丸泥豆腐さん「定量プロテオミクスのDiscoveryとValidationについて」

まるでとうふ @MALDITOF

あ、書こうと思って忘れてた。定量プロテオミクスのDiscoveryとValidationについて

まるでとうふ @MALDITOF

iTRAQやSILAC、TMTなどのラベル化試薬やスペクトラルカウンティングによる定量は網羅的にタンパク質の定量情報が得られる。変動タンパク質のアタリをつける場合や、大まかな変動の傾向をみるのに適しているものの・・・ぶっちゃけ誤差上等の世界。それでもなお、有用である

まるでとうふ @MALDITOF

ある程度対象タンパク質を絞り込み、絶対定量を多検体で行なう場合はアイソトープラベルの内標(AQUAペプチドやmTRAQラベルペプチド)をいれてMRMで定量する

まるでとうふ @MALDITOF

全タンパク質のMRMチャンネルを作って一気に定量するMRMアトラスなど研究段階の方法は尽きないが、網羅性と多検体での絶対定量の両立はまだまだ難しいのではないでしょうか

まるでとうふ @MALDITOF

このディスカバリー→確認→バリデーションの流れはバイオマーカー探索などではリーズナブルな考え方だと思うのですが、生命現象の解明などの基礎研究分野ではディスカバリープロテオミクスのデータだけでどこまで勝負するか、できるのかという議論が必要になるかもしれません

まるでとうふ @MALDITOF

ただ、そのような議論は十分行なわれてはおらず、定量性の議論よりも結果の解釈を重視して研究を進められている事が多いように感じます。定量性にこだわって研究が滞るのも良くないでし、かといって定量の信頼性を軽視するのもどうか、というまだ答えのない分野なのではないかと思います