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ramos2
@ramos262740691
ラモス2号。1号さんはこちら→@ramos59454108 1号さん(永久凍土済み)のフリをしている臨時垢ですのでtwitter_JPさんは間違えて凍結しないように。 暴言キャラですが、以前よりビビリ4割増しでお贈り致します。元研究者。なうビットコイナー。新コロ終わればまた無言垢に戻ります。てか、早く無言垢に戻りてぇ。
ramos2
@ramos262740691
さっきの論文は疑似ウイルスでの検討。こっちは患者から分離した生ウイルスで、測定系もちょっと特殊。 こっちの場合、δ3倍、β4.2倍、λ4.6倍とλが免疫回避力最強に。 しかしこの論文には注意が必要で解釈が難しい pic.twitter.com/5OcGFwFsx0
2021-07-28 22:04:03
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ramos2
@ramos262740691
medrxiv.org/content/10.110… というのも、分離されたλ株はλ株として一般に知られる特徴に更にスパイクに欠失や置換をもつサブlinage。それらが影響した可能性は否めない。
2021-07-28 22:05:40
ramos2
@ramos262740691
加えて使われたワクチン2回接種者血漿がこっちの場合は特殊。 モデルナとファイザー半々だけど、モデルナの15人だけ2回目接種から日が浅すぎる人が多くて？？？ 加えてワクチン接種前に抗体反応陽性、つまり既感染者が多い多い。 何がしたいのか正直不明である。グラフと表しかみてないが。 pic.twitter.com/aB51jD9Ufi
2021-07-28 22:09:33
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ramos2
@ramos262740691
あと1個目の論文ではλの感染力増強はL452Qによるもので、2倍。ACE2への結合力増強はN501Yと同じで3倍くらい。と書いてある。 pic.twitter.com/iYInVkMcda
2021-07-28 22:29:32
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ramos2
@ramos262740691
ちょっと軽く探した感じ、これまでのβ株の免疫回避力最強じゃね？を反映できてない実験系のデータしかなく、解像度が悪い結果しかない気がする。 その中でλはβに近めの免疫回避力となっている点は懸念材料。 もう少し感度高いラボの結果をみたい。
2021-07-28 22:32:58
ramos2
@ramos262740691
うーん。なδ株メモ δの隔離期間まだ不明なの？と言われて、俺が調べきれてないだけかもな。と再度調べてみたが。 まず最初の疫学調査から。 これでは、δは感染からの全体的な経過が早く、濃厚接触者になったら接触から14日間家にいなさい(CDC)は縮められる様にもみえる。 pic.twitter.com/ybZKHHeRUS
2021-09-17 00:00:29
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ramos2
@ramos262740691
次はこれ。 medrxiv.org/content/10.110… δでの二次感染の75%は発症前に起きる。中央値は変異前の−0.8日→−2日へ。と他人に感染させる期間が前倒しになっている報告。
2021-09-17 00:02:42
ramos2
@ramos262740691
この報告に使われた図を見ると、発症から8日と変異前と後ろの危険期間は変わらない様に見える。 pic.twitter.com/dRD1UBCs2U
2021-09-17 00:04:05
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ramos2
@ramos262740691
さてさて。次は皆さんご存知有名なこの図。 実は前のニ報も「感染性期間をCt30以下の時」と仮定しているのだが。そのルールで行くと、発症後15日でもまだ不安？ pic.twitter.com/Od1kVvGdi5
2021-09-17 00:08:23
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ramos2
@ramos262740691
先日も書いたけど、コロナ初期からウイルス培養+とウイルス量が必ずしも相関しないことは知られていて、ウイルス培養+が消えたあとでもウイルス量が全然高いままである報告はある。 だからウイルス量関係なく、生態が感染性消して排出しているのでは？と僕は思っている。
2021-09-17 00:12:19
ramos2
@ramos262740691
更にウイルス培養+期間より徹底した疫学調査でわかってる二次感染期間は短い。だからウイルス培養+期間を隔離期間にしとけばまず大丈夫である。 では何故紹介した3報はCt30未満にしたかというとCt30を超えるとウイルス培養+にならないという報告があるからである。ここでは感染からの日数は考慮されて
