【論文プレプリント】オミクロン株は従来株とは異なった方法で細胞内に侵入する｜伝染性の高いSARS-CoV-2オミクロン変異体は、有意な抗原変化、ワクチンの回避、および細胞侵入メカニズムが変化した(2021.1.10作成)

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✄------------ 1/4(火) ------------✄

medRxiv @medrxivpreprint

The hyper-transmissible SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism medrxiv.org/cgi/content/sh… #medRxiv

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✄------------ 1/5(水) ------------✄

ramos2 @ramos262740691

オミクロンはとりま、endosomeからの侵入割合が増えたでぉk medrxiv.org/content/10.110…

ramos2 @ramos262740691

年末にIFITM阻害剤でも侵入能変わらない的な文献紹介せんかったっけ… ま、いいや。 グリーンがδ、青い灰色？はオミクロンね。 カゼプシン阻害で落ちますよと。 3枚目の図の経路Aが主経路になったよって話。 つまり多くのsarbecovirusに似てきたでok？ pic.twitter.com/lnp8JJUCpG

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ramos2 @ramos262740691

この人達(UKのデカいグループ?ちゃんと見てない)の他の図も。 1、オミクロン強ぇえええ！の図。もはや、いつもの。 2、はいはい、サードサード…？ん？ サードショット効かねぇの図だぞ。これ。英国にしては珍しい。 pic.twitter.com/nHdihdLmxi

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ramos2 @ramos262740691

当初たしか一報、サードも効かねぇ！！の報告はあったのだが。 それでも世界は「武漢株用ワクチンによるオミクロンへの交差中和は確かに落ちているが、それでもその力価は2回接種後の武漢株への力価と同じだ」という声に押し潰され、サードショットパーティーはあれよあれよと始まったのだ。 pic.twitter.com/6oJXFN0NLE

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ramos2 @ramos262740691

患者群が特殊なのかと思ったが、特にインターバル期間についてのコメントはなかった。 ま、すぐに4th打てってことか？ ふつーに変異株対応ワクチン待つわ。

ramos2 @ramos262740691

さて、この人たちがワクチン効果をなんか計算して推定するとこうなる。 高いなおい。 まぁまず、2回接種がマイナスである現実を反映できてないし、数字自体は無視して順序を見よう サード>自然感染非ワク>>2回接種 pic.twitter.com/wqrm0OwWYO

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ramos2 @ramos262740691

自然感染の方が、交差性高い広めの免疫できるのね。と当たり前のことではある。 なお、この図は 左、ワクチン接種の間隔を考慮しないモデル 右、考慮したモデル の右から取ってきた pic.twitter.com/mB3lQ37zAs

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ramos2 @ramos262740691

まぁ、抗体価からワクチン有効性予測する今までのモデルで言うと、 今回の英国からの報告に参加したサード血漿提供者の方々、2回接種から時間経ちすぎていたのか、「2回目接種後時点に回復」しただけで ワクチン有効性30%未満では。 pic.twitter.com/lszn2ZozKI

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ramos2 @ramos262740691

今日はこんくらいで。 ん、でも英国の力価の情報は悪いので気になる。 オミクロン前に、心筋炎のリスク背負って投与したサードがオミクロン全く効きませんでした。では話にならないし、それはだめでしょう、と。 と言っても今日の感染者数は、僕らが変異株対応ワクチン到着(早くて3月?)まで

ramos2 @ramos262740691

こらえきれなかったことを意味するのだろうけど。

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✄------------ 1/9(日) ------------✄

influenzer @influenzer3

＜オミクロン株は従来株とは異なった方法で細胞内に侵入する＞ we demonstrate fundamental changes in the Omicron entry process in vitro, towards TMPRSS2-independent fusion, representing a major shift in the replication properties of SARS-CoV-2.

influenzer @influenzer3

ー我々は、オミクロン株のin vitroにおける細胞侵入過程において、 TMPRSS2非依存性の侵入経路にシフトしているという重大な変化が起こっている事を発見したー medrxiv.org/content/10.110…

influenzer @influenzer3

●オミクロン株は従来株とは異なる経路で細胞内に侵入する(プレプリント) →従来のSARS-CoV-2は、ACE2とTMPRSS2の共存している細胞内に侵入可能でした。

influenzer @influenzer3

ところがオミクロン株はACE2で結合後にendocytosisで取り込まれ、その後カテプシンの作用により細胞内に侵入するという感染経路がメインである可能性があるようです。 主要な感染経路が異なるわけですから、従来株とは主要感染細胞の種類やウイルス分布が大きく異なってくる可能性が出てきます。

influenzer @influenzer3

感染にTMPRSS2を要しないので、理論的にはさらに多様な細胞に感染しうる可能性があるのでしょう。 これまでで積み上げてきた剖検例を用いた感染臓器・細胞などの知見は、オミクロン株で再度検討しなおす必要がありそうです。

influenzer @influenzer3

さらに感染経路が異なる事で、細胞に加わる刺激のパターンが変化し、重症化に関わる宿主の免疫応答が変わってくる可能性もあります。 オミクロン株の重症化率低下が起こりうる理論的根拠(生物学的違い)にもなりうるかもしれません。

influenzer @influenzer3

本論文は情報量が多いのですが、boosterワクチン接種後の中和抗体価はアストラprime＋モデルナboostが最も高いという結果も出しています。

influenzer @influenzer3

なんとファイザー3回接種ではオミクロン株に対する中和抗体自体は変化しません。 しかし、リアルワールドでのワクチン効果(VE)は3回接種でしっかり上昇しています。中和抗体以外の免疫が関与しているのでしょう。

influenzer @influenzer3

本論文はオミクロン株の各変異の詳細な説明がintroductionに記載されていました。良くまとまっていますので、これだけでも一読の価値ありです。

influenzer @influenzer3

The hyper-transmissible SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism medrxiv.org/content/10.110…