パイプラインマネジメントシステムの山
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ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
ゲノム系バイオインフォ研究者なら、一度はゲノムブラウザ作ったことあると思うが、パイプラインマネジメントシステムも作ったことあるに違いない。
2015-06-12 15:26:11
Masahiro Kasahara
@mkasahara
@taroleo @dritoshi nextflow, かなり前触ったときには（私としては）イマイチだったんですが、是非感想を聞かせてください！
2015-06-12 19:49:13
Masahiro Kasahara
@mkasahara
.@dritoshi @taroleo 前、和光で話したような（私の持っていた）問題点を解決してくれないあたりが、ですかね。(Twitter で書くにはちょっと長い)
2015-06-12 20:30:44
ゲノムのほうの愛ちゃん🌙 🐧
@dritoshi
そもそもINSDCのうち、EBIやNCBIのようにバイオインフォの研究機関がなくNIGの下で少人数、小さな予算で運営されているDDBJがなんとか奮闘しているという状況だがヒト、モノ、カネが圧倒的に足りないので優先順位の高いことしかできない、という状況なのだと思う。
2015-06-12 20:35:25
Masahiro Kasahara
@mkasahara
遺伝研スパコンの『ここが困った！』事例集と今後への提言 slideshare.net/mkasahara/ss-4…
2015-06-12 20:35:31
Masahiro Kasahara
@mkasahara
.@dritoshi @taroleo まずは、学習コストが結構高い。あと、ジョブの粒度が１プロセス１ジョブなのがとても不満。
2015-06-12 20:39:23
Masahiro Kasahara
@mkasahara
個人的にパイプライン構築系のソフトで（自作のものを除いて）比較的イケてるなぁ、と思うのは (今や有名じゃなくなったほうの) swift と NextFlow とかかな。
2015-06-12 20:40:40
Masahiro Kasahara
@mkasahara
この２つは他と比べて完成度が高い感じがする。他のソフトは「別のことを主目的でやってたんですけど、必要に迫られて作っちゃいました」的な雰囲気がちょっとあるんだけど、専業で作ってる感じ。
2015-06-12 20:41:46
Masahiro Kasahara
@mkasahara
The Swift parallel scripting language swift-lang.org/main/
2015-06-12 20:43:21
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Nextflow - Data-driven computational pipelines nextflow.io
2015-06-12 20:43:49
Masahiro Kasahara
@mkasahara
古くからだと、Biopipe ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P… とか、Taverna taverna.org.uk みたいなのから始まって、Galaxy なんかは、こっちの系列を汲んでいる気がする。
2015-06-12 20:45:36
Masahiro Kasahara
@mkasahara
んで、NGSがはじまって、多分副業で作ってしまった（作られてしまった）系のパイプライン構築ソフトウェアが多分１０個ぐらいあるんだけど、これらの使い勝手はまぁ似たような感じで（手間を払って覚えるには）どれも機能が足りない感じが否めない。
2015-06-12 20:47:34