私家版 CRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」3/3

ハッシュタグもなく、Mas Kotさんぐらいしかつぶやきが観測されなかったので、とりあえず… シンポジウムページはこちら http://kurodalab.bi.s.u-tokyo.ac.jp/symposium2016.html 余計なツイート等、気が向けば編集します; 一応編集自由です。
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とりさん @biochem_fan

CRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」kurodalab.bi.s.u-tokyo.ac.jp/symposium2016.… 3/3-4 東大にて。

2016-02-03 09:57:29
Ikemen Mas Kot @maskot1977

階層を理解するため、まずは階段を降りる必要があるとのこと。 pic.twitter.com/7XWug2j8ac

2016-03-03 13:48:49
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Ikemen Mas Kot @maskot1977

同一または、同一とみなせるサンプル内での計測によるトランスオミックス。大事だけど簡単なことではない。

2016-03-03 13:51:45
Ikemen Mas Kot @maskot1977

パスウェイマップは色んな条件のツギハギである。

2016-03-03 13:54:10
Ikemen Mas Kot @maskot1977

会場が満杯だったので、立ち見シンドイと思ってたら、イスをたくさん出していただいた。大変ありがたい。さらに無料WiFi。

2016-03-03 13:55:54
Ikemen Mas Kot @maskot1977

オミックスデータは欠損値が多い。これにどう対処するか。 (オミックスデータに限った話ではないですけどね)

2016-03-03 14:02:37
Ikemen Mas Kot @maskot1977

欠損値とネットワークを同時に推定する

2016-03-03 14:03:46
Ikemen Mas Kot @maskot1977

「MS datases」(MS = mass spectrometer) のアイコンが「MS Word」のアイコンに似ているw

2016-03-03 14:16:25
Ikemen Mas Kot @maskot1977

メタボやってますと自称していながらMSやってないアカウントはこちらになります(・ω・)

2016-03-03 14:18:29
Ikemen Mas Kot @maskot1977

PubChem の化合物数に比べて、MSデータ数は微レ存。

2016-03-03 14:19:26
Ikemen Mas Kot @maskot1977

生体内の低分子化合物を網羅的に捉える解析プログラムを開発 -MS-DIALによる次世代メタボロミクス- riken.jp/pr/press/2015/…

2016-03-03 14:24:28
Ikemen Mas Kot @maskot1977

chemotaxonomic tree とか chemotaxonomy とか言うんか。知らなんだ。(゜ロ゜)

2016-03-03 14:26:33
Ikemen Mas Kot @maskot1977

LipidBlast in silico tandem mass spectrometry database for lipid identification fiehnlab.ucdavis.edu/projects/Lipid…

2016-03-03 14:27:32
Ikemen Mas Kot @maskot1977

SWATH MS a data independent acquisition (DIA) method which aims to complement traditional mass spectrometry-based pr imsb.ethz.ch/research/aeber…

2016-03-03 14:28:56
Ikemen Mas Kot @maskot1977

MS-FINDER: Integrated Strategy for Structure Elucidation on LC-MS/MS by using Chemo- and Bioinformatics Resources researchgate.net/publication/27…

2016-03-03 14:29:38
Ikemen Mas Kot @maskot1977

hydrogen rearrangement は本当にトラブルメーカー

2016-03-03 14:34:03
Ikemen Mas Kot @maskot1977

"hydrogen rearrangement rules" を考慮した、MSからの構造決定 prime.psc.riken.jp/Metabolomics_S…

2016-03-03 14:36:45
Ikemen Mas Kot @maskot1977

やっぱりなぁ、前から思っていたことだけど改めて、知っている人と組まないとどうにも手の出しようのない分野だよなぁ。

2016-03-03 14:42:20
Ikemen Mas Kot @maskot1977

「ユーザーさんを待たせるのは嫌いなのでそういうプログラムは書かない」

2016-03-03 14:43:56
Ikemen Mas Kot @maskot1977

植物種の10%しか化合物の記載が無い。

2016-03-03 14:59:16
Ikemen Mas Kot @maskot1977

nontarget analysis - discovery phase wide-target analysis - validation phase target analysis - physiology phase

2016-03-03 15:02:12