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FumihiroKawai
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Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xdsme -d 175 -s P222 -c "63.9 84.5 175.7 90.5 90.4 90.2" *.osc * oPではあるが、α,β,γ≠90 になっているのは知っている。
2012-03-27 09:55:48
Kawai, F.
@FumihiroKawai
指定したにもかかわらず、今回は"TABLE OF POSSIBLE LATTICES"にすら出てこなくなってしまった(TдT) ので、途中で強制終了。 http://t.co/gQSnSlx0
2012-03-27 09:58:03
Kawai, F.
@FumihiroKawai
どうやら全ての元凶は、!!! WARNING in IDXREF にもあるように、Indexingに必要な反射点が50%を下回っているのが問題。(と言うか、xds_parで実行した場合は、ここで止まってしまう)
2012-03-27 10:00:21
Kawai, F.
@FumihiroKawai
なので、XDS.INP の "SPOT_RANGE=1001 1060" と "JOB= COLSPOT IDXREF" を直接編集しxds_parを実行することに。(xdsmeを使うのをやめて。XDSのパッケージを直接使うことに)
2012-03-27 10:02:09
Kawai, F.
@FumihiroKawai
折角なので、(というかこれを作らせたかったのもある) xdsmeの処理後 (失敗しているが) のXDS.INPファイルを編集することに。 http://t.co/ittxad5d
2012-03-27 10:09:36
Kawai, F.
@FumihiroKawai
最初にxds_par(JOB)を実行した時の一連の時系列ログを。何をしていたかかわかり易い名前にしたので想像が付くかもしれない。 http://t.co/ZKGczGkz
2012-03-27 10:13:46
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_idxref.1.log xdsme後、既に"UNIT_CELL_CONSTANTS=" と "SPACE_GROUP_NUMBER="に正しそうな数値が入力されていたので、"JOB=IDXREF"を入れて実行してみるも、
2012-03-27 10:15:27
Kawai, F.
@FumihiroKawai
!!! ERROR !!! INSUFFICIENT NUMBER OF ACCEPTED SPOTS. と言われて失敗。 (xdsme時にもエラーは出ていたが、そのまま次のステップに移行していた/するようになっていた)
2012-03-27 10:15:33
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_colspot_idxref.1.log "JOB=COLSPOT IDXREF"とし、実行してみると予想した通りに !!! ERROR !!! INSUFFICIENT NUMBER OF ACCEPTED SPOTS. と言われて失敗。
2012-03-27 10:16:34
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_colspot_idxref.2.log そこで、"SPOT_RANGE= 1001 1060"に変更し ("SPOT_RANGE= 1180 1185"はそのまま) し、"JOB=COLSPOT IDXREF"を入れて実行してみると、
2012-03-27 10:17:32
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_defpix_integrate_correct.1.log 次に、"JOB=DEFPIX INTEGRATE CORRECT"を流すも、Mosaicityが異常に高くなってしまい。途中で止める。
2012-03-27 10:18:24
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_colspot_idxref.3.log "SPOT_RANGE= 1001 1060"のみにして、"JOB=COLSPOT IDXREF"を流す。も、またエラー(ヽ'ω`) http://t.co/WlJJz0xT
2012-03-27 10:28:22
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_colspot_idxref.4.log この時、"UNIT_CELL_CONSTANTS= 0 0 0 0 0 0 "と"SPACE_GROUP_NUMBER=0"として再度。"JOB=COLSPOT IDXREF"を実行。
2012-03-27 10:30:26
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par | tee xds_idxref.2.log その後、IDXREF.LPファイル中のスペースグループの候補のうち、先ほどの条件によりブラベ格子を選び、XDS.INP内の"UNIT_CELL-CONSTANTS=" と SPACE_GROUP_NUMBER="
2012-03-27 10:31:55
Kawai, F.
@FumihiroKawai
IDXREF後のIDXREF.LPの値を入力し"JOB=IDXREF"を実行。これで、XPARM.XDSに(目的の)格子定数が書きこまれた。
2012-03-27 10:32:18
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%xds_par| tee xds_defpix_integrate_correct.2.log この状態で、"JOB=DEFPIX INTEGRATE CORRECT"を行い、正常にプロセスが終了。
2012-03-27 10:32:42
Kawai, F.
@FumihiroKawai
%adxv FRAME.cbf してみると今度は、反射点とプレディクションが一致している！ http://t.co/6zRZdQaQ
2012-03-27 10:34:17
Kawai, F.
@FumihiroKawai
最初のxdsmeでの異常なMosaicityやI/sigmaは見られなかったので正常にプロセスができた。最終手的に、XDS_ASCII.HKL ( unmerged, unsorted, Intensity) ファイルが生成される。
2012-03-27 10:34:59