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uchida_kawasaki
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Noguchi Akio
@Derive_ip
PCRの偽陽性計算については、忽那賢志や尾身茂や佐々木淳が説明した計算方法が間違っていたことはもう既に周知であると思いますが、今回はもう少し数学的な部分の解説をしてみたいと思います。 pic.twitter.com/tgUCOUTA7P
2023-04-02 18:27:31
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Noguchi Akio
@Derive_ip
PCRの偽陽性計算の前に、まずは正しい計算方法の練習問題。 ・公正な６面ダイスを６００回振ったとき、１の目が出る回数の期待値は何回ですか？ 答え：６００×1/6＝１００回
2023-04-02 18:27:32
Noguchi Akio
@Derive_ip
（問題） サイコロの時は６００×1/6で期待値が計算できますが、PCRの偽陽性も同じ計算方法が成り立つでしょうか？多くの人が気付いていないかもしれないですが、忽那や尾身の計算の中には上記期待値計算と同じ計算が組み込まれています。
2023-04-02 18:27:33
Noguchi Akio
@Derive_ip
9900人の非感染者に特異度99%の検査をすると偽陽性が99人に発生するというのは、9900×(1－99%)を計算しているので、上記サイコロの期待値計算と同じ計算です。 つまり、端的に言うと、PCRの偽陽性計算はサイコロの期待値計算と同じでよいの？ということになります。 pic.twitter.com/46pZjX3VhD
2023-04-02 18:27:33
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Noguchi Akio
@Derive_ip
当然のことながら、上記サイコロの期待値計算も常に成り立つような計算方法ではありません。上記サイコロの期待値計算はベルヌーイ試行という性質の良い試行であるから期待値計算が簡単になるのです。 ・確率ｐのベルヌーイ試行をｎ回行ってｋ回成功する期待値は以下の通り。 pic.twitter.com/JHP7t7dmlW
2023-04-02 18:27:34
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Noguchi Akio
@Derive_ip
ベルヌーイ試行の性質については、Wikipediaでも見て頂くとして、上記計算から解るように、期待値の定義に従って計算すると２項定理を使って簡潔に記載できるというところがポイントです。
2023-04-02 18:27:35
Noguchi Akio
@Derive_ip
PCRの偽陽性計算がサイコロの期待値計算と同じ方法でできるなら、PCRの偽陽性もベルヌーイ試行になっている必要があります。でも、PCRの偽陽性はベルヌーイ試行にならないのです。
2023-04-02 18:27:36
Noguchi Akio
@Derive_ip
ベルヌーイ試行の定義等を知らない人が多いかもしれませんが、PCRの偽陽性とサイコロで１の目が出る試行が本質的に異なることは直感的にも理解されているのではないでしょうか。
2023-04-02 18:27:36
Noguchi Akio
@Derive_ip
PCRの偽陽性が発生した場合、検体の取り扱いなどの作業手順を見直して、偽陽性が起きないように努力をするでしょうが、サイコロで１の目が出た時に、手首のスナップを見直して１の目が出ないように努力するなんてしないですよね。
2023-04-02 18:27:37
Noguchi Akio
@Derive_ip
それは、サイコロで１の目が出るのは、サイコロ自体に組み込まれている確率的事象なので、手首のスナップの工夫なんかでは変動することはないからです。一方、PCRの偽陽性は作業上の不備があってコンタミが起きているのが原因なので、作業手順の見直しで偽陽性の確率を減らすことができるのです。
2023-04-02 18:27:38
Noguchi Akio
@Derive_ip
PCRの偽陽性とサイコロで１の目が出るのは、本質的に性質が異なる現象なのですから、サイコロの期待値計算と同じ方法でPCRの偽陽性計算ができるわけがありません。
2023-04-02 18:27:38
Noguchi Akio
@Derive_ip
もちろん、ベルヌーイ試行になる検査もあるわけで、そういう検査であれば、例の計算方法も正しくなります。これも以前指摘した例になりますが、検査結果がこんな分布になる場合はベルヌーイ試行になるので、例の計算方法も正しくなります。 pic.twitter.com/9LLSMmY4gn
2023-04-02 18:27:39
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Noguchi Akio
@Derive_ip
例えば体温を測って37.5度以上を陽性とする検査は、感度も特異度もあまり高くないでしょうが、ベルヌーイ試行になるはずです。
2023-04-02 18:27:40
Noguchi Akio
@Derive_ip
忽那や尾身の偽陽性計算については、間違っていることを既に何度も指摘してきたのですが、結局のところ、彼らは格好つけて高度な計算方法を知っているかのように振る舞っていたものの、期待値計算の基本でさえ身に付いてなかったのではないでしょうか。
2023-04-02 18:27:40
Noguchi Akio
@Derive_ip
どのような症状にも適用可能な便利な治療法なんて存在しないのだから、治療の前に適用可能な症状なのかを必ず確認しなければならないとの同じで、どのような検査にも適用可能な便利な計算方法なんて存在しないのです。そんなの医者が指摘されるようなことではないはずなのですけどね。
