パイプラインマネジメントシステムの山
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Masahiro Kasahara
@mkasahara
とりあえず、ＮＧＳゲノム解析系の人（でユーザーというよりは開発バリバリ系の人）は、swift-lang と nextflow が比較的よろしいと思います。
2015-06-12 21:31:41
Masahiro Kasahara
@mkasahara
パイプラインの話、Togetter してくれる人とか、あわよくば共著でレビュー論文書いてくれる人とか募集です。もしくは、パイプライン構築ソフト書いてくれる人も募集！
2015-06-12 21:33:26
Masahiro Kasahara
@mkasahara
そういえば、某、和光の会のあと、TCE を Go 言語で書き直してオープン開発にする案、検討したんですが、講義準備が忙しすぎて私が Go 言語を習得する時間を取れていない。
2015-06-12 21:35:50
Masahiro Kasahara
@mkasahara
計算効率とかバカバカしい。科学技術用のスパコンなら、CPU利用率がたとえ5%でも、投資額に見合った科学技術の成果が出れば良い。バイオ系だと OLAP 的な探索型計算も多いので CPU の利用率は上げすぎない（他の利便性を高める）のが重要だと思う。
2015-06-12 21:44:58
Masahiro Kasahara
@mkasahara
.@ogawa_tter ですね。演算器を埋める効率じゃなくて、サイエンスとしてのアウトプット効率を一番に考えたいです。私の立てた Linux クラスターは N1GE ベースですけど、どのクラスターもノードへのログインは自由にさせてます。
2015-06-12 21:48:05
Masahiro Kasahara
@mkasahara
ひどい項目ｗｗｗｗ Wikipedia (en): Bioinformatics workflow management system en.wikipedia.org/wiki/Bioinform…
2015-06-12 21:49:34
Masahiro Kasahara
@mkasahara
こちらの方がまだマシか。 Wikipedia (en): Scientific workflow system en.wikipedia.org/wiki/Scientifi…
2015-06-12 21:50:54
Masahiro Kasahara
@mkasahara
Question: Difference Between "Pipeline" And "Workflow" ? biostars.org/p/17696/
2015-06-12 22:05:15