2014年度医学基礎生物学本試験IV(5)

ばはむーと @cor_k2

PCRの頭打ちの問題、与えられた数値を使って計算してみたけど、30サイクルではプライマーもdNTPも枯渇しないな。プライマーの枯渇はだいたい38サイクル目くらいでdNTPの枯渇は45サイクル目くらい。

ばはむーと @cor_k2

@mice_anami_4869 それは思った。……だけど、最後の30サイクル目でも、DNA1本鎖は約10^9本で、プライマーが6×10^11個だから、プライマーの方がまだまだ多いし、DNA鎖の長さとプライマーの短さを考えると、30サイクル目ではそうならなさそうじゃない？

ばはむーと @cor_k2

@KUOTA_Nara @mice_anami_4869 立体障害はあってもおかしくないけど、それがどの程度起こりそうなのか俺にはよくわからない(´・ω・`)

ばはむーと @cor_k2

@KUOTA_Nara @mice_anami_4869 ごめん、いまいちピンとこない。

ばはむーと @cor_k2

＠各位 御査収下さい。 pic.twitter.com/09uDGkU6dH

拡大

拡大

ショーグン @rs_arrow_flash

@cor_k2 いろんな資料を調べてみた結果それっぽい答えは見当たらず、自分の場合はPCR産物が変性を起こすからっていう結論に達しました。 一応PCR産物が変性すればそのサイクル以降の分も減るから理に適ってるかなと思うけど自信はないです。

ばはむーと @cor_k2

@rs_arrow_flash PCR産物（得られたDNA？）が変性っていうのは、つまり解離して一本鎖になったあと折れ曲がって自分自身と水素結合して立体構造をつくるってこと？それとも得られたDNAが二本鎖切断でバラバラになるってこと？

ばはむーと @cor_k2

@jzC0qo2mYTryAsh @rs_arrow_flash 情報ありがとう！そうだね。これはホルムアミドとかを添加しないと中々起きない現象だと思う。

ショーグン @rs_arrow_flash

@cor_k2 PCRでは出来たDNAをまた一本鎖にしてまた複製っていう作業を繰り返すからそのDNAが損傷したりしないのかなと思ったんだけどどうなんでしょうか？

ばはむーと @cor_k2

@rs_arrow_flash 塩基置換等が起こると「正しいPCR産物には」カウントされなくなるから、正しいPCR産物の量が頭打ちになるっていうこと？

ショーグン @rs_arrow_flash

@cor_k2 そういうことかなと思いました。 プラトー状態になる理由にしては根拠に欠ける気もするけど…

ばはむーと @cor_k2

＠各位 追加です。どうぞお確かめ下さい。 pic.twitter.com/eHgM1PCtjJ

拡大

拡大

ショーグン @rs_arrow_flash

@cor_k2 詳細にありがとうございますm(_ _)m ２つ疑問なのが ①30サイクル以前でDNAに塩基配列の変化が起こった場合それ以降のサイクルで生成されるはずのDNAも目的の産物に該当しないからもっと値は小さくなるのでは？ ②温度等の条件は影響しないのでしょうか？

ばはむーと @cor_k2

@rs_arrow_flash ああ、①はその通りだ。余裕があったら計算し直しとく。②も余裕があったらちゃんと調べてみる。

ショーグン @rs_arrow_flash

@cor_k2 ありがとうございます。

ばはむーと @cor_k2

さっき追加で上げたやつ思った以上にガタガタだった。指摘されたところもそうだし、期待値計算も最初からE=N(1-p)でよかったじゃん(；ﾟдﾟ)