2023-04-02 18:27:41
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
数学的間違いもそうなのですが、そもそもプローブ法によるリアルタイムqPCRは「定量」なので%で表記するのが不適切であって、普通は検出限界で示す物です。酒瓶持ってきて「アルコール致死率は何％」というのがおかしいのと同じであって、普通は致死量（半致死量）で論じます。話が噛み合うはずがない twitter.com/Derive_ip/stat…
2023-04-02 23:18:29
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
何処かで彼らは目的の如何を問わず「検査をしてはならない」という事をもっともらしく見せるために、ただの条件付き確率を組み合わせた詭弁を発明したようです。この発明者（origin）はいったい誰なのか、どこで牽強付会が行われていたのか、その証言がとても欲しいです twitter.com/Derive_ip/stat…
2023-04-02 23:25:02
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
牽強付会なのか誰かが作ったアンチョコをコピペしただけなのか、こんなニセ医学が堂々と医師の間で蔓延していたというのがコロナによって炙り出されてしまった。コロナが無ければ「ベイズの定理」を悪用したニセ医学によって日本の医学界が汚染されていたとは気付けなかったでしょう。
2023-04-02 23:30:08
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
LOD (low of detection) 検出限界の話 twitter.com/uwemon/status/…
2023-04-02 23:34:31
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
PCRのようなものの感度を語る場合、本当はプロビットLODで話をしないとダメ。PCRの感度を語っていたツイッタラーはほぼ失格で落第点を付けます。プロビットLOD他では何に使われいるのかと言うと例えば毒物の致死量であったり、放射線の被曝量に対する5年生存率であったりとか twitter.com/uwemon/status/…
2023-03-08 20:47:14引用ツイートのスレッド
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
PCRのようなものの感度を語る場合、本当はプロビットLODで話をしないとダメ。PCRの感度を語っていたツイッタラーはほぼ失格で落第点を付けます。プロビットLOD他では何に使われいるのかと言うと例えば毒物の致死量であったり、放射線の被曝量に対する5年生存率であったりとか twitter.com/uwemon/status/…
2023-03-08 20:47:14
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
追加情報としてSのlong PCRのprobit LODを求めたので繋げておきます。NのCq値に対してSのlong PCRの陽性率を求め、その確率をプロビット変換してパーセント点に変換して求めました。その結果、陽性率が 95% になる検出限界 (Probit LOD)のCq値(N)は31.4で、コピー数に換算すると164.7copyです。 pic.twitter.com/Vb7jUV2Uan
2023-03-08 20:21:25
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
用語について ＞プロビット変換とは何？ わかりやすく解説 Weblio辞書 archive.md/xE9JE
2023-03-08 20:48:46
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
もう一つ ＞パーセント点とは何？ わかりやすく解説 Weblio辞書 weblio.jp/content/%E3%83…
2023-03-08 20:49:57
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
真面目にPCRの精度（検出限界）を計算しようと思ったらプロビットを使わないといけない。わりと計算が面倒臭いので海外ではExcelのアドオンがあったりする ＞COVID-19: Calculating the detection limit for a SARS-CoV-2 RT-PCR assay using Analyse-it | Blog | Analyse-it® analyse-it.com/blog/2020/5/co…
2023-03-08 20:54:31
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
今回はCq値を使ってプロビットLODを求めましたがコピー数でやった場合はどうなるのかのツイート。Cq値は大きくなるほどコピー数が少なくなるので傾きがマイナス、コピー数の場合は傾きがプラスになります。コロナの場合はCq値の方が通りが良いのでCq値を使って計算しました twitter.com/uwemon/status/…
2023-03-08 21:00:29
研究者「」@1copyからのRT-PCR
@uwemon
その確率をプロビット変換（正規分布の逆関数をかける）してプロビット値にします。そしてコピー数とプロビット値に便宜上の数として5を足したもので最小二乗法による近似直線を割り出します。その直線の式に95%のプロビット値を代入すると95%の確率で検出されるコピー数が算出されます。 pic.twitter.com/d4bigZgexT
2020-08-11 02:07:38