2021-09-17 00:14:44
ramos2
@ramos262740691
いない。 だからδの感染性期間を割り出したければ疫学調査結果を見るべきに思う。しかし文献が出てこねぇ。 まず、δは発症前感染が75%だからそもそも疫学調査できる範囲を超えているのかも知れない。
2021-09-17 00:16:50
ramos2
@ramos262740691
そして問題は明らかにずっと高ウイルス量(Ct10台)の外れ値の人たちがδで目立つこと。 もしこの人たちのこのサンプル(day21とか)でウイルス培養成功していくと、話が大きく変わる気がします。 pic.twitter.com/NaAKDCAhVQ
2021-09-17 00:20:45
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ramos2
@ramos262740691
という訳で、結論は現状「うーん。分からん！」 多くの感染は発症前に起こるようになっているが、Ct30基準という正しいか分からないものを安易に使えばδはいつまでも隔離解除できない。 そして隔離21日はどの国もやってなくないか？ この状態で問題出てこなければ、後ろは従来通りで良かったでFAかな
2021-09-17 00:23:25
ramos2
@ramos262740691
多くの論文がブレイクスルー感染やワクチン有効性に気を取られている上、δの隔離期間は？という質問に答えるにも両集団を分けて考えるべきか否かの検討から必要であり、要素が増えてちょっとの検索ではろくに求めた情報に辿り着かないことだけが分かったわ。 うーん。
2021-09-17 00:27:24
ramos2
@ramos262740691
ファイザーワクチン接種者にとってδ+4は最悪かもしれない(大阪大学) ニュースになってないけど8/22のプレプリントです。 結論行くまで長いですが、ちゃちゃっとなぞります。 biorxiv.org/content/10.110…
2021-09-20 15:22:22
ramos2
@ramos262740691
fig1a 変異前株に対する抗体から機能がわかっているものの、δ株に対する効果への羅列です。 緑が抗NTD中和抗体です。δへまったく聞きません。 青が抗RBD中和抗体です。δへ一部効かない抗体がいます。 なお、赤が抗NTDのADE抗体らしいです。 pic.twitter.com/lJPPnGSoVK
2021-09-20 15:29:37
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ramos2
@ramos262740691
実験系はHEK293への感染力で中和力としています。 変異前のウイルスに対する回復者血漿抗体では 緑、つまり抗NTD抗体は変異後にはまったく効かなくなります。 青、抗RBD抗体はそれほど 赤、抗NTDのADE抗体はδではより強く感染力を増大させています。 pic.twitter.com/FutFAdFwOg
2021-09-20 15:33:28
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ramos2
@ramos262740691
fig2飛ばしたのはご愛嬌。 さてじゃあスパイクタンパク質のNTD、RBD、S2領域どこが免疫回避のメインなのよ。と。 言うと、結論は3つともδにすると1/6くらい？中和能落ちるわ。ってとこ。これまでkey mutationとして調べられてきたRBDやS2だけじゃなくNTDにも思った以上に免疫部位として重要性あるねと pic.twitter.com/03dkeNx5Em
2021-09-20 15:39:04
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ramos2
@ramos262740691
NT50が幾つに落ちたか、斜め読みした限り数値みれんかったけど、まぁこれまでのファイザー血漿使った研究とかと同程度か少しはっきり目に差が出るラボくらいかな。1/6くらいなら。
2021-09-20 15:41:07
ramos2
@ramos262740691
で、NTDも結構免疫回避に関わってて、最初のFig1で見たとおり、抗NTD中和抗体はδで全滅やから、δが更に変異して(βみたいに)抗RBD抗体も全然効かなくなったら人類終了じゃね？既存ワクチン終わりやん。 と誰でも予想できる。 ので調べてみた。δ+4(417,439,484,501)ってのを作って。 pic.twitter.com/ZWQD1qDCPr
2021-09-20 15:45:02
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ramos2
@ramos262740691
はい、左。抗RBD抗体全然効かんやん！！の図。 はい、右。ん？1個1個だとそこまで怖くなくね？417かな…程度やん！と朗報。 (β株のヤバさとこの結果は合わない気がするが、まぁ筆者らの結果はこうなのだろう。) pic.twitter.com/tCJbBZIiWN
2021-09-20 15:47:43
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