きのこの新種記載は塩基配列の記述のみで可能なのか。

白水　貴 @Takashirouzu

@gyukankin @shen_hu_ha 蛇足ですが，菌類分類学は150年前から系統進化を反映した分類体系の構築を目指しています．そこでベースとなる系統関係が必要とされるわけですが，これを得る方法として最も受け入れられているのが分子系統解析であるという事実も関わってきますね．

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@Takashirouzu @shen_hu_ha 逆に、DNAを調べた結果、ある形態的形質は分類のキーとして用いることが出来る、あるいはその逆といったことが明らかになれば、DNAと形態は常に表裏一体であるともいえそうですね。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@Takashirouzu @shen_hu_ha 少なくとも、大型（カビと比較して）のきのこの場合、塩基配列しか記述していない新種記載論文はリジェクト、ということになるのではと思います。（あくまでも近い将来の範囲です。）

白水　貴 @Takashirouzu

@gyukankin @shen_hu_ha そもそも既知種の塩基配列が100%カバーされているわけではないので，ある特定の系統（Archaeorhizomycetes）以外は塩基配列のみで新種記載するのは難しいでしょうね．

白水　貴 @Takashirouzu

@gyukankin @shen_hu_ha ただ，近縁種と形態的には違いを見出せなかったが，塩基配列が明らかに異なるため新種とされたケースが数例あったと思います．

白水　貴 @Takashirouzu

@ososugiru @gyukankin @Ats_Nakajima @shen_hu_ha 表現形質でまったく見分けられない近縁種（姉妹群）などは図鑑では学名を併記するなどして「1種」として扱ってよいと思いますけどねえ．

ham @shen_hu_ha

@Takashirouzu @gyukankin ありがとうございます。 なるほど。形態的な特徴のない菌類と、キノコみたいな複雑な構造を作るヤツとでは、新種登録の際の根本的な考え方が違うということですね。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

きのこを「もうDNAだけで新種記載していいんじゃね？」となるまでに、どのくらいの年数がかかるのかざっくり考えてみた。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 世界中のきのこの推定種数が20万種で既知種は2万種と言われている。 推定種数の7-8割（15万種としよう）が登録された段階で「もういいんじゃね」となるとする。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 1万種が登録されるのに10年かかったとする。 今後2倍程度にスピードアップ。5年で1万種が登録される。 登録数が15万種に達するまで5 x 15 = 75

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 「もうDNAだけで新種記載していいんじゃね？」となるまで今から75年かかる。ものすごいどんぶり勘定ww 専門家の方、ツッコミをお願いします。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 登録というのはDNAのデータベースに登録という意味。現時点では既知種の数割くらい？

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 新しく発見された眼で見える大きさの生物がどんな姿をしているのか、全く記述しないというのは、やはり不自然だし、どんなにDNA情報が蓄積されたとしてもあり得ないのではないかな。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 形態についての記述が最低限の量になってしまうということは考えられる。実際、そうなりつつある。今だって「おい、それしか書いてないのかよ」と思う論文もある。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 系統解析がメインの場合、形態記述に割り当てられるページが少ししかないというのもあるのだろう。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin 一方で「同定は、DNAのみで」というのはますます加速して行くだろう。知人のきのこ研究関連会社では100％そうだという。DNAデータが蓄積される程、有効な手段であることは間違いない。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

@gyukankin ただし、同定=分類でないことに注意。同定は、基礎研究や分類学研究の準備段階での作業。

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

以下の記事を掲載しました。興味を持たれた方はご覧になってみてください。 「きのこ愛好者のためのDNAデータベース豆知識」牛肝菌研究所 boletus.sakura.ne.jp/oboe/344.html

牛研 Yuichi TANEYAMA @gyukankin

続編を掲載しました。興味を持たれた方はご覧になってみてください。 「きのこ愛好者のためのDNAデータベース豆知識 その2」牛肝菌研究所 boletus.sakura.ne.jp/oboe/345.html

ham @shen_hu_ha

なるほど、DNAだけで新種登録しようにもそのベースが整ってないと無理って話ね。

myco_leaks @myco_leak

@Takashirouzu @gyukankin @shen_hu_ha DNAだけの新種記載の件。とても面白い議論ですね。議論に遅れてしまいましたが、キノコのような複雑な構造体を形成する菌類でもDNAだけでの新種登録は命名規約上は「可能」でしょう。

myco_leaks @myco_leak

@Takashirouzu @gyukankin @shen_hu_ha というのも新種記載は命名規約上、「査読なし」の文献でも可能で、ISSNやISBNの番号のついた、正式な出版物として認められる形態であればなんでもありだからです。

myco_leaks @myco_leak

@Takashirouzu @gyukankin @shen_hu_ha 実際にDNAのみで新種記載されたツボカビの載ったIndex Fungorumという電子ジャーナルは査読なしの文献です。