宗教法人の管轄は平成７年の時から既に文部大臣に移っていた

宗教法人法の一部を改正する法律（平成七年法律第一三四号）の施行について

庁文宗第一三七号

平成八年九月二日
各都道府県知事あて
文部事務次官通知

宗教法人法の一部を改正する法律(平成七年法律第一三四号)の施行について
このたび、別添のとおり宗教法人法の一部を改正する法律の施行期日を定める政令(平成八年政令第二三九号)が公布され、宗教法人法の一部を改正する法律(平成七年法律第一三四号)(以下「改正法」という。)の所轄庁、事務所備付け書類の見直し及び所轄庁への提出、信者その他の利害関係人の閲覧並びに所轄庁の報告徴収及び質問等、これまで未施行となっていた改正規定のすべてが、平成八年九月一五日に施行されることとなりました。
ついては、改正法の施行について左記の事項に留意の上、適切な事務処理を行うとともに、貴職が所轄する宗教法人において制度の適正な運用がなされるよう周知方ご配意願います。

記

一　所轄庁について
改正法によって、他の都道府県内に境内建物を備える宗教法人及び当該宗教法人を包括する宗教法人の所轄庁が新たに文部大臣とされたところであるが、その趣旨及び留意点については、以下のとおりである。
(一)　複数の都道府県において活動を行う宗教法人(他の都道府県内に境内建物を備える宗教法人)については、所轄庁が宗教法人法に定められた責任をより適切に果たすことができるよう、その所轄庁を都道府県知事から文部大臣としたものである。

文部科学省のHPより