synthcellなつぶやきなめも
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Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
【２人工合成Mcゲノムの移植】2007年の論文と同じ方法で，人工合成したMcゲノムをレシピエントであるMmに移植した．詳しい話としては，McとMmは同じ制限修飾システムを利用しているが，合成したDNAは修飾されていないため，先にMc抽出液で処理しておいた #synthcell
2010-05-24 01:59:39
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
人工合成Mcゲノムを移植されたMmが「人工細菌」の正体．人工細菌が人工合成Mcゲノムを持っていることは，PCR法，制限酵素処理法，人工的に加えた遺伝子改変の結果（ある培地で育てると青くなる）で確認した． #synthcell http://twitpic.com/1qeb9k
2010-05-24 02:09:19
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
さらに人工合成Mcゲノムが予期していなかったエラーを含んでいるものの，生育には問題のないこと（多型の存在）について説明している．また，途中まである1塩基の欠失を見逃していたために，研究が数カ月ストップした事実にも言及している #synthcell
2010-05-24 02:13:17
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
生育に必須な遺伝子dnaAの領域で1塩基欠失があったが，これを見逃していたために，移植した人工合成Mcゲノムを持つMmが生育しないという問題が生じた．人工合成ゲノムと生物由来ゲノムのキメラ体を作ることで，問題の位置を特定し解決したようだ． #synthcell
2010-05-24 02:17:05
ありーちぇ😷
@ALC_V
シークエンスの精度っていまはどうなんだろう？RT @popeetheclown: さらに人工合成Mcゲノムが予期していなかったエラーを含んでいるものの，生育には問題のないこと（多型の存在）について説明している #synthcell
2010-05-24 02:17:13
ありーちぇ😷
@ALC_V
解決法だけで十分論文になりそうだなあ @popeetheclown: 人工合成ゲノムと生物由来ゲノムのキメラ体を作ることで，問題の位置を特定し解決したようだ． #synthcell
2010-05-24 02:19:07
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
結果の後に続く考察のポイントは6つ：１シークエンスの精度，２開発した手法の汎用性，３「人工細胞」誕生の持つ生物学的意義，４実験生物学的な応用，５DNA合成費用のコスト低下，６生命倫理． #synthcell
2010-05-24 02:21:57
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
@ALICE_VISCONTI 先の「解決法」については文字数の制限から伝聞調の曖昧な表現を使いましたが，キメラを作製し，キメラを移植したMmが生育出来るかどうかで100kbp中間体に致命的なエラーがないかどうかのコントロールとしたということでした． #synthcell
2010-05-24 02:24:42
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察１．シークエンスの精度：1995年の時点では10000bp当たり1つのミスは見逃すという精度だった．今回，dnaAの1塩基欠失が致命的なエラーとなることを発見・エラー除去できたことは，ゲノム人工合成が生命体に必要なレベルの信頼性に達したことを意味する #synthcell
2010-05-24 02:28:50
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察２．今回の論文は，マイコプラズマ属のMcとMmに限定した研究だが，開発した手法は汎用的であり，様々な生物種のゲノム移植やゲノムデザインに利用可能だろう． #synthcell
2010-05-24 02:30:42
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察２．開発した手法の汎用性：今回の論文は，マイコプラズマ属のMcとMmに限定した研究だが，開発した手法は汎用的であり，様々な生物種のゲノム移植やゲノムデザインに利用可能だろう． #synthcell
2010-05-24 02:31:24
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３．「人工細胞」誕生の持つ生物学的意義：著者らは，人工合成したゲノムによって生きている細胞を「人工細胞」と呼んでいる．今回，レシピエントとなったMm自体は普通の細菌であり，人工合成したものではない．（続） #synthcell
2010-05-24 02:33:40
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：しかし，元々あったタンパク質などは細菌が分裂を繰り返すごとに，人工合成Mcゲノムから作られたものに置き換わり，相対的に希釈される．30回以上分裂した細胞は理論上，人工合成ゲノムから作られたタンパク質分子だけを持つ #synthcell
2010-05-24 02:36:18
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：しかし，元々あったタンパク質などは細菌が分裂を繰り返すごとに，人工合成Mcゲノムから作られたものに置き換わり，相対的に希釈される．30回以上分裂した細胞は理論上，人工合成ゲノムから作られたタンパク質分子だけを持つ #synthcell
2010-05-24 02:36:18
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：よって，人工合成ゲノムによってコントロールされている細胞の性質は，細胞全体を人工合成した場合と同じだと予想される． #synthcell
2010-05-24 02:38:15
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：よって，人工合成ゲノムによってコントロールされている細胞の性質は，細胞全体を人工合成した場合と同じだと予想される． #synthcell
2010-05-24 02:38:15
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：これらをまとめて，彼らは次の表現を記している．"the DNA software builds its own hardware" 「DNAソフトウェア（情報）は自身のハードウェア（細胞）を作っている」 #synthcell
2010-05-24 02:40:05
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察３続：これらをまとめて，彼らは次の表現を記している．"the DNA software builds its own hardware" 「DNAソフトウェア（情報）は自身のハードウェア（細胞）を作っている」 #synthcell
2010-05-24 02:40:05
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察４．実験生物学的な応用：実験生物学者がある遺伝子の働きを見たい時，今回の手法を用いれば，元々あるゲノムの影響を排除して，完全に人工合成したゲノムに置き換えてその影響を調べることができ，有用なツールとなる． #synthcell
2010-05-24 02:42:32
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察４．実験生物学的な応用：実験生物学者がある遺伝子の働きを見たい時，今回の手法を用いれば，元々あるゲノムの影響を排除して，完全に人工合成したゲノムに置き換えてその影響を調べることができ，有用なツールとなる． #synthcell
2010-05-24 02:42:32
BON_NOB
@BON_NOB
専門的で難しいけど興味ある人どうぞ。考察が続いてます、なう→ RT @popeetheclown 人工細菌誕生ニュースの元となる論文を読んだので，ちょっと解説してみる．ちなみに僕は生物学を学んでいるが，合成生物学の専門家ではない． #synthcell
2010-05-24 02:43:33
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察５．DNA合成費用のコスト低下：今回の手法が一般化されれば，合成生物学（細胞を創ることを目的とする分野）において，人工ゲノムの構築・合成・移植といったことがもはや困難ではなくなる．特にシーケンス並みにDNA自体の合成のコストが低下することが期待される #synthcell
2010-05-24 02:44:50
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察５．DNA合成費用のコスト低下：今回の手法が一般化されれば，合成生物学（細胞を創ることを目的とする分野）において，人工ゲノムの構築・合成・移植といったことがもはや困難ではなくなる．特にシーケンス並みにDNA自体の合成のコストが低下することが期待される #synthcell
2010-05-24 02:44:50
{白,黒}のカピバラの左随伴右随伴
@ainsophyao
. @popeetheclown ブートストラップでないし、プログラミングもしていないけれども、これは衝撃的。ところで質問です。これヒストン様タンパク質などはコピーしなかったのですよね。遺伝情報は塩基対にすべて載っているということでしょうか。 #synthcell
2010-05-24 02:48:12
Hiroshi Sasaki
@popeetheclown
考察６．生命倫理：今回の研究は初期段階から，人工生命についての倫理的な議論を推進してきた．今回の研究がさらなる哲学的課題を呼び起こすことを予想するとともに，著者らは対話の継続を奨励している #synthcell
2010-05-24 02:50:27