#bh2010 統合データベース技術情報交換ワークショップ三日目
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Keiichiro Ono
@c_z
さらに本格的に解析する場合は、やはり外部プログラムを経由してください（igraphなど） (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )
2010-10-20 10:29:12
so
@synobu
Cytoscapeでの統計量計算 RT @c_z NetworkAnalyzerとCentiScape、RCytoscapeがあります>統計量 (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )
2010-10-20 10:30:11
Keiichiro Ono
@c_z
#cytoscape に関しては、私の方に直接質問を投げてもらっても回答しますので、よろしくお願いします。 (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )
2010-10-20 10:31:14
so
@synobu
Cytoscapeでのネットワーク統計量計算 2 RT c_z さらに本格的に解析する場合は、やはり外部プログラムを経由してください（igraphなど） (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )
2010-10-20 10:31:58
Keiichiro Ono
@c_z
@iwasakiw Cytoscapeプラグインを作るのは、何か特殊な操作をインポート後に行う場合、どうしてもデータベース独自のクエリ等を実装したい場合で、そうでなければ、現状はPSICQUICに準拠したサービスを作るのが最も汎用性が高いです #cytoscape #bh2010
2010-10-20 10:35:24
Kozo Nishida | 西田孝三
@kozo2
@c_z java web startってCytoscapeを立ち上げるだけじゃなくてCytoscapeにデータを渡してどういうVizMapまでされてるというところまで操作できるのでしょうか。
2010-10-20 10:37:45
so
@synobu
Bioruby最新リリースでは、Ruby 1.9.2完全対応、Semantic Web関係、次世代シーケンサー関連の新機能を予定 #bh2010
2010-10-20 10:40:05
Keiichiro Ono
@c_z
BioRubyも新バージョンか。#cytoscape 用JRubyプラグインでの動作確認をしよう。 (#bh2010 live at http://ustre.am/fg0g )
2010-10-20 10:42:44
Kozo Nishida | 西田孝三
@kozo2
Nature ProtocolについてはNatureProtocolsWorkflowというプラグインもあります #bh2010
2010-10-20 10:44:49
Keiichiro Ono
@c_z
@kozo2 出来ますよ。ただその受け渡しの部分で複雑な操作を行いたい場合は、プラグインをいじらなければならないですけど。pathwaycommonsのサイトを試してみてください。
2010-10-20 10:45:53
Takatomo Fujisawa
@tfuji
結局、2.6.0betaのためかiRefScape pluginのインストールで挫折。最新版にあげた #bh2010
2010-10-20 10:47:35
Takatomo Fujisawa
@tfuji
githubのアカウント登録では Please contact support@github ... #bh2010
2010-10-20 10:48:39
... ..
@32nm
http://www.nature.com/news/2010/101013/full/467753a.html のように研究論文の根拠となる計算をしたプログラムのソースコードの公開しようというときの場としてgithubは良い選択肢の一つです #bh2010
2010-10-20 10:48:57
Takeshi Obayashi
@dancing_infobio
Git http://code.google.com/p/git-osx-installer/ #bh2010
2010-10-20 10:51:17
Keiichiro Ono
@c_z
@ma_ko そうですね。この設定でこうなる、というセッションファイルをいくつかアップロードしてみます。そのサンプルからいじればいいと思うので。 #cytoscape #bh2010
2010-10-20 10:51:54