go home, PR team, you're drunk. A good explainer on the massively overhyped "duon" news. http://t.co/39NIrbewCe By @riley__alex

Ed Yong is not here @edyong209

Derpon RT @ejwillingham: Don't Be Duped By "Duon" DNA Hype http://t.co/fcod21l4q4 via @forbes

Dan Graur دان ダン @DanGraur

#ENCODE has a lot of money. The domain name http://t.co/oa18cpltnX is for sale for only 9,600 dollars.

Dan Graur دان ダン @DanGraur

I know for certain that some viral sequences encode three proteins on the same strand. Such sequences will be called trion in honor of duon.