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回折像シミュレータSIM_MXについて

逆格子空間を視覚化しよう! http://togetter.com/li/104999 の続き(?)です
jpxtal
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ひ○たく @kun32xu
[Neta01-00]一昔前の話題のSIM_MX by Kayさんの論文について計算内容の部分を読んでみました。突発企画ツイート10雑誌会(10ツイート以内の雑誌会:参加者募集w)にてお送りします。 Acta Cryst. (2009). D65, 535–542
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-01:モザイクについて] モザイクブロック=理想的な結晶。サイズ1umオーダを仮定。結晶はモザイクブロック(以下MB)がモザイク角という角度分散を持って並んでいるもの、と定義。MBにはもう一つ「結晶格子長のばらつき」を与えている。後者がポイント。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-02: レイトレース1] 光源に発散角を与えMBに入射→レイトレース。強度Iはユーザが作る。PDB→Fから計算。データ処理したものを突っ込んでも良い。放射線損傷とかを考慮したければそういうIを作ればよい(ん?)。メモリはたくさん食うので64bit推奨w。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-03: レイトレース2] トレースは9Dパラメタ(モザイク3D、MB 格子長3D、光の発散2D、エネルギー分解能1D)振る。各物理パラメータは正規分布(トップハットも可)。各MBからの各反射ピークへの寄与は1レイずつ。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-04: レイトレース3] レイとI(入力)から仮想検出器上にパターンを作る。Lorentz因子考慮。適切なカウンティング統計はポアッソン分布を仮定して実現。ツインもシミュレート可能。2個以上の反射からの光子が1個のピクセルに入るのは捨て。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-05:系統誤差の導入] 系統誤差はピクセル値に変化を与えて生じさせる。①メカゆれ②電気ノイズ③ビーム強度変化④回転による結晶の体積変化、などの考慮が可能。photon->検出器ADU変換時にsinusoidal modulationを導入(係数をユーザが編集)。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-06:出力] SMV/CBFファイルで出力が可能。XDSで当然処理できる。以上がソフトSIM_MXの概略なのであーる。実際にはちゃんと実データ/シミュレーションやって結果も載ってますが、今回の目的は達した。と思っている。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-07:私見1] イメージ:大元の結晶→逆格子点→逆格子点にゆらぎ(MB)→レイトレ→CCD検出器上のパターン。従ってyamさんが言ってる通り「単なる逆空間レイトレ」で合ってると思います。私の「幾何光学的な」レイトレ、というのも合ってましたw。
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-08:補足] yamさんに食って掛かるわけではないんですが、「幾何光学的な」は、「光の波動性や量子性その他を無視して、光の進む線の性質のみを幾何学的に研究する光学」を示す技術用語のことで(Wikipedia)
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-09:補足] レイを定規で追いかけることが可能なレイトレ。表現に曖昧な部分はありましたが、決して「回折現象シミュレータ」という意味では使ってなかったので弁明しておきますw。私が金曜日に言いたかったことはSIM_MXがレイトレやってくれるならば
ひ○たく @kun32xu
[Neta01-10:補足] 「入力する仮想結晶をユーザが好き勝手に作れるので」より簡単に現実に近い回折像が作れるね、という話でした。氷からの散乱とは今は入りませんが、mosaic 3D振れるってのは結構楽しいすね。以上、現場からkun32xuでした。
Kawai, F. @FumihiroKawai
kun32xuさんのtwを☆る簡単なお仕事w
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai あー、ちかれた。結構、この量にまとめるのが難しい。いいですよ、ツイート10。スイートテンダイヤモンドを意識しています。
ひ○たく @kun32xu
で、できたimageファイルが、これだー 1・2・3! http://yfrog.com/h8xmgyp
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu お疲れさんです!dobuoさんにまとめてもらいましょうw < 丸投げw 自分でも読んでみるか....(全くもってSIM_MXは追ってないけど、CrystalMaker ってのに似ているのだろうか? <こちらも殆ど知らないけど^^;
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai コメントありがとざいます。投げっぱw。いやー、SIM_MXはもう少しマニアが遊んでその後に「こういう使い方が」、って話になるんで今は「へーそーなん」って感じでいいと思いまーす。CrystalMaker知らないでーす。また調べてみまーす。
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu マニアック過ぎて(?)僕にはついていけませんw CrystalMakerに関しては随分むかーーーしの記憶にあっただけで殆ど知りませんw いつか僕もマニアックに生きていきたいw
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai よい結晶を作ってさえおけば、ユーザさんには必要ない代物かと思います。いざというときのために、避難訓練的に遊んでみるのも楽しいかもわかりません。「モザイクがばかでかいけど1個しかない」、という結晶からどうデータ取るか?みたいな。
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu 僕も楽しめるように/使えるようになりたいなぁ〜 しかし難しそうでもあるなぁ〜 今は記憶の隅に置いておこうw
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai 分かってきたらどっかにレポートします。バイオキがいいかな。それ見たらすぐできる、よう、に、、、、たぶ、、、ん、、、dobuoがwww
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu www (これを入手するには、先ずは作者さんにメールしてから始めるのですよね? そんなtwを前にしていたような。。。
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai そっすね。今は開発初期段階なのでフィードバックをしっかりやったらそのうち良いものがリリースされると思いますけど。少なくともBLでは利用できるよう交渉してみます。ご来店おまちしてまーす。
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu 僕には最後の部分だけが異様に難易度が高いw (色々な情報ありがとうございますm(_ _)m
ひ○たく @kun32xu
@FumihiroKawai あ、最後のはほんといろんな意味で難解ですね。「逆空間」な時点で回折現象シミュレータでもあるわけですが・・・。明朝、突っ込みの嵐が期待出来ますw。ので適当に流しといてくださいwww。レス、ありがとうございました。ねまーす。
Kawai, F. @FumihiroKawai
@kun32xu おつかれさまでした。おやすみっす。
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コメント

K. Yam @yam_cpp 2011年3月4日
ちょっとだけ追加(別の話題に含めるべきかどうか,悩む..)
